مسیح مهاجری با انتقاد از اختلاف پیش آمده بین آیات یزدی و آملی لاریجانی، می‌گوید: آنچه بین این دو چهره اتفاق افتاد مباحثه نبود، بدوبیراه گفتن بود. این خوب نیست. وقتی دوتا رئیس سابق قوه قضائیه به همدیگر می‌پرند و همدیگر را آن‌طور لخت و عریان افشا می‌کنند، مردم چه بگویند؟
مدیر مسئول روزنامه جمهوری اسلامی در گفت‌و‌گو با خبرآنلاین در پاسخ به سؤالی درباره تلاش طیفی از تندروها برای ایجاد دوقطبی و دوگانه بین روحانیت در قم و تأثیر این موضوع بر بی‌اعتبار شدن جایگاه حوزه و روحانیت، گفت: این دوگانه‌سازی در دل روحانیت وجود دارد و بسیار خطرناک است. منشأ آن هم، خود حق‌پنداری است. یک عده‌ای فکر می‌کنند که انقلاب هستند، انقلابی هستند، اسلام هستند، حق هستند. آنها می‌فهمند و دیگران نمی‌فهمند. این تفکرات خطرناک است، اساساً هیچ کسی نباید خودش را اسلام بپندازد.
مسیح مهاجری با تأکید براینکه قم باید آزادترین مرکز گفت‌و‌گوها باشد، خاطرنشان کرد: اینکه یکی حرف بزند و بگویید تو انقلابی نیستی و می‌خواهی از انقلابی‌ها کسب حیثیت کنی و فقط ما باید حرف بزنیم و تو اصلاً نباید حرف بزنی رویه‌ای اشتباه و خلاف است. ما الان دچار چنین بیماری در قم هستیم، این بیماری باید در قم ریشه‌کن شود، قم باید به هویت اصلی خودش برگردد. همه آزادانه حرف خود را بزنند، همه تحمل کنند و اگر لازم شد رد هم بکنند. حیات علم و جامعه به نقد و رد است. یعنی شما حرف بزنی من جواب بدهم و رد کنم و ادامه پیدا کند. همدیگر را تحمل کنیم. مهاجری در پاسخ به این سؤال که چرا هر اقدام تند و افراطی که خاصه در قم صورت می‌گیرد به طیف آیت‌الله مصباح ربط می‌دهند، آیا واقعاً چنین چیزی صحت دارد یا برخی تندروی‌ها به اسم این طیف تمام می‌شود، عنوان کرد: می‌شود گفت که هر دو وجه درست است هم منتسب به آقای مصباح هستند هم سوءاستفاده می‌کنند ولی نمی‌توان میزانش را دقیق گفت ولی هردو هست. مهاجری با بیان اینکه «قم باید پناهگاه مردم باشد، روحانیت باید پناهگاه مردم باشد ولی الان این‌طور نیستند» تأکید کرد: در همین دعوای اخیر برخی به من گفتند آقا ما در این دعوا خدا را ندیدیم. راست هم می‌گویند یعنی روحانیت هزارسال است که می‌گوید خدا. ولی حالا مردم بگویند روحانیت حرف‌هایی به هم می‌زنند که ما در آن خدا را نمی‌بینیم؟ این بد است البته بازهم می‌گویم که این وضعیت، همه روحانیت را شامل نمی‌شود ولی همین موارد در جامعه مطرح می‌شود و نگاه جامعه به روحانیت از این زاویه است. خوب‌ها را کمتر می‌بینند یا چون سروصدا ندارند نمی‌بینند ولی متأسفانه در کل بدن سالم یک زخم خودش را نشان می‌دهند.