وزیران خارجه ایران و افغانستان در مورد غرق شدن شماری از مهاجران افغان در رودخانه هریرود و آغاز تحقیقات در این رابطه از طریق تلفن بحث و تبادل نظر کردند. «محمد جواد ظریف » عصر دیروز و در حاشیه کمیسیون امنیت ملی مجلس شورای اسلامی‌،  درباره آخرین اقدامات انجام شده برای پیگیری ماجرای مهاجران افغانستانی گفت: این اتفاق حادثه تلخی بوده که وزارت کشور و شورای امنیت بررسی حادثه را از همان روز شروع کردند.
وزیرامورخارجه ایران در ادامه افزود: دوستان ما اعتقاد دارند که حادثه در خاک افغانستان اتفاق افتاده اما به دلیل اهمیت افغانستان برای جمهوری اسلامی و اهمیت روابط برادرانه‌ای که با افغانستان داریم، قرار است هیئت مشترکی در دو کشور این کار را انجام دهد. وی تصریح کرد : تشکیل این هیات پیشنهاد ما به‌آقای اتمر ( وزیر خارجه افغانستان) بوده و انشاالله در آینده نزدیک این کار صورت خواهد گرفت. گفتنی است که وزارت امورخارجه افغانستان در اطلاعیه‌ای نوشت که «محمدحنیف‌اتمر» با «محمدجواد ظریف» درباره آغاز کار تحقیقات مشترک در مورد حادثه، مشخص ساختن تیم‌های بررسی کننده گفت‌وگو کردند. اتمر از سفر هیات دولتی افغانستان برای بررسی حادثه به هرات گفت و یادآورشد که این هیات تحقیقات خود را در محل حادثه آغاز کرده است. ظریف نیز از انتخاب هیات ایرانی برای تحقیق این حادثه اطمینان داده و افزوده است که آنها نیز به زودی تحقیقات خود را در محل حادثه آغاز خواهند کرد. هردو طرف توافق کردند که در صورت ضرورت، هیات مشترک می‌تواند در محل حادثه، شهرهای مشهد و هرات نشست مشترک برگزار کند. هدف از این تحقیق دریافت حقایق، اتخاذ تصمیم بعدی در روشنایی آن و پیدا کردن راهکار برای جلوگیری از تکرار چنین حوادث در آینده خوانده شده است.
برخی رسانه‌های افغانستان ۱۲ اردیبهشت مدعی شدند که بیش ۴۰ مهاجر غیرقانونی افغان برای یافتن کار راهی جمهوری اسلامی ایران شده بودند که با ورود به خاک این کشور توسط مرزبانان ایرانی دستگیر و به رودخانه هریرود انداخته شده و شماری از آنها جان باخته‌اند.