آیت الله میرزا محمدحسین نایینی معروف به میرزاى نائینى، از جمله چهره هاى ماندگار تاریخ حوزه هاست که توانست در یک برهه تاریخى، موضع مناسب با زمان و موافق با مصلحت دین و دنیاى مردم گزیند و نام خود را در ردیف احیاگران و نوآوران دین و فقاهت به ثبت رساند.

نگرش فراگیر فقهى محقق نائینى در زمینه امامت و رهبرى نیز جلوه ویژه اى دارد. او که به نقش زیربنایى امامت و رهبرى در حیات امت اسلامى پى برده بود، مسئله ولایت امامان معصوم (علیهم السلام) و سپس ولایت فقهاى عادل در عصر غیبت را به شایستگى مطرح کرد و با شیوه فقیهانه و مستدل و منطقى آن را به اثبات رساند. گواه روشن این ادعا، نوشته محققانه ایشان به نام «تنبیه الامة و تنزیه الملة» است که اساس آن را همین مسأله تشکیل داده است و با همین کتاب است که میرزای نایینی را تئوریسین مشروطه لقب داده اند.

ایشان در این کتاب مسأله رهبری و ولایت را در چند محور پى مى گیرد: 
۱. ضرورت رهبرى و این که همه امت‌ها و ملت‌ها براى نظم دادن به امور وحفظ استقلال و باورهاى ملى و مذهبى خویش، به فرمانده و رهبر نیاز دارند.
۲. وظیفه حاکمان و والیان؛ حفظ نظام، ایجاد عدالت اجتماعى، جلوگیرى از دست اندازى به حقوق دیگران، آمادگى نیروهاى دفاعى و پروراندن استعدادهاى نظامى و جلوگیرى از مداخله بیگانگان و… است.
۳. گونه هاى حکومتها: «تملیکیه» و «ولایتیه» و ویژگیهاى هر یک.
در پایان این بحث به این نتیجه مى رسد: «حکومت اسلام بر شیوه ولایت یک نفر شایسته بدون هیج گونه مزیت براى وى از اظهر ضروریات دین اسلام و تحویل حکومت ولایتیه به سلطنت از زمان معاویه و شجره ملعونه بنى امیه آغاز شده است.»
۴. حقیقت حکومت اسلامى، از باب ولایت و امانت ولى است. در صورت خارج شدن ولیّ از این محدوده، شایستگى عهده دارى آن مقام را نخواهد داشت.
۵. در زمانى که دسترسى به امام معصوم (علیه السلام) و پذیرش ولایت او ممکن نباشد، فقیهان عادل، خودساخته و خدا محور، ولایت خواهند داشت.
براى ثابت کردن ولایت فقیهان در عصر غیبت، دلیل‌ها را بررسى مى کند و در پایان، پس از نقد وتحلیلى، از توقیع مبارک 
«وَ أَمَّا الْحَوَادِثُ الْوَاقِعَةُ فَارْجِعُوا فِیهَا إِلَى رُوَاةِ حَدِیثِنَا فَإِنَّهُمْ حُجَّتِی عَلَیْکُمْ وَ أَنَا حُجَّةُ اللَّه» 
ولایت گسترده فقها را برداشت مى کند و بر این برداشت فقهى، سه شاهد مى آورد:
الف. در این توقیع آمده است: مردم، در خود حوادث، به فقیهان مراجعه کنند، نه در احکام آنها.
ب. دور است که پرسش کننده، بایستگى رجوع به فقها را در احکام موضوعات جدید، نداند. پس معلوم مى شود که از ولایت عامه فقیهان پرسیده است.
ج. دلیل آورى امام علیه السلام در توقیع، مبنى بر این که فقها حجت هستند بر شما، با جنبه ولایت و سرپرستى آنان سازگارتر است، تا بیان گرى احکام. 
در فرض دسترسى نداشتن به معصوم (علیهم السلام) و فراهم نبودن اعمال ولایت مستقیم براى فقیه، اگر زمام امور به دست غیرفقیه بیفتد، با تأیید و تنفیذ فقیه، آن نیز مشروعیت پیدا مى کند از این روى، ایشان در آن برهه تاریخى، به راه حل عینى و عملى دیگرى اندیشید: وقتى ولایت فقیه با تمام شرایط آن میسور نبود و از سویى آنان که امر سیاست و حکومت را بر عهده گرفته اند، ستم پیشه بودند، فقهاى اسلام، باید حکومت و دست اندازیهاى زمامداران غاصب را محدود و مشروط سازند و به هرمیزان که مى توانند، از ستم بکاهند.
براى ثابت کردن این مبناى فقهى و سیاسى خویش، به امورى چند استدلال جست:
۱. از کارهاى حتمى و واجب مسلمانان، که اساس و پایه دیگر واجب‌ها شمرده شده مسأله امر به معروف و نهى از منکر است. هر مسلمانى وظیفه دارد جلو ناراستی‌ها را بگیرد و جامعه را از آن‌ها پاک سازد ومعروف‌ها و ارزش‌ها را حاکم سازد.
فقها درباره نهى از منکر گفته اند:
هر منکرى که در جامعه پدید مى آید، یک تکلیف مستقل براى مسلمانان در رابطه باجلوگیرى و برطرف کردن آن نیز به وجود مى آید.
اگر کسى منکرهاى بسیارى انجام داد و نتوانستیم از همه آن‌ها جلو بگیریم. به قدر امکان باید از گسترش آن‌ها بکاهیم. نمى توان به بهانه این که، چون جلوگیرى از تمام ضد ارزشها، ممکن نیست، دست روى دست گذاشت و شاهد گسترش فساد و منکرهاى بیشتر بود.
بر این اساس، مرحوم نائینى، اندازه دار کردن سلطنت غاصب و ظالم را وظیفه شرعى فقها و مردم مى داند تا بدین وسیله از ظلم چند چندان جلو گیرد. او در کتاب "المکاسب و البیع" می‌نویسد:
«در باب نهى از منکر بالضروره من الدین معلوم است که چنانچه شخص واحد فرضا در آن واحد منکرات عدیده را مرتکب شود ردعش از هر یک از آن‌ها تکلیفى است مستقل و غیر مرتبط به تمکن از ردع و منع از سایر آنچه که مرتکب است.» 
 
۲. در بحث ولایت فقیهان، دو دیدگاه است:
یکى ولایت مطلقه و همه جانبه و دیگر ولایت در امور حسبیّه.
مقصود از امور حسبیه آن مسائلى است که مى دانیم شارع مقدس بر ترک آن رضایت نمى دهد. حفظ نظم و نظام و تدبیر درست مملکت اسلامى، از نمونه هاى روشن امور حسبى اند. اگر فقیهى، ولایت مطلقه فقیهان را در عصر غیبت نپذیرد، هیچ راهى براى انکار ولایت فقها در امور حسبیه براى وى وجود ندارد. به هر حال، فقیه نمى تواند شاهد ظلم به مردم و دست اندازى به حقوق آنان باشد و در جلوگیرى، کنترل و یا محدود کردن آن گامى برندارد.
بر این اساس، میرزاى نائینى در همان کتاب "المکاسب و البیع" مى نویسد:
«از جمله قطعیات مذهب ما، طائفه امامیه، این است که در این عصر غیبت، آنچه از ولایات نوعیه را که عدم رضاى شارع مقدس به اهمال آن حتى (در این زمینه) معلوم باشد، وظائف حسبیه نامیده و نیابت فقهاى عصر غیبت را در آن قدر متیقن و ثابت دانستیم، حتى با عدم ثبوت نیابت عامه درجمیع مناصب و، چون عدم رضاى شارع مقدس به اختلال نظام… از تمام امور حسبیه از اوضح قطعیات است، لهذا ثبوت نیابتِ فقها و نواب عام عصر غیبت در اقامه وظایف مذکوره، از قطعیات مذهب خواهد بود.» 
۳. از کتاب «تنبیه الامة و تنزیه الملة» چنین برمی آید که: 
"... تمام فقها برآنند که ولایت فقها بر اوقاف عمومى و یا خصوصى و مانند آن، از امور قطعى و مسلّم فقه شیعى است، چنانچه شخصى از راه ظلم و زور، بر موقوفه و مانند آن مسلط شود و خلع ید و برداشتن وى از آن ممکن نباشد، باید با گماردن گروهى، رفتار و دست اندازیهاى او را محدود سازند، تا از حیف و میل اموال عمومى و موقوفات جلوگیرى شود... " 

همین گونه از ولایت، براى فقیهان در امور حکومت نیز وجود دارد. اگر فقیه دارنده همه شرطها، به هر دلیلى، نتواند ستم پیشه را از کار برکنار کند، باید به مقدار ممکن در کاهش ستم، دست اندازى، اسراف و… تلاش ورزد.

مرحوم نائینی با این مقدمات سه گانه که از متن فقه استنباط کرد، دگردیسى سلطنت استبدادى را به سلطنت مشروطه مى پذیرد و با اجازه از کسى که مى تواند اجازه دهد «له ولایة الأذن» به آن لباس شرعى مى پوشاند. 

در گرماگرم کشمکش‌هاى طرفداران و مخالفان مشروطه در نجف، که به صورت مبارزه میان پیروان کاظمین (محمدکاظم خراسانى و سیدمحمدکاظم یزدى) درآمده بود، مرحوم میرزاى نایینى که سابقاً شاگرد و منشى میرزاى بزرگ شیرازى و در گیرودارِ مشروطه عضو ارشد مجلس فتواى آخوند خراسانى بود، به مرحوم آخوند پیشنهاد کرد براى رفع اختلاف موجود میان ایشان و سیدمحمدکاظم یزدى، ایشان از تأیید حکومت مشروطه صرف نظر کنند و به جاى آن، برپایى حکومت اسلامى را وجهه همت خود قرار دهند و اداره حکومت را نیز خود برعهده گیرند. 

مرحوم نایینى یادآور شد، چنانچه این پیشنهاد عملى شود، همه متدینینى که به لحاظ سیاسى در نقطه مقابل آخوند خراسانى هستند، به صف او خواهند پیوست. به این ترتیب، هم دعواى متدینان با یکدیگر خاتمه خواهد یافت و هم حکومت عدل اسلامى با ویژگى‌هایى که مى شناسیم و آرزوى همه ماست، برپا خواهد شد. علماى شیعه نیز امکان خواهند یافت قوانین شریعت را که بسیارى از آن‌ها بلااجرا مانده است، به مرحله اجرا درآورند. 

مرحوم نایینى براى ترغیب مرحوم آخوند خراسانی به قبول پیشنهاد خود، موضوع ولایت فقیه را پیش کشید و، چون خود از معتقدان جدى نظریه ولایت فقیه بود، دلایل متعدد عقلى و نقلى و نصوصى را که در این مورد مى شناخت به تفصیل بیان کرد و چندان در این باب داد سخن داد که شاید هیچ یک از شنوندگان نتوانست ایرادى بر سخنان و پیشنهادهاى او بگیرد.