بر اساس بخشنامه رئیس کل سازمان امور مالیاتی کشور و به منظور حمایت از توسعه ابزارهای مالی، مالیات بر ارزش افزوده کالاهایی که در قالب گواهی سپرده کالایی در بورس‌های کالایی کشور پذیرش می‌شوند، صفر می شود.
به گزارش فارس، این بخشنامه می افزاید: در صورتی که کالای پشتوانه گواهی سپرده، ماهیتاً مشمول مالیات بر ارزش افزوده باشد، مالیات مذکور تنها یک مرتبه و در زمان تحویل فیزیکی کالا پس از کسر اعتبار مالیاتی وصول خواهد شد و وظیفه پرداخت مالیات مذکور برعهده تحویل‌گیرنده نهایی کالای پشتوانه گواهی سپرده کالایی است.
براساس دستورالعمل ضمیمه این بخشنامه، عرضه‌کنندگان کالا از طریق بورس‌های کالایی در قالب گواهی سپرده کالایی مکلفند همزمان با اولین معامله کالا در قالب گواهی سپرده کالایی صورتحساب فروش کالاهای عرضه شده شامل اقلام اطلاعاتی، از جمله ارزش کالاها و مالیات و عوارض فروش در صورت مشمول بودن را‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌ به نام بورس‌های کالایی صادر کنند.
همچنین عرضه‌کنندگان کالا و بورس‌های کالایی مکلفند برای هر گواهی سپرده کالایی صورت حساب جداگانه صادر کنند.‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌ گواهی سپرده کالایی تمام کالاهایی که در بورس‌های کالایی کشور پذیرش می‌شوند، مادامی که در هر یک از بورس‌های کالایی مورد معامله قرار گیرند، مشمول مالیات و عوارض افزوده نمی‌شوند.
براین اساس، بورس‌های کالایی مکلفند در زمان تحویل فیزیکی کالا به تحویل‌گیرنده نهایی، صورت حساب فروش کالا را‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌ بر اساس آخرین ارزش گواهی سپرده کالایی ضمن احتساب ارزش گواهی سپرده کالایی به عنوان ارزش کالا و مالیات و عوارض ۱۰۹ درصد ارزش کالا صادر و ترتیبات پرداخت مابه‌التفاوت مالیات و عوارض فروش توسط خریدار را‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌ به حساب معرفی شده از سوی سازمان مالیاتی کشور فراهم کنند.
این بخشنامه تصریح کرده است: در صورتی که مالیات و عوارض فروش محاسبه شده بیشتر از مالیات و عوارض فروش مندرج در صورتحساب فروش کالای عرضه شده به بورس‌های کالایی باشد، خریدار (تحویل گیرنده نهایی کالا) موظف است مالیات و عوارض ارزش افزوده را پس از کسر اعتبار مالیات بر ارزش افزوده پرداختی طبق صورتحساب عرضه کننده کالا به بورس‌های کالایی پرداخت و به حساب سازمان امور مالیاتی واریز و سپس بورس‌های کالایی اجازه ترخیص کالا از انبار را صادر کنند.
در این حالت مجموع مالیات و عوارض فروش وصول شده بر اساس صورت حساب فروش کالای عرضه شده به بورس‌های کالایی و مابه التفاوت مالیات و عوارض فروش پرداختی ناشی از افزایش ارزش کالا به شرح این جزء، به عنوان اعتبار مالیاتیر هزینه قابل قبول مالیاتی (حسب مورد) تحویل گیرنده نهایی کالا مورد پذیرش سازمان امور مالیاتی است.
همچنین در صورتی که ارزش فروش گواهی سپرده کالایی نسبت به ارزش آن در زمان عرضه به بورس‌های کالایی تغییر نکرده باشد، بورس‌های کالایی مکلف به مطالبه مالیات و عوارض فروش از تحویل گیرنده نهایی نخواهند بود. در این حالت، مالیات و عوارض خرید پرداخت شده بر اساس صورت حساب فروش کالای عرضه شده به بورس‌های کالایی به عنوان اعتبار مالیاتی ر هزینه قابل قبول مالیاتی (حسب مورد) خریدار (تحویل گیرنده نهایی کالا)، مورد پذیرش سازمان امور مالیاتی است.
براین اساس، در صورتی که مالیات و عوارض فروش محاسبه شده کمتر از مالیات و عوارض فروش مندرج در صورتحساب فروش کالای عرضه شده به بورس‌های کالایی باشد، مالیات و عوارض فروش بر اساس ارزش فروش گواهی سپرده کالایی به تحویل گیرنده نهایی، به عنوان اعتبار مالیاتی ر هزینه قابل قبول مالیاتی (حسب مورد) تحویل گیرنده نهایی کالا مورد پذیرش سازمان امور مالیاتی است.
این بخشنامه افزوده است: از آن جایی که به منظور شفافیت مبادلات اقتصادی، بورس‌های کالایی برای معاملات موردنظر صورتحساب صادر می‌کنند، بنابراین از این بابت صرفا کارمزد بورس‌های کالایی جزء درآمد مشمول مالیات بوده و بابت مبلغ خرید و فروش موضوع این دستورالعمل مشمول مالیات بر درآمد اشخاص حقوقی و ارزش افزوده (به جز درآمد کارمزد) نیست.
همچنین در اجرای ماده (۱۶۹) مکرر قانون مالیات‌های مستقیم اصلاحی مصوب ۱۳۹۴، بورس‌های کالایی موظف هستند اطلاعات مربوط به عرضه کالا در بورس‌های کالایی را که حداقل در بر گیرنده مشخصات اولین و آخرین عرضه کننده گواهی سپرده کالایی و تحویل گیرنده نهایی آن از انبار پذیرش شده بورس‌های کالایی و همچنین مشخصات کالا و ارزش و نماد آن است را به صورت فصلی و تا زمان اجرای قانون پایانه‌های فروشگاهی و سامانه مؤدیان، به نحوی که سازمان امور مالیاتی تعیین می‌کند، در اختیار این سازمان قرار دهند.