اما واقعیت ماجرا این نبود چرا که عده‌ای پروفسور فرهود را به قصد اخاذی ربوده بودند. در همین راستا سرهنگ علی ولی‌پور گودرزی، با اشاره به جزئیات پرونده ربایش دکتر فرهود گفته است: افرادی که اقدام به ربودن پروفسور فرهود کردند، از قبل شناختی از وی داشتند و جلوی در منزل وی پروفسور را ربودند. ربایندگان، پروفسور فرهود را 36 ساعت نگه داشتند که این اقدام آنان به منزله حبس غیرقانونی است و این مورد برای این افراد ثبت شده‌است. همچنین آن‌ها قصد داشتند تا از پروفسور اخاذی کنند و از وی هشت میلیارد تومان پول طلب کردند که سپس این مبلغ به چهار میلیارد تومان تقلیل یافت. رئیس پلیس آگاهی تهران بزرگ تصریح کرد: این افراد تاییدیه پول را از پروفسور گرفتند و پیش از اینکه مبلغ را دریافت کنند دستگیر و به اقدامات خود معترف شدند. پروفسور فرهود اقدامات شایسته و خدمات زیادی برای کشور ارائه کرده و ما در پلیس آگاهی وظیفه داشتیم این موضوع را به سرعت پیگیری و سلامت و امنیت وی را تامین کنیم.
همچنین سردار حسین رحیمی؛ رئیس پلیس پایتخت اظهار کرد: کارآگاهان در همان ابتدا دریافتند که ادعای دستگیری دکتر فرهود توسط نیروهای امنیتی صحت ندارد. وی ادامه داد: دو فرد آدم‌ربا ساعت 5 صبح در جلوی خانه دکتر، هنگامی که او قصد خارج شدن از منزل را داشت، وی را با خودروی شخصی خود می‌ربایند و به شهرهای شمالی کشور می‌برند. به گزارش تسنیم رئیس پلیس پایتخت افزود: آدم‌ربایان بعد از 26 ساعت دکتر فرهود را به بانک‌های شمال کشور می‌برند تا بتوانند مبلغ 8 میلیارد تومان را از حساب این شخص به وسیله خودش خارج کنند. دکتر فرهود مدارک شناسایی و هویتی کاملی با خود به همراه نداشته و بانک‌ها از پرداخت پول به او امتناع می‌کنند. وی تصریح کرد: آدم‌ربایان از دکتر فرهود برگه‌های تعهد برای پرداخت این 8 میلیارد را می‌گیرند و از او فیلمبرداری می‌کنند و بعد دکتر فرهود را در ابتدای جاده چالوس با خودرویش آزاد می‌کنند تا بعداً بتوانند پول را از او بگیرند. رحیمی خاطرنشان کرد: این افراد در ساعات بعد که با دکتر فرهود برای اخذ پول تماس می‌گیرند توسط پلیس آگاهی دستگیر شدند.
> جزییات ربوده شدن پدر علم ژنتیک از زبان خودش
اما پروفسور فرهود درباره آن 36 ساعتی که پس از ربوده شدن، با ربایندگان خود سپری کرد و همچنین درباره علت ربوده شدن خود در گفتگو با اعتماد توضیحاتی داد. او گفت: «من هر روز ساعت 6 صبح از خانه بیرون می‌آیم و به کلینیک می‌روم. وقتی از منزل خارج شدم دو نفر با لباس تیره، مثل همین افراد معروف به لباس شخصی‌ها، آمدند جلوی ماشین. گفتند ما سوار ماشین شما بشویم. وقتی سوار ماشین شدند و من شروع به حرکت کردم در میانه راه مسیر را تغییر دادند و کمی جلوتر که رفتیم از من خواستند که در صندلی عقب ماشین بنشینم و یکی از خودشان مشغول به رانندگی شد. کمی جلوتر یک نفر دیگر هم به این گروه در ماشین من ملحق شد. در نهایت در یک مسیر بزرگراهی، من را از ماشین خودم پیاده کرده و به ماشین دیگری سوار کردند و خودشان ماشین من را به محل دیگری منتقل کردند. آدم‌های خیلی حرفه‌ای بودند و اصلا افراد معمولی نبودند. وقتی گفتم به مطب تلفن بزنید، سیم‌کارت موبایل‌شان را عوض