به گزارش پایگاه فکر و فرهنگ مبلغ ، بنای اولیه مسجد توحید دردوره فتحعلیشاه قاجار ساخته شد و پیش ازآنکه به نام مسجد مادر شاه شناخته شود، به نام امیر قاسمخان قوانلو پدر مهد علیا، به مسجد و مدرسه قاسمخان معروف بود.
همشهری نوشت:تا پیش از سلطنت ناصرالدینشاه، تهرانیها همچنان این مسجد را به نام مسجد قاسمخان میشناختند اما پس از آنکه ناصرالدینشاه به پادشاهی رسید، مادرش مهد علیا در حدود سال ۱۲۷۲ هجری قمری تصمیم به بازسازی و تعمیر مسجد گرفت.
بنای نیمه ویران مسجد و مدرسه مادر شاه که پس از پیروزی انقلاب اسلامی مسجد توحید نام گرفت، سال ۱۳۴۰ هجری شمسی توسط اداره اوقاف تخریب و نوسازی شد. اما بنای اولیه مسجد که توسط مهد علیا بازسازی شده بود، کتابخانه بزرگی داشت. مادر شاه، سی و پنج جلد کتاب خطی و نفیس در زمینه ادبیات، حکمت، تفسیر، فقه و اصول، نجوم و ریاضی را وقف این کتابخانه کرده بود. هرچند اکنون دیگر نشانی از آن کتابخانه و کتابهای نفیس آن باقی نمانده و به نظر میرسد در دوران بازسازی دوم مسجد از بین رفته باشد.
مسجد توحید با مساحت حدود هزار متر مربع، بنای ساده و بیآلایشی دارد. شبستان کوچک مسجد هنوز هم مثل گذشتهها میزبان نمازگزارانی از بازارهای اطراف است. نگاهی به تاریخچه مسجد نشان میدهد که شبستان کنونی مسجد در گذشته حیاط بود و حیاط فعلی آن در زمان نوسازی به دست مهد علیا شبستان بوده است. «حجت الاسلام فرید موحد» امام جماعت مسجد روایتی خواندنی از ماجرای توسعه خیابان باب همایون کنونی و بازسازی مسجد تعریف میکند: «آوردهاند که ناصرالدینشاه قصد داشت برای توسعه خیابان الماسیه که اکنون به خیابان باب همایون معروف است، بخشی از دیوار مدرسه مادرش را تخریب کند. او برای شرعی جلوه دادن کار خود نامهای به حاج ملا علی کنی نوشت. ملاعلی کنی در جواب ناصرالدینشاه نوشت: «الم تر کیف فعل ربک باصحاب الفیل» ناصرالدینشاه با دیدن پاسخ آیتالله دست از گسترش خیابان و محدود کردن محوطه مدرسه و مسجد مادرش برداشت.» هرچند در دوران رضاشاه خیابانهای اطراف مسجد گسترش پیدا کرد و بخشی از محراب اصلی مسجد با قرار گرفتن در محدوده خیابان از بین رفت. در این زمان بود که مسجد به حالت نیمه ویرانه درآمد تا اینکه سال ۱۳۴۰ توسط اداره اوقاف وقت بازسازی شد.