در پی انتشار خبر اعدام شیخ نمر باقر النمر روحانی مبارز عربستان، آیات عظام، مراجع تقلید، جمعی از علمای اهل سنت، نهادها و شخصیت های سیاسی و فرهنگی، حوزه علمیه قم و وزارت خارجه کشورمان این اقدام آل سعود را محکوم کردند. کاردار سفارت عربستان در تهران به وزارت خارجه احضار شد و حوزه های علمیه نیز پس از این مصیبت اعلام تعطیلی کرده اند.  همزمان اعتراضاتی نیز درپی این جنایت علیه عربستان سعودی مقابل سفارت این کشور و نیز کنسولگری سعودی در مشهد برگزار شد. امروز هم قرار است تجمع اعتراضی مقابل سفارت عربستان برگزار شود.
واکنش شدید علما و مراجع تقلید
به گزارش فارس، ایسنا و خبرگزاری صداوسیما، آیت ا... نوری همدانی اعدام آیت ا... نمر را دهن کجی به شیعه و سنی در سوریه، عراق، ایران، لبنان و دیگر کشورها ارزیابی کرد و بر لزوم بیداری و هوشیاری مسلمانان و استقامت و پایداری آنان تاکید کرد. آیت‌ا... صافی گلپایگانی نیز با اشاره به اعدام شیخ نمر تاکید کرد: حکام آل سعود که ان شاء ‌ا... تعالی سقوط آنان نزدیک است بدانند که خون به ناحق ریخته‌ این روحانی شهید، خواب راحت را از آنان سلب نموده، جهان اسلام را بیدار کرده و راه سقوط را برای این رژیم هموار خواهد نمود. آیت ا... جوادی آملی نیز گفت: خیال نکنید که شیخ نمر این عالم بزرگوار روحانی، مرده است و نگویید مرده است بلکه او زنده است و پیامی دارد که پیام او مبارزه با آل سعود و استکبار است.   آیت ا... سبحانی نیز با بیان اینکه شیخ نمر، فقط یک خواسته داشت و آن حاکمیت عدالت در کشور بود، گفت: در منطقه شرق عربستان شیعیانی هستند که مظلوم اند و شیخ نمر سخنش این بود که باید محرومیت از چهره شیعیان عربستان زدوده شود. آیت‌ا... مکارم شیرازی نیز با محکومیت این جنایت آل‌سعود تصریح کرد: آل سعود بدانند این جنایت فراموش نشدنی است و آثار این کار نابخردانه را در آینده خواهند دید. آیت‌ا... هاشمی شاهرودی نیز در پیام تسلیتی در این زمینه نوشت: جنایت اعدام این روحانی بصیر به لطف خدا، شلیک نهایی و تیر خلاصی بود که رژیم خون آشام صهیونیستی آل سعود را به تاریک خانه ابدی تاریخ خواهد فرستاد. جامعه مدرسین حوزه علمیه قم هم در اطلاعیه‌ای با محکومیت این جنایت نوشت: خون آن شهید سعید دامن منحوس سردمداران سعودی را خواهد گرفت و بی‌تردید راه شیخ نمر‌ها بی‌رهرو نخواهد ماند. در همین زمینه آیت‌ا... خاتمی امام جمعه موقت تهران نیز تاکید کرد: شیعیان عربستان با اعدام شیخ نمر، روز آل‌سعود را به شام سیاه تبدیل می‌کنند و در داخل نیز دستگاه دیپلماسی باید موضع قاطع بگیرد.
هاشمی رفسنجانی: آیت ا... نمر، نمونه کوچکی از زندگی همه ائمه شیعه است
آیت ا... هاشمی رفسنجانی رئیس مجمع تشخیص مصلحت نظام نیز در پیامی که به این مناسبت صادر کرد، نوشت: شهید آیت‌ا... نمر که با زندگی طلبگی و عالمانه و سخنان منطقی و عاقلانه، الگوی همه‌ مسلمانان و به خصوص شیعیان و بزرگان اسلام در سیاست و دیانت بود و خواهد بود، با مبارزه، تبعید، شکنجه، جانبازی، اسارت و سرانجام شهادت، نمونه‌ کوچکی از زندگی همه ائمه شیعه(ع) است که در مقابل قلدر مآب‌های تاریخ بشریت سر فرود نیاورد‌ه‌اند.
واکنش علمای اهل سنت
مولوی عبدالحمید اسماعیل‌زهی با تاکید بر اینکه مسئولان عربستان نامه وی مبنی بر لغو حکم صادره علیه «شیخ نمر» را بدون پاسخ گذاشتند، گفت: وقتی خبر اعدام شیخ نمر باقر النمر را شنیدم خیلی متاثر و متاسف شدم و این باورکردنی نیست.  امام جمعه اهل سنت زاهدان با تاکید بر اینکه هم اکنون در دنیای اسلام تفرقه و اختلاف بسیار شدیدی وجود دارد، تصریح کرد: این اقدام عربستان که به این صورت انجام شد به مصلحت نبود. مولوی «عبدالحمید اسماعیل‌زهی»، با بیان اینکه باور کردنی نیست که اینطور یک عالم و شخصی را که جمع بزرگی از مردم قبول دارند به این صورت اعدام کنند به تهران نیوز اظهار کرد: مصالح عالم اسلام و جان اسلام تقاضا می کرد که مسئولان عربستان باید از این کار صرف نظر می کردند زیرا هم اکنون جان اسلام نیاز به وحدت دارد لذا اعدام “شیخ نمر باقر النمر” به صلاح اسلام و مسلمین نبود. مولوی سلامی، نماینده مردم سیستان و بلوچستان در مجلس خبرگان رهبری گفت: اجرای حکم اعدام روحانی شیخ نمر مبارز شیعه عربستانی منافی موازین بین‌المللی و اسلامی و آداب و رسوم دموکراسی بود. ماموستا مصطفی محمودی، امام جمعه اهل سنت پیرانشهر هم ضمن محکوم کردن اعدام شیخ نمر گفت: اعدام شیخ نمر موجب نفرت جهان اسلام از آل سعود می‌شود. ماموستا ملاقادر قادری، امام جمعه پاوه با اشاره به محکومیت این اقدام توسط ائمه جمعه اهل سنت استان کرمانشاه، خاطرنشان کرد: به شهادت رساندن شیخ نمر به ضرر مسلمانان و به نفع دشمنان اسلام است و اگر به رخدادهای اخیر نگاه کنیم اکثر کارهای آل‌سعود از جمله حمایت از گروه‌های تندرو در کشورهای افغانستان، عراق، سوریه و لیبی اشتباه بوده است. ائمه جمعه اهل سنت کرمانشاه، حزب مردم‌سالاری،سازمان فرهنگ و ارتباطات اسلامی ،جمعیت دانشجویی حقوق بشر جمهوری اسلامی ایران،جامعه روحانیت مبارز، شورای هماهنگی تبلیغات اسلامی ، فراکسیون رهروان ولایت و ... نیز با صدور بیانیه ای شهادت شیخ نمر را تسلیت گفتند. محمدرضا عارف و محسن رضایی نیز در صفحه اینستاگرام خود نسبت به شهادت شیخ نمر واکنش نشان دادند. همچنین آیت‌ا... کعبی نماینده مردم خوزستان در مجلس خبرگان و علی جنتی وزیر فرهنگ و ارشاد اسلامی در پیام‌های جداگانه‌ای اعدام آیت‌ا... نمر، روحانی برجسته عربستان را محکوم کردند.
لاریجانی: آل‌سعود از این گرداب به راحتی عبور نمی‌کند
علی لاریجانی رئیس مجلس شورای اسلامی که به بوشهر سفر کرده بود، در جلسه شورای اداری این استان با اشاره به انتشار خبر ناگوار شهادت شیخ باقر النمر روحانی مبارز عربستانی، گفت: رفتار وحشیانه سعودی‌ها با شیخ نمر باعث تأسف امت اسلامی است و این نوع رفتار مشکلات امنیتی منطقه را افزایش می‌دهد.
وی افزود: بعید می‌دانم که دولت سعودی به راحتی از گرداب حاصل از اعدام شیخ نمر عبور کند، البته مسئله، مسئله یک فرد نیست، بلکه موضوع، اقدامات اشتباهی است که از سوی سعودی‌ها در این چند سال ایجاد شده است. لاریجانی با ابراز امیدواری نسبت به واکنش آمریکا و دیگر کشورهای غربی نسبت به اعدام شیخ نمر، گفت: آنها باید این موضوع را به عنوان نقض حقوق بشر محکوم کرده و یک تکانی به خود بدهند تا صداقت‌شان در مسئله حقوق بشر آشکار شود.
بیانیه سپاه: شهادت آیت ا... نمر توطئه صهیونیستی برای تشدید تفرقه بین امت اسلامی است
سپاه پاسداران انقلاب اسلامی در بیانیه‌ای با محکومیت شدید جنایت آل سعود در به شهادت رساندن آیت ا... شیخ نمر، این اقدام را نشانه رفتار داعش گونه و زوال رژیم سعودی دانست. در بخشی از این بیانیه آمده است: اقدام خباثت آمیز و جنایت کارانه رژیم آل سعود در به شهادت رساندن آیت ا... شیخ نمر باقر النمر رهبر شیعیان عربستان، بخشی از یک توطئه صهیونیستی برای تشدید تفرقه بین امت اسلامی و اختلاف بین شیعیان و اهل تسنن است که به فضل الهی و به برکت خون های پاک شهیدان از جمله این شهید عزیز، ناکام مانده و با هوشیاری، هوشمندی و وحدت مسلمانان به گونه ای معکوس، آثار خود را در صحنه مقاومت اسلامی و آرمان آزادی قدس شریف هویدا خواهد ساخت.
نامه کمیسیون سیاست خارجی مجلس به دستگاه دیپلماسی در خصوص تجدید نظر روابط با عربستان
سیدحسین نقوی نماینده مردم ورامین و عضو کمیسیون امنیت ملی و سیاست خارجی مجلس شورای اسلامی گفت:  این کمیسیون نامه‌ای را به دستگاه دیپلماسی کشورمان نوشته و در آن خواستار تجدیدنظر در روابط ایران با عربستان شده است. نقوی گفت: کمیسیون امنیت ملی و سیاست خارجی مجلس در این نامه از دستگاه دیپلماسی خواسته به عنوان اولین گام نیروهای سفارت عربستان در تهران به شدت کاهش یابد و عذر تعدادی از آنان خواسته شود.
کاردار سفارت عربستان احضار شد
در همین حال جابری انصاری، سخنگوی وزارت خارجه کشورمان با محکوم کردن اعدام آیت‌ا... شیخ باقر النمر گفت: اعدام شیخ نمر تنها عمق بی‌تدبیری و بی‌مسئولیتی را نشان می‌دهد و دولت ریاض تاوان سختی خواهد پرداخت. حسین امیرعبداللهیان معاون عربی و آفریقای وزارت امور خارجه نیز با احضار احمد المولی کاردار سفارت عربستان در تهران، مراتب اعتراض شدید جمهوری اسلامی ایران را در ارتباط با اعدام شیخ نمر باقر النمر روحانی برجسته شیعه عربستان ، به وی ابلاغ کرد. از سوی دیگر علاءالدین بروجردی رئیس کمیسیون امنیت ملی و سیاست خارجی مجلس تاکید کرد: اعدام شیخ نمر جنایتی است که عواقب گسترده آن متوجه آل‌سعود خواهد شد و انتظار می‌رود کشورهای اسلامی واکنش لازم را درباره این موضوع داشته باشند.
امیرعبداللهیان: ریاض متهم اصلی رشد تروریسم و افراط گرایی در منطقه است
در پی اجرای ناعادلانه حکم اعدام روحانی عالیقدر جهان اسلام آیت ا... شهید شیخ باقر النمر، معاون عربی و آفریقای وزارت امور خارجه، اسحاق العرینی سرپرست سفارت عربستان سعودی در تهران را احضار و به عربستان نسبت به این رفتار غیرانسانی و غیرمسئولانه و تبعات آن شدیداً اعتراض کرد و هشدار داد.
امیرعبداللهیان با انتقاد جدی از حمایت‌های آشکار و پنهان عربستان سعودی از تروریسم و افراط گرایی در منطقه افزود: ریاض متهم اصلی رشد تروریسم و افراط گرایی در منطقه است و با فرافکنی و اعدام عالم برجسته دینی شهید شیخ نمر، در قالب مبارزه با تروریسم، نمی‌تواند خود را از سیاست‌های غلطی که اتخاذ نموده و باعث ناامنی بیشتر در منطقه شده است، تبرئه نماید.
امیرعبداللهیان افزود: هیچ یک از اتهاماتی که در بیانیه وزارت کشور عربستان سعودی آمده است متوجه شیخ نمر نمی‌باشد.
برگزاری تجمع اعتراض آمیز دانشجویان و طلاب
در همین رابطه مرکز خبرحوزه نیز اعلام کرد: حوزه های علمیه سراسر کشور امروز تعطیل و تجمع اعتراض آمیز طلاب سراسر کشور در مدارس علمیه برگزار و مدرسه فیضیه نیز بار دیگر کانون نفرت و انزجار از آل سعود خواهد شد. جمعی از تشکل های دانشجویی و مردمی نیز با صدور اطلاعیه هایی از برگزاری تجمع اعتراضی نسبت به این جنایت مقابل سفارت عربستان در ساعت 15 امروز خبر دادند.
بعد از ظهر دیروز هم تعدادی از اعضای بسیج ناحیه‌های مقاومت تهران در محکومیت جنایت رژیم آل سعود و اعدام روحانی شیعه شیخ نمر باقر النمر در مقابل سفارت عربستان سعودی تجمع کردند.