او 11 مرداد 1360 به عنوان رئیس جمهور ایران انتخاب شد، اما هشتم شهریور همان سال یعنی 29 روز بعد در دفتر حزب جمهوری اسلامی ایران به شهادت رسید.
حالا خانه‌ای که او از سال 1343 تا حدود 17 سال بعد در آن سکونت داشت و ابتدا با قرض آن را 13 هزار تومان خریداری کرد، توسط بنیاد شهید به خانه موزه‌ی «شهید محمدعی رجائی» تبدیل شده است.
پس از شهادت رجایی، همسر و فرزندانش تا سال 1373 در این خانه زندگی کردند تا این‌که از آن زمان با خرید این خانه توسط بنیاد شهید و مرمت آن و ثبت ملی این خانه‌ی ارزشمند که در دوره‌ی پهلوی اول ساخته شده بود، به عنوان موزه‌ی «شهید محمدعلی رجائی» مورد استفاده قرار گرفت.
این خانه قدیمی و ارزشمند به صورت اندرونی بیرونی در 254 مترمربع و مطبخ‌خانه و فاضای اندرونی دارد. اتاق کار و محل استراحت و پذیرایی این خانه همچنین زیرزمین آن هنوز شکل اولیه خود را حفظ کرده است. در این خانه برخی از آثار وی مانند لباس، کیف، کتاب‌ها، رخت‌اویز، کرسی و پشتی‌های معروف شهید رجایی هنوز خودنمایی می‌کنند.
امید یزدانی، رئیس موزه‌ی شهید رجائی در بازدید صبح روز یکشنبه (7 شهریور) توسط خبرنگاران میراث فرهنگی از این خانه‌ی تاریخی، پس از ارائه‌ی توضیحاتی درباره شخصیت شهید رجایی و اقداماتی که وی انجام داده است، درباره‌ی کارهای فرهنگی که در این خانه - موزه انجام می‌شود، به خبرنگاران گفت: یکی از برنامه‌های اصلی این خانه‌موزه، در اول مهر ماه هر سال نامه‌نگاری با آموزش و پرورش مناطق مختلف تهران است تا گروه‌های مختلف مدرسه‌ای بتوانند از این خانه تاریخی بازدید کنند.
او با اشاره به این‌که تا کنون حدود 25 درصد از موزه‌های تهران از خانه موزه شهید رجائی بازدید کرده‌اند، افزود: در کنار این بازدیدها، تقریبا روزانه 10 تا 15 نفر از این خانه بازدید می‌کنند.
وی نزدیکی دفتر ارتباطات مردمی رئیس مجلس شورای اسلامی و اشتباه گرفتن این خانه تاریخی با آن دفتر دولتی را یکی از دلایلی دانست که باعث می‌شود مردم سری هم به این خانه تاریخی بزنند.
او همچنین به تفاهم این موزه با شهرداری تهران برای رنگ‌آمیزی دیوارها و ساماندهی فضای سبز خانه اشاره کرد و افزود: براساس این برنامه‌ریزی‌ها این خانه علاوه بر کارکرد موزه‌ای خود، یک کارکرد فرهنگی نیز دارد.
حکایت سرقت ناکام از موزه شهید رجایی
یزدانی درباره‌ی سرقتی که دو سال پیش از موزه رخ داده بود، نیز توضیح داد: قبل از ماه رمضان دو سال گذشته دو مرد افغان و یک ایرانی از توابع زابل که پیش از اقدام برای سرقت یک بار برای بازدید به خانه آمده بودند، اقدام به سرقت از این خانه‌ی تاریخی کردند به این گمان که چون نام موزه دارد، می‌توانند آثار عتیقه از این مکان پیدا کنند، اما خوشبختانه چون دوربین مداربسته این خانه‌ی تاریخی توسط پلیس منطقه چک می‌شود، پلیس همزمان با حضور آن‌ها و زمانی که بیشتر وسایل را جمع‌آوری کرده بودند به خانه رسید و از سرقت جلوگیری شد.
او این سرقت ناکام را سبب خیر دانست که رسانه‌ها قدر به این بنای تاریخی توجه کنند.
گپ خبرنگاران با یکی از دوستان شهید رجائی
به گزارش ایسنا در ادامه این بازدید، خبرنگاران میراث فرهنگی به دیدن محسن رفیق‌دوست یکی از دوستان شهید رجائی رفتند.
او که یک ربع پس از انفجار دفتر حزب جمهوری اسلامی به آن مکان رسیده بود، به بیان خاطراتی از دیدارهایش با امام خمینی (ره) و شهید رجائی پرداخت.
به گفته‌ی وی مکان انفجار در آن زمان که محل ادارات نخست‌وزیری در آن زمان بود، بار دیگر ساخته شد و این بار در 5 طبقه استفاده می‌شود.
تهران، میدان شهدا، خیابان مجاهدین اسلام، جنب بیمارستان شفا یحیائیان، خیابان آجانلو، کوچه میرزائی پلاک هفت... اینجا زمانی خانه رئیس‌جمهور 29روزه‌ی ایران بود.