محمدجواد ظریف نقش آیت‌الله سیستانی در ایجاد امنیت در عراق و کل منطقه را ستایش کرد. به گزارش ایرنا، وزیر خارجه  کشورمان در توئیتی که به زبان عربی نوشته شده اعلام کرد: «مرجع عالیقدر آیت‌الله سیستانی، قلعه استوار عراق، دروازه امنیت منطقه و سرمایه‌ای برای کل جهان اسلام است. ایران از نقش والای ایشان در برقراری امنیت و ثبات در عراق، حفظ حاکمیت و تمامیت ارضی آن، خلاص شدن از شر نیروهای اشغالگر و ساختن یک عراق جدید با توجه به نیازهای مردم برادر خود قدردانی می‌کند.»
توئیت تبیین کننده نگاه دستگاه دیپلماسی دولت جمهوری اسلامی ایران به جایگاه و نقش آیت‌الله سیستانی در عراق و منطقه پس از آن بود که موضعگیری حسین شریعتمداری مدیرمسئول روزنامه کیهان درباره آنچه پیشنهاد مرجع شیعیان عراق مبنی بر نظارت سازمان ملل بر انتخابات عراق خوانده بود هم در ایران و هم در عراق واکنش برانگیز شد. تا آنجا که  نوری المالکی رهبر ائتلاف قانون عراق و نخست وزیر پیشین این کشور با انتشار بیانیه‌ای با یادآوری اینکه «حضرت آیت‌الله سیستانی، مرجع عالیقدر تشیع همواره در خدمت امنیت عراق برای حفاظت از روند سیاسی بوده و در سخت‌ترین شرایط از کشور پشتیبانی کرده است و ایشان مورد حمایت همه طیف‌های ملت عراق قرار دارد»، تأکید کرد: «یادداشت یک روزنامه در ایران و انتقاد موجود در آن که توهین به مرجعیت عالیقدر در پی استقبال ایشان از جنین هنیس پلاسخارت، نماینده ویژه سازمان ملل به شمار می‌آید را شدیداً محکوم می‌کنیم، این اقدام توهین به همه مردم عراق به شمار می‌رود.» المالکی سپس از روزنامه کیهان خواست تا این موضع نامطلوب خود را که با موضع جمهوری اسلامی ایران و احترام عمیق این کشور به مرجعیت عالیقدر در تعارض است؛ اصلاح کند.
سخنگوی وزارت خارجه کشورمان امروز تأکید کرد که موضع روزنامه کیهان هیچ ربطی به ارکان جمهوری اسلامی ایران ندارد. سعید خطیب‌زاده در نشست خبری هفتگی با تأکید بر نقش بی‌بدیل آیت‌الله سیستانی در عراق گفت: جمهوری اسلامی ایران برای این رکن مهم و اساسی احترام ویژه‌ای قائل است و طبیعی است که ما تحمل نمی‌کنیم که به جایگاه مرجعیت تخطی صورت بگیرد.
در درون ایران نیز یادداشت مسیح مهاجری مدیرمسئول روزنامه جمهوری اسلامی از جمله نقدهای مکتوبی بود که بر موضعگیری شریعتمداری انجام شد. مهاجری در این یادداشت با بیان اینکه بزرگ‌ترین دشمن استقلال فکری، افراد خودخواه، مستبد، خودبزرگ‌بین و انحصارطلب هستند و  افرادی که این چهار ویژگی منفی را در خود جمع کرده‌اند، می‌خواهند تمام افراد تابع آنها باشند و هرگز برخلاف نظر آنها نه نظری بدهند و نه حتی چیزی بفهمند، نوشت: زشت‌تر این است که این افراد انحصارطلب، به محیطی که خود در آن زندگی می‌کنند اکتفا نمی‌کنند و می‌خواهند سلطه فکری خود را حتی به خارج از مرزها نیز گسترش دهند. اینان می‌گویند هرچه من معتقدم، همه باید در سرتاسر جهان آن را قبول داشته باشند و چیزی برخلاف آن نگویند.
مهاجری سپس یادآور شد که «حضرت آیت‌الله سیستانی با تفکر و روش خاص خود، عراق را از دوران حاکمیت حاکم نظامی امریکایی به سلامت عبور دادند، زمینه را برای قانون اساسی جدید عراق با تکیه بر همین روش به نفع ملت عراق فراهم کردند، اختلافات مذهبی و قومی و فرقه‌ای داخل عراق را با همین روش حل و فصل کردند و تا امروز توانستند عراق را از خطرهای زیادی برهانند.»
این نخستین بار نیست که موضعگیری‌های روزنامه کیهان در مسائل منطقه‌ای واکنش برانگیز می‌شود. چنان که با وجود قرار داشتن مبنای رویکرد سیاست منطقه‌ای جمهوری اسلامی ایران بر حمایت از حل منازعات از طریق گفت وگو و تلاش برای ایجاد همگرایی منطقه‌ای،  روزنامه کیهان در جریان جنگ یمن بارها با انتشار تیترهای اول جنجالی، این تحلیل نادرست را القاء می کرد که گویا موشک‌های انصارالله در اصابت به تأسیسات زیرساختی عربستان و امارات نه از یمن که از ایران هدایت می‌شوند. ادعایی که کشورهای غربی سعی داشتند از آن بر علیه کشورمان بهره‌گیری کنند و برای اثبات ادعایشان کافی بود تیترهای بحث برانگیز و جنجالی کیهان را روی میز بگذارند.