عملکرد گروهک منافقین پیش از آغاز جنگ به گونه‌ای بود که رژیم بعث عراق از تحلیل‌ها، مواضع و نشریات آنها برای برنامه‌ریزی‌های خود استفاده می‌کرد.
منافقین با آغاز جنگ تحمیلی عراق علیه ایران موضع فریبکارانه‌ای اتخاذ کردند و ابتدا در اعلامیه‌های خود، ضمن محکوم کردن تجاوز عراق، حضور نیروهای خود در جبهه‌های جنگ را خواستار شدند و هفت روز بعد از حضور خود در جبهه‌ها خبر دادند.
با این وجود، خیانت منافقین در دوران جنگ خیلی زود کشف شد. هنوز یک ماه از آغاز جنگ نگذشته بود که دادستان انقلاب اسلامی آبادان 41 نفر از اعضای این گروهک را به اتهام جاسوسی بازداشت کرد.
پس از به وجود آمدن غائله 30 خرداد که به فرار بنیصدر و رجوی از کشور ختم شد، آنها در پاریس به همراه حزب دموکرات کردستان، جبهه دموکراتیک ملی ایران و برخی دیگر از مخالفان نظام، «شورای ملی مقاومت» را تشکیل دادند و تلاش کردند خود را به عراق نزدیک کنند. البته همراهی سازمان با رژیم بعث پیش از این آغاز شده بود.
منافقین در طول جنگ تحمیلی و پیش از آن اقداماتی انجام دادند که به عنوان خیانت آنان به مردم ایران در دوران دفاع مقدس در تاریخ ثبت شد.
تضعیف ارتش پیش از آغاز جنگ تحمیلی
سازمان منافقین در فاصله زمانی یک هفته پس از پیروزی انقلاب اسلامی، خواستار انحلال ارتش شدند. آنها در اولین اقدام، سلاح‌های موجود در پادگان‌ها را غارت کردند و به تجهیز نیروهای خود پرداختند. نتیجه این اقدامات، دلسردی نیروهای ارتش و از دست رفتن روحیه آنها بود که به تخلیه پادگان‌ها خصوصا در مناطق مرزی، به وجود آمدن شرایط هرج و مرج و بیانضباطی در پادگان‌ها، عدم فرمانبری نیروها از فرماندهان و در نهایت از هم‌گسیختن ارتش منجر شد. این موضوع یکی از عمده‌ترین دلایل عدم آمادگی ارتش برای مقابله با حمله رژیم بعثی عراق به شمار میآمد که نتیجه آن پیشروی دشمن بعثی در روزها و ماه‌های نخستین جنگ بود.
تشنج‌آفرینی و ترور مسئولان نظام
تشنج‌آفرینی گروهک منافقین در ماه‌های ابتدایی جنگ تحمیلی سبب شد بخشی از نیروهای انقلابی به جای پرداختن به امور جنگ به مقابله با منافقین بپردازند که در نتیجه آن ارتش عراق پیشروی گسترده‌ای در ایران انجام داد. یکی از مهم‌ترین اقدامات سازمان منافقین در تقویت دشمن بعثی، ترور مسئولان کشور در آن شرایط زمانی بود که از جمله آنها می‌توان به انفجار دفتر حزب جمهوری و انفجار نخست‌وزیری اشاره کرد. این قبیل اقدامات و تحمیل فضای ناامنی به جامعه موجب شد بخش عظیمی از انرژی نیروهای نظامی و امنیتی در داخل خاک ایران صرف مبارزه با منافقین شود.
جمع‌آوری اطلاعات و جاسوسی برای رژیم بعث
نیروهای سازمان منافقین در جمع‌آوری و انتقال اطلاعات به ارتش عراق، بسیار فعال بودند. براساس آنچه محمدحسین سبحانی، که قبلا از مسئولان اطلاعات و امنیت مجاهدین خلق بود می‌گوید استخبارات عراق از طریق مهدی ابریشم‌چی، نیازهای اطلاعاتی ارتش عراق را در مورد شناسایی محل پل‌ها، تاسیسات آب و برق، کارخانه‌ها و مراکز اقتصادی و نظامی ایران با منافقین مطرح می‌کرد و ستاد اطلاعات سازمان نیز این اطلاعات را در اختیار آنان می‌گذاشت.یکی دیگر از اقدامات منافقین در راستای جاسوسی برای رژیم بعث، حضور در جبهه‌ها به منظور جمع‌آوری اطلاعات نظامی بود. اعضای سازمان از همان روزهای نخستین شروع جنگ، پس از ورود به جبهه‌ها شروع به جمع‌آوری اخبار و اطلاعات مربوط به یگان‌های نظامی خودی و تهیه عکس از محل استقرار و استحکامات آنها می‌کردند که اقدامات آنها با اعتراض مقامات ارتشی مواجه شد. با بررسی مدارک جمع‌آوری شده توسط سازمان مشخص شد که مدارک موجود شامل اطلاعات وسیعی درباره وضعیت استراتژیک ارتش، عکس‌هایی از موقعیت نیروهای نظامی ایران و ... است.
