متن پیام تسلیت حضرت آیت‌الله سید علی خامنه‌ای رهبر معظم انقلاب اسلامی به این شرح است:

"بسم الله الرّحمن الرّحیم
انا لله و انا الیه راجعون
با اندوه و تاسف فراوان خبر تلخِ درگذشتِ شهادت گونه‌ی عالم مجاهد، رئیس جمهور مردمی و با کفایت و پرتلاش، خادم‌الرضا علیه السلام جناب حجت الاسلام و المسلمین آقای حاج سید ابراهیم رئیسی و همراهان گرامی ایشان رضوان‌الله علیهم را دریافت کردم.

این حادثه‌ی ناگوار در اثنای یک تلاش خدمت‌رسانی اتفاق افتاد؛ همه‌ی مدت مسئولیت این انسان بزرگوار و فداکار چه در دوران کوتاه ریاست جمهوری و چه پیش از آن، یک‌سره به تلاش بی‌وقفه در خدمت به مردم و به کشور و به اسلام سپری شد.

رئیسی عزیز خستگی نمی‌شناخت. در این حادثه‌ی تلخ، ملت ایران، خدمتگزار صمیمی و مخلص و با ارزشی را از دست داد. برای او صلاح و رضایت مردم که حاکی از رضایت الهی است بر همه چیز ترجیح داشت، از این رو آزردگی‌هایش از ناسپاسی و طعن برخی بدخواهان، مانع تلاش شبانه‌روزی‌اش برای پیشرفت و اصلاح امور نمی‌شد.

در این حادثه‌ی سنگین شخصیت‌های برجسته‌ای مانند حجةالاسلام آل هاشم امام جمعه‌ی محبوب و معتبر تبریز، جناب آقای امیر عبداللهیان وزیر خارجه‌ی مجاهد و فعال، جناب آقای مالک رحمتی استاندار انقلابی و متدین آذربایجان شرقی و گروه پروازی و دیگر همراهان نیز به رحمت الهی پیوستند.

اینجانب پنج روز عزای عمومی اعلام می‌کنم و به ملت عزیز ایران تسلیت می‌گویم. جناب آقای مخبر طبق اصل ۱۳۱ قانون اساسی در مقام مدیریت قوه‌ی مجریه قرار می‌گیرد و موظف است به همراهی رؤسای قوای مقنّنه و قضائیه ترتیبی دهند که ظرف حداکثر پنجاه روز رئیس جمهور جدید انتخاب شود.

در پایان تسلیت صمیمی خود را به مادر گرامی جناب آقای رئیسی و همسر فاضل و بزرگوار ایشان و دیگر بازماندگان رئیس جمهور و خانواده‌های محترم همراهان به‌ویژه والد ماجد جناب آقای آل هاشم معروض می‌دارم و صبر و تسلای آنان و رحمت الهی برای درگذشتگان را مسألت می‌کنم.

سیّدعلی خامنه‌ای"