کردند انگار نمی‌خواستند از طریق خط اداری تماس بگیرند.» این دانشمند ایرانی در پاسخ به این سوال که آیا ربوده شدن شما توسط این افراد با پوشش و رفتار خاص، ربطی به انتقادات شما از ممنوعیت غربالگری جنین و قانون جوانی جمعیت و انتقاد از برخی سیاست‌های منجر به فرار نخبگان داشته، گفت: «آن‌ها به صراحت درباره مصاحبه‌های من صحبتی نداشتند، اما گفتند ما صدای شما را ضبط کرده‌ایم که در صحبت‌های‌تان به مجریان حکومتی بی‌احترامی و توهین کرده‌اید. البته این فایل ضبط شده را هم به من نشان ندادند. لابه‌لای صحبت‌های‌شان می‌گفتند که شما به رخدادهای پزشکی اعتراض می‌کنید و در مقابل تصمیمات مملکتی مطیع محض نیستید. من اهل توهین نیستم. ایراد می‌گیرم ولی مگر یک پدر بچه‌اش را تنبیه نمی‌کند؟ آیا تنبیه پدر نشانه این است که بچه‌اش را دوست ندارد؟ انتقاد بین مردم متداول است. انسان‌ها اعتراض و انتقاد می‌کنند به خصوص اگر انسانی، معلم باشد و به خصوص اگر انسانی بیش از 42 کشور جهان را گشته باشد. کار من انتقاد است. نقش من همین است.» پروفسور فرهود در پاسخ به اینکه این 36 ساعت چگونه سپری شد، گفت: «از ساعت 5 و 55 دقیقه صبح یکشنبه تا 5 بعدازظهر دوشنبه در اختیار اینها بودم و در این مدت اصلا نخوابیدم. در اتاقی که من بودم، دو نفر از اینها هم بودند و حتی به من گفتند راحت باشید و لباس‌تان را عوض و استراحت کنید و خودشان هم خوابیدند. اما من رفتم و با همان لباسی که از منزل خارج شده بودم روی کاناپه‌ای نشستم و بیدار ماندم. من از 36 ساعتی که در اختیار این افراد بودم، به مدت 26 ساعت در نگرانی شدید بودم. این 36 ساعت برای من، زجر روحی بود. در این 36 ساعت، نه خوابیدم و نه غذا خوردم. اینکه چطور نظر ایشان عوض شد، نه از آغاز آن خبر دارم و نه از پایان آن. بنده را بعد از 36 ساعت دم ماشین خودم پیاده کردند و وقتی به محل کلینیکم رسیدم با صحنه بسیار دل‌انگیزی مواجه شدم حدود 90 نفر از همکاران و اعضای خانواده‌ام با چشم‌های اشکبار از اشک شوق جمع شده بودند.» پروفسور فرهود در ادامه گفت‌وگو گفت: «شک کردم که اینها افراد خودسری از برخی نهادها هستند. من هیچ گلایه‌ای از نهادهای دولتی ندارم. شاید انگیزه شخصی بوده ولی بنده را می‌شناختند. من باور می‌کنم که ربوده شدن من کار هیچ نهاد دولتی از جمله سپاه نبوده. بنده هیچ شکایت و گلایه‌ای از نهادهای دولتی و ازجمله سپاه ندارم و می‌دانم کار نهاد معینی
نبوده ولی شاید یکی، دو نفر افراد خودسر از بعضی نهادها این کار را کرده باشند. اگر کوچک‌ترین آسیبی به جان من که یک استاد دانشگاه و دارای جایگاه علمی و یک فرد 85ساله هستم می‌رسید، چه لطمه‌ای به حیثیت این کشور و ملت ایران وارد می‌شد؟ مرگ، اتفاق مهمی نیست ولی افرادی هستند که به من نیاز دارند و افرادی هستند که من را دوست دارند. من در آن لحظه دلم برای مملکت می‌سوخت. البته با من هیچ بدرفتاری نشد و با حرمت با من رفتار کردند. فکر می‌کنم که ان‌شاءالله کار هیچ نهادی نبوده. فرض کنیم که من را برای زورگیری گرفته بودند. ایرادها و انتقادهای من به هیچ‌وجه سیاسی نیست، بلکه اجتماعی و فرهنگی و پزشکی است و در هر صورت و برای همیشه من یک سرباز فداکار وطنم هستم.»