چند سازمان مدافع حقوق بشر خواهان تحقیق در مورد مرگ محمد مرسی شده‌اند. او که ۶٧ سال داشت، بعد از تحمل شش سال زندان، روز دوشنبه ١٧ ژوئن/٢٧ خرداد، هنگام محاکمه در دادگاه سکته کرد.
رسانه‌های مصری خبر درگذشت مرسی را بسیار مختصر و حاشیه‌ای منتشر کرده‌اند، حتی برخی روزنامه‌ها از ذکر این که او رئیس جمهوری بوده است، خودداری کرده‌اند. با اینحال او نخستین رئیس جمهوری مصر بود که بعد از وقایع معروف به بهار عرب، طی انتخاباتی دموکراتیک، با رأی مردم انتخاب شد. او به مدت یک سال و سه روز – از تابستان ٢٠١٢ تا ٢٠١٣ – در این مقام باقی ماند اما سپس توسط ارتش برکنار شد. محمد مرسی یک از سران اخوان‌المسلمین به شمار می‌آمد.
مراسم خاکسپاری محمد مرسی حوالی ساعت چهار بامداد سه‌شنبه ١٨ ژوئن/٢٨ خرداد، در شهرک نصر (مدینه النصر) واقع در شرق قاهره انجام گرفت. پلیس این محله را محاصره کرده بود و به هیچ خبرنگاری اجازۀ حضور در مراسم را نمی‌داد. در سال ٢٠١٣، طرفداران محمد مرسی و اخوان‌المسلمین در همین محلۀ مدینه النصر تحصن کردند اما سرانجام با کشته شدن نزدیک به ٨٠٠ نفر، تحصن و اعتراضات پایان یافت و محمد مرسی و همچنین اخوان‌المسلمین به کلی از قدرت کنار زده شدند. در پی این وقایع بود که ارتش مصر توانست دوباره کشور را در دست خود گیرد و عبدالفتاح سیسی را به ریاست جمهوری برساند.
حزب آزادی و عدالت، وابسته به اخوان‌المسلمین، مرگ محمد مرسی را "قتل عمد" و جنایت خواند و اعلام کرد که هدف از شرایط بسیار بد حبس، "کشتن تدریجی محمد مرسی بود". در اردن، سازمان اخوان‌المسلمین اعلام کرد که دولت مصر را "مسئول شهادت محمد مرسی" می‌داند. مرسی به نارسایی کلیه و بیماری قند مبتلا بود.
رجب طیب اردوغان رئیس جمهوری ترکیه و متحد قدیمی محمد مرسی نیز او را "شهید" دانسته است. همچنین، شیخ تمیم بن حمد آل ثانی امیر قطر "اندوه فراوان" خود را در توئیتر نوشت و به خانوادۀ وی تسلیت گفت.