انجام عملیات نظامی
علیه جمهوری اسلامی در طول جنگ تحمیلی
مسعود رجوی، سرکرده سازمان منافقین در 29 خرداد 66 تقریبا یک سال بعد از استقرار کامل در خاک عراق، رسما تاسیس ارتش به اصطلاح آزادیبخش ملی را اعلام کرد. از این تاریخ به بعد منافقین به طور علنی با رژیم بعث همکاری کرده و به جنگ نظامی علیه جمهوری اسلامی پرداختند.
از جمله اقدامات نظامی منافقین در این دوران می‌توان به مواردی از این قبیل اشاره کرد: حمله به پایگاه نظامی در منطقه مرزی چنگوله در نزدیکی مهران در اول مرداد 66، حمله به یکی از پایگاه‌های لشکر 81 زرهی باختران در سرپل‌ذهاب با پشتیبانی آتش تهیه ارتش عراق در 3 مرداد 66، حمله به پایگاه سپاه پاسداران (تیپ 59 مسلم بن عقیل) در گیلانغرب در نهم مرداد 66، حمله به دو پایگاه ارتش در منطقه سردشت در 31 مرداد همان سال، حمله به پایگاه نظامی در سقز در 12 شهریور 66، حمله به یکی از پایگاه‌های نظامی سپاه در مهران در 31 شهریور همان سال؛ انجام تهاجم در منطقه مرزی فکه به همراه نیروهای ارتش عراق در 8 فروردین 67 تحت عنوان «عملیات آفتاب»، حمله به مهران و دهلران در 28 خرداد همان سال به کمک ارتش عراق و با عنوان «عملیات چلچراغ» و در نهایت عملیاتی که از سوی سازمان منافقین، «فروغ جاویدا» نامگذاری شد که مهم‌ترین عملیات منافقین نیز به شمار می‌رود. تعداد نیروهای مهیا شده برای این عملیات در حدود 4500 تا 5000 نفر برآورد شده است.
منافقین در روز سوم مرداد 67 از سمت اسلام‌آباد غرب و کرند به ایران حمله کردند. رژیم بعث در این عملیات با ادواتی از قبیل 120 دستگاه تانک، 400 دستگاه نفربر، 90 قبضه خمپاره‌انداز 80 میلی‌متری، 30 قبضه توپ 122میلی‌متری، 150 قبضه خمپاره 400 میلی‌متری، 1000 قبضه تیربار کلاشینکف، 30 قبضه توپ 106 میلی‌متری و 1000 دستگاه کامیون و خودرو منافقین را یاری می‌کرد. علاوه بر این، همزمان با این عملیات، برای جلوگیری از عملیات هوایی هواپیماها و هلیکوپترهای جمهوری اسلامی، جنگنده‌های عراقی پایگاه‌های شکاری «نوژه» همدان و پادگان تیپ دو سقز و پایگاه هوانیروز کرمانشاه را بمباران کردند.
در واکنش به این تحرکات منافقین، روز پنجشنبه 6 مرداد، عملیات «مرصاد» از سوی نیروهای ایرانی آغاز شد. در این عملیات سه گردان از نیروهای نظامی ایران، با دور زدن نیروهای منافقین، اسلام‌آباد را آزاد کردند. بلافاصله پس از آزادسازی آنجا، یگان‌های سپاه پیشروی خود را به سمت کرند آغاز کردند. در نهایت با هلاکت حدود 1600 تا 2000 نفر از منافقین و اسارت و زخمی شدن تعداد زیادی از آنان در روز جمعه 7 مرداد 67، آخرین خیانت منافقین در جنگ به نتیجه دلخواه آنان نرسید.