در دولت نهم سازمان میراث فرهنگی دو ادغام را تجربه کرد که به خاطر این موضوع، ناموزونی و ناپیوستگی بین بخش‌های آن به وجود آمد و به پیوست آن در دولت دهم جایگاه واقعی سازمان متزلزل شد. در تابستان سال 1389 به دستور معاون رئیس‌جمهوری و رئیس وقت سازمان میراث، با سیاسی شدن بیش ازحد آن و تاکید بر تمرکززدایی از تهران، اقدام به جابه‌جایی آن به دو شهر اصفهان و شیراز کرد که بهتر است از این جابه‌جایی به‌عنوان یک فاجعه نام ببریم، چون موجب شد همه ارکان سازمان از بین برود. اگرچه اتفاقات ناگوار دیگری هم برای سازمان افتاد. همانند تاکید بر عضو‌گیری شرکتی‌ها در بدنه اجرایی دستگاه دولتی یا انتقال نیرو‌های غیرمتخصص و متعهد از آموزش و پرورش به میراث فرهنگی، صنایع‌دستی و گردشگری که موجب شد جمعیت 800 نفری سازمان با وجود چارت تصویبی 950 نفری به یکباره به 8 – 7 هزار نفر افزایش یابد. باید اذعان کرد بخشی از آسیب‌های وارده بر پیکره سازمان میراث فرهنگی، صنایع‌دستی و گردشگری در سال‌های اخیر نتیجه ورود و تسلط جمعی غیرمتخصص و متعهد و بی‌اعتنایی به توان و تجربه ارزشمند کارشناسان درون سازمان و متخصصان و صاحب‌نظران دانشگاهی بود. در حال حاضر نیز بالای 50 درصد نیروهای سازمان دیپلمه و زیردیپلم هستند که برای کار تخصصی و فرهنگی سازمان مناسب نیستند. با وزارتخانه شدن سازمان میراث فرهنگی، صنایع‌دستی و گردشگری نه‌تنها توان تعامل و هماهنگی آن دستگاه با وزارتخانه‌هایی که دانسته یا ندانسته طرح‌های اجرایی‌شان منجر به آسیب‌رسانی به میراث فرهنگی می‌شود بالا می‌رود و به پایداری بیشتر توسعه می‌انجامد، بلکه مجلس شورای اسلامی در این حوزه‌ بسیار مهم ــ که در واقع تقویت‌کننده‌ مهم‌ترین عنصر فرهنگی ما در جهان، یعنی هویت است ــ نیز به راس امور بازگشته و توان نظارت بر میراثی را خواهد داشت که متعلق به تمامی نسل‌های ملت ایران، از گذشته تا به امروز و نیز آینده است. اما قبل از این تغییر، سه مورد باید مورد توجه کمیسیون فرهنگی و کلیت مجلس قرار گیرد تا این تبدیل استفاده بهینه از فرصت‌ها باشد. یک بازنگری در اساسنامه سازمان برای تبدیل به وزارتخانه، دوم بازنگری و به‌روز‌رسانی در قوانین مرتبط با میراث فرهنگی و در آخر جایگزین کردن نیرو‌ها و کارشناسان متخصص و متعهد به جای نیرو‌های غیرمرتبط و متخصص که نابجا به کالبد سازمان تزریق شدند. در غیر این صورت تجربه نشان داده که این تبدیل نه‌تنها مثبت نخواهد بود بلکه تهدیدی جدی برای این سازمان و به پیوست آن ضربه نهایی بر میراث فرهنگی کشورمان خواهد بود.