مقادیر کم آن می‌تواند خطر ابتلاء به عفونت‌ها (به ویژه آنفولانزا)، افسردگی و اضطراب، کاهش تراکم استخوان، احتمال زوال عقل و حملات قلبی و عروقی را افزایش دهد.جدی‌ترین عارضه کمبود ویتامین D، کمبود کلسیم خون، کمبود فسفات خون، نرمی استخوان در دوران کودکی، تغییر فرم پاها، درد‌های استخوانی، جعبه‌ای شدن فرم جمجمه و کوتاهی قد و پوکی استخوان است. ویتامین D ناکافی غالبا با کاهش جذب کلسیم دستگاه گوارش، کاهش تراکم استخوان (پوکی استخوان) و در برخی موارد کاهش خفیف سطح کلسیم خون، افزایش هورمون پاراتیروئید همراه است که باعث تسریع در جذب استخوان می‌شود.ریزش مو، افزایش استعداد به عفونت‌ها به خصوص عفونت ریه و سرماخوردگی‌های مکرر و حتی تغییرات خلق و خو از عوارض دیگر کمبود ویتامین D است.