نمایندگان مجلس شورای اسلامی با تصویب ماده ۹ این لایحه، ماده ۲۸۰ قانون مالیات‌های مستقیم را به شرح زیر اصلاح کردند:
«براین اساس، سازمان امور مالیاتی کشور موظف شد معادل یک درصد از کل درآمد‌های حاصل از این قانون را به حساب متمرکز وجوه وزارت کشور (سازمان شهرداری‌ها و دهیاری‌های کشور) نزد خزانه‌داری کل کشور واریز کند.
وزارت کشور موظف شد وجوه مذکور را برای کمک به پروژه‌های شهری و روستایی با اولویت حمل و نقل عمومی و پرداخت تسهیلات، میان شهرداری‌های زیر ۲۵۰ هزار نفر جمعیت (۷۰ درصد شهر‌های زیر ۵۰ هزار نفر جمعیت و دهیاری‌های مربوط و ۳۰ درصد شهر‌های ۵۰ تا ۲۵۰ هزار نفر جمعیت و دهیاری‌های مربوطه) مطابق با دستورالعملی که به وسیله سازمان مذکور و با همکاری شورای عالی استان‌ها ظرف مدت ۶ ماه از تاریخ لازم‌الاجرا شدن این قانون تهیه می‌شود و توسط وزیر کشور ابلاغ می‌شود، هزینه کند.
سازمان‌ها و مؤسسات وابسته به شهرداری‌ها و شرکت‌های قطار شهری که به موجب قانون برای انجام وظایف ذاتی شهرداری در امور عمومی، شهری و خدماتی تشکیل شده‌اند و صد درصد سرمایه آن متعلق به شهرداری است از زمان تأسیس، مالیات آن‌ها با نرخ صفر می‌باشد».
بر اساس تبصره ۱ این ماده، «شهرداری‌ها و دهیاری‌ها و سازمان‌های وابسته به آن‌ها از پرداخت حق ثبت املاک معاف هستند».
بر اساس تبصره ۲: «مالیات شرکت‌های قطار شهری و سازمان‌های حمل و نقل عمومی وابسته به شهرداری‌ها با نرخ صفر می‌باشد».
طبق تبصره ۳: «کلیات بازپرداخت‌های مربوط به تسهیلات موضوع ماده مذکور، در صندوقی به نام «صندوق شهری و روستایی» متمرکز می‌شود تا وزارت کشور با همکاری شورای عالی استان‌ها، به طور اختصاصی آنرا صرف ارائه تسهیلات به پروژه‌های اولویت‌دار کند. اساسنامه این صندوق ظرف مدت ۶ ماه پس از ابلاغ این قانون به پیشنهاد وزارت کشور و وزارت امور اقتصاد و دارایی و بانک مرکزی به تصویب هیئت وزیران خواهد رسید».