مرحله یک‌شانزدهم نهایی لیگ اروپا با صعود منچستریونایتد، میلان و رم و حذف لسترسیتی به پایان رسید. منچستریونایتد که بازی رفت را با ۴ گل از رئال‌سوسیداد برده بود، در بازی برگشت در اولدترافورد به تساوی بدون گل رسید و راهی مرحله بعد شد. اویارسابال برای مهمان یک پنالتی را هدر داد. میلان بعد از تساوی ۲-۲ در خانه ستاره‌سرخ، در سن‌سیرو مقابل این حریف به تساوی یک-یک رسید تا با گل زده در خانه حریف صعود کند. کِسیه در دقیقه ۹ از روی نقطه پنالتی برای میلان و نوبوآهن در دقیقه ۲۴ برای ستاره‌سرخ گلزنی کردند.

رم بعد از برد ۲ بر صفر در بازی رفت، بازی برگشت را هم ۳ بر یک از براگا برد. ژکو، پرس و مایورال در دقایق ۲۴، ۷۵ و ۱+۹۰ برای جالوروسی گل زدند. کریستانته در دقیقه ۸۸ گل‌به‌خودی زد و تنها گل براگا به ثبت رسید. لسترسیتی بعد از تساوی بدون گل در بازی رفت، در بازی برگشت به اسلاویاپراگ ۲ بر صفر باخت و حذف شد. پروود و سیما در دقایق ۴۹ و ۷۹ برای تیم چکی گل زدند.

بایرلورکوزن هم دیگر حذف شده بزرگ این مرحله بود. آلمانی‌ها ۲ بر صفر در خانه خودشان به یانگ‌بویز باختند. بازی رفت را هم ۴ بر ۳ باخته بودند. سیباتچو و فاسانچت در دقایق ۴۸ و ۸۶ برای یانگ‌بویز گل زدند. آیندهوون که بازی رفت را ۴ بر ۲ به المپیاکوس باخته بود، در بازی برگشت ۲ بر یک برنده شد که برای صعودشان کافی نبود و تیم یونانی به مرحله بعد رسید. زاهاوی در دقایق ۲۳ و ۴۴ برای آیندهوون و کوکا در دقیقه ۸۸ برای المپیاکوس گل زدند.

دیناموزاگرب که صادق محرمی را به دلیل مصدومیت در اختیار نداشت، با تنها گل اورشیچ در دقیقه ۳۱ کراسنودار را برد و حذف کرد. دینامو بازی رفت را ۳ بر ۲ برده بود. بروژ در خانه با یک گل که بیوالسکی در دقیقه ۸۳ زد به دیناموکیف باخت. با توجه به تساوی یک-یک در بازی رفت، دیناموکیف صعود کرد.