زمانی که نجفی سرپرستی وزارت علوم، تحقیقات و فناوری را برعهده داشت، درخواست‌های مکرری از سوی موسسات غیرانتفاعی مبنی‌بر حذف کلمه غیرانتفاعی مطرح شد؛ تا جایی که نجفی در نامه‌ای خطاب به رئیس‌جمهور و رئیس شورای‌عالی انقلاب فرهنگی درخواست این موسسات را مطرح کرد. به‌هر حال حذف واژه غیرانتفاعی در نهایت با همکاری اعضای شورای‌عالی انقلاب فرهنگی نهایی شد تا پس از اجرای آن همه موسساتی که قبلا تحت عنوان غیردولتی و غیرانتفاعی فعالیت می‌کردند، تنها با عنوان غیردولتی به فعالیت خود ادامه دهند. اما این موضوع با مخالفت برخی از مسئولان دانشگاهی مواجه شد. برخی معتقد بودند وقتی کلمه غیرانتفاعی از این موسسات حذف می‌شود، خلاء حقوقی و قانونی پیش می‌آید. رئیس دانشگاه آزد اسلامی نیز از جمله مخالفان است. حمید میرزاده با اشاره به مخالفت این دانشگاه با حذف عنوان غیرانتفاعی از دانشگاه‌ها و موسسات غیرانتفاعی گفت: «این موسسات در ابتدا تعهد کرده بودند که این امکانات را برای کار آموزشی دریافت کنند و باید تکلیف این زمین‌های ارزان‌قیمت و وام‌هایی که گرفته‌اند مشخص شود.»
حمید میرزاده در گفت‌وگو با «ایسنا»، در ادامه با بیان اینکه در این‌باره دانشگاه آزاد اسلامی تنها مخالف نبوده است، ادامه داد: «هشت عضو دیگر شورای‌عالی انقلاب فرهنگی نیز نسبت به مصوبه شورای معین اعتراض دارند و قرار است این مساله در صحن علنی شورای‌عالی انقلاب فرهنگی برای بررسی بیشتر مطرح شود.» او با تاکید بر اینکه شورای معین و همچنین شورای‌عالی انقلاب فرهنگی، محل تضارب آرا درباره امور فرهنگی و آموزشی کشور هستند، اظهار نظر اعضا را حق و وظیفه طبیعی و ذاتی آنها دانست و درباره علت این مخالفت گفت: «علت این مخالفت این بود که وقتی کلمه غیرانتفاعی حذف می‌شود، خلاء حقوقی و قانونی پیش می‌آید و تعیین‌تکلیف آن امکانات و مزیت‌هایی که این دانشگاه‌ها و موسسات به خاطر کلمه غیرانتفاعی اعم از تسهیلات، آب و زمین ارزان‌قیمت دریافت کرده‌ بودند، در آن مصوبه شورای معین روشن نشده بود.»
میرزاده تاکید کرد دانشگاه آزاد اسلامی نیز اگر تسهیلات گرفته باشد، هنگام انحلال، براساس اساسنامه تمام امکاناتش به دولت داده می‌شود.
رئیس دانشگاه آزاد اسلامی در پاسخ به این سوال که آیا تاکنون اموال واحدهای بدون بازده دانشگاه آزاد اسلامی را که تعطیل شده‌اند، به دولت بازگردانده‌اید، گفت: «واحدی از واحدهای دانشگاه آزاد اسلامی منحل نشده بلکه با ادغام، کارکرد آموزشی آنها تغییر یافته است؛ البته بر مبنای اساسنامه دانشگاه آزاد اسلامی اگر کل دانشگاه منحل شود، امر تصفیه برابر اساسنامه دانشگاه انجام خواهد شد.»
او ادامه داد: «در حالی که اگر کلمه غیرانتفاعی‌ برداشته شود، براساس اساسنامه آنها، تمام امکاناتشان به دولت واگذار می‌شود. این در حالی است که این‌ مراکز نمی‌خواهند منحل شوند؛ بلکه می‌گویند کلمه غیرانتفاعی حذف شود. حال سوال ما این است که شما با کلمه غیرانتفاعی امکانات زیادی اعم از زمین، وام و امکانات ارزان‌قیمت از دولت و مسئولان گرفته‌اید. حالا به چه دلیلی می‌خواهید این کلمه را بردارید.»
میرزاده با بیان اینکه اعتراض به اظهار نظر منطقی اعضای شورای‌عالی انقلاب فرهنگی جای تعجب دارد و هشت عضو شورای‌عالی انقلاب فرهنگی غیر از دانشگاه آزاد اسلامی نیز به این مساله اعتراض کرده‌اند، ادامه داد: «این‌ها باید به صحن شورای‌عالی انقلاب فرهنگی بیایند و از این پیشنهاد خود دفاع کنند. به عبارت دیگر با حذف این کلمه یک خلاء حقوقی پیش می‌آید؛ یعنی وقتی یک موسسه غیرانتفاعی ثبت شده باشد  و حال این کلمه حذف شود، معنای دیگر آن این است که باید آن مرکز را طبق قانون تجارت اداره کرد و همچنین این حذف بدون تعیین تکلیف امتیازات مکتسبه و حقوق دولت چیزی جز رانت‌خواری و ویژه‌خواری نیست.»