شناسهٔ خبر: 78783914 - سرویس فرهنگی
نسخه قابل چاپ منبع: جام‌جم آنلاین | لینک خبر

سال‌ها مبارزه خاموش و آشکار، از سخنرانی در مساجد تا خطبه‌های آتشین در حرم امام رضا(ع)، از جلسات مخفیانه با یاران تا ایستادگی در برابر ساواک همه و همه قائد شهید را به نمادی از استقامت و فداکاری تبدیل کرد

یک عمر جهاد و استقامت

در شهر مقدس مشهد، جایی که عطر ایمان و مبارزه در هر کوچه‌اش جاری است در فروردین ۱۳۱۸ پسری به نام سیدعلی حسینی خامنه‌ای چشم به جهان گشود؛ پسری که سرنوشتش با سرنوشت یک ملت گره خورده بود. در شهر مقدس مشهد، جایی که عطر ایمان و مبارزه در هر کوچه‌اش جاری است در فروردین ۱۳۱۸ پسری به نام سیدعلی حسینی خامنه‌ای چشم به جهان گشود؛ پسری که سرنوشتش با سر...

صاحب‌خبر -
 
از همان روزهای کودکی، در سایه پدری عالم و مادری زاهد، بذر عشق به خدا، قرآن و وطن در جانش کاشته شد. او که با اشک و لبخند بزرگ شد، به‌زودی طعم تلخ زندان، تبعید و شکنجه را چشید تا بتواند برای آزادی این ملت فریاد بزند. مردی که قلبش برای امامش، برای انقلابش و برای مردمش می‌تپید، حتی وقتی بمب در مسجد ابوذر ترکید و بدنش را مجروح کرد، لحظه‌ای از میدان جهاد عقب ننشست. او عاشقی بود که تمام عمرش را وقف آرمان‌های بلند اسلامی کرد؛ آرمان‌هایی که برای‌شان زندان را به جان خرید، جنگ را مدیریت کرد، کشور را اداره کرد و سرانجام در ۹اسفند ۱۴۰۴  توسط آمریکای پلید و رژیم صهیونیستی به فیض شهادت نائل آمد؛ شهیدی که خونش همچنان فریاد «ما منتظر تو هستیم» را در رگ‌های این ملت زنده نگه‌می‌دارد؛ فریادی از عشق، مقاومت و ولایت. 

خاندان 
پدرش سیدجواد خامنه‌ای از علما و مجتهدین عصر خود بود که در نجف متولد شد و در کودکی همراه خانواده‌اش به تبریز آمد. پس از اتمام دوره سطح، در حدود سال ۱۳۳۶ قمری به مشهد مهاجرت کرد و ضمن تدریس، امامت مسجد صدیقی‌های بازار مشهد (مسجد آذربایجانی‌ها) را عهده‌دار شد. 
بانو میردامادی مادر آیت‌ا‌لله خامنه‌ای بانویی زاهد، متشرع، آشنا با آیات قرآن، احادیث، تاریخ و ادبیات بود. او در جریان مبارزه با رژیم پهلوی با فرزندان مبارزش به‌ویژه آیت‌ا‌لله سیدعلی خامنه‌ای همگام بود. 
سیدعلی خامنه‌ای تحصیل را در چهار سالگی از مکتب‌خانه و با فراگیری قرآن کریم شروع کرد. دوره دبستان را در نخستین مدرسه اسلامی مشهد (دارالتعلیم دیانتی) گذراند. در همین ایام، یادگیری قرائت و تجوید قرآن را نزد برخی قاریان قرآن مشهد آغاز کرد. 
همزمان با تحصیل در کلاس پنجم دبستان، تحصیلات مقدماتی حوزوی را نیز آغاز کرد. شوق وافر او به تحصیلات حوزوی و تشویق والدین سبب شد وی پس از اتمام دوره دبستان، وارد دنیای طلبگی شود و تحصیل علوم دینی را در مدرسه سلیمان‌خان ادامه دهد. وی بخشی از مقدمات را نزد پدر طی کرد. سپس به مدرسه نواب رفت و دوره سطح را در آن به پایان برد. همزمان با تحصیلات حوزوی دوره دبیرستان را تا سال دوم متوسطه ادامه داد. 
 وی معالم‌الاصول را نزد آیت‌ا‌لله سیدجلیل حسینی سیستانی و شرح لمعه را نزد پدر و میرزا احمد مدرس یزدی فرا گرفت. رسائل، مکاسب و کفایه را نیز نزد پدر و آیت‌ا‌لله حاج شیخ هاشم قزوینی آموخت. در سال ۱۳۳۴ شمسی در درس خارج فقه آیت‌ا‌لله سیدمحمدهادی میلانی حاضر شد. 
وی در سال۱۳۳۶ شمسی طی سفر کوتاهی همراه خانواده به نجف اشرف مشرف شد و در دروس مدرسان بنام حوزه علمیه نجف، از جمله سید‌محسن حکیم، سیدابوالقاسم خویی، سیدمحمود شاهرودی، میرزاباقر زنجانی و میرزاحسن بجنوردی حضور یافت ولی به‌دلیل عدم تمایل پدر برای اقامت در آن شهر به مشهد بازگشت و به مدت یک‌سال دیگر در درس آیت‌ا‌لله میلانی حاضر شد. سپس در سال ۱۳۳۷ شمسی به شوق ادامه تحصیل عازم حوزه علمیه قم شد. در همین سال و پیش از عزیمت به قم، آیت‌ا‌لله محمدهادی میلانی به وی اجازه روایت داده بود. 
سیدعلی خامنه‌ای در قم نزد بزرگانی چون سیدحسین بروجردی، امام خمینی، حاج شیخ‌ مرتضی حائری یزدی، سیدمحمد محقق داماد و علامه طباطبایی تلمذ نمود. در مدت اقامت در قم اکثر وقت خود را به تحقیق، مطالعه و تدریس می‌گذراند. 
آیت‌ا‌لله خامنه‌ای در ۱۳۴۳ شمسی به‌دلیل عارضه بینایی پدر و کمک به وی به ضرورت از قم به مشهد بازگشت و بار دیگر در جلسات درس آیت‌ا‌لله میلانی حضور یافت که تا سال ۱۳۴۹ ادامه داشت. او از ابتدای حضور در مشهد، به تدریس سطوح عالی فقه و اصول (رسائل، مکاسب و کفایه) و برگزاری جلسات تفسیر برای عموم همت گماشت. در این جلسات جمعیت کثیری از قشر جوان به