محمد شاه 6ماه بعد از نشستن بر تخت سلطنت، فرمان قتل قائم‌مقام فراهانی در باغ نگارستان را صادر کرد. خان ملک ساسانی در کتاب سیاستگران دوره قاجار آورده است: «هنگام غروب، قائم‌مقام در باغ لاله‌زار بیرون از باروی تهران به وسیله پیشخدمتی از طرف شاه احضار می‌شود. دربان او می‌پرسد: کجا می‌روی؟

می‌گوید: زود برمی‌گردم پیرمرد! و سوار اسب می‌شود و به باغ نگارستان می‌رود.» قائم‌مقام به باغ می‌رسد و سراغ محمد شاه را می‌گیرد. به او جواب سربالا می‌دهند. مجبور می‌شود 5یا 6 روز در حوضخانه باغ نگارستان محبوس بماند و گرسنگی تحمل کند. می‌گویند در اتاق قدم زده و این شعر را با ناخن بر دیوار می‌نویسد:

«روزگار است اینکه گه عزت دهد گه خوار دارد/ چرخ بازیگر از این بازیچه‌ها بسیار دارد». اسماعیل خان قراچه داغی همراه سرهنگ فراشخانه میرغضب‌باشی و چند میرغضب دیگر در آخرین شب ماه صفر بر سر قائم‌مقام ریخته و او را زمین می‌زنند. دستمالی در حلقش فرو برده و او را خفه می‌کنند و دهانی را که برای خدمت به ایران فداکاری می‌کرد برای همیشه می‌بندند. قائم‌مقام هیچ‌گاه از باغ نگارستان خارج نشد. مزار قائم‌مقام در حرم عبدالعظیم(ع) است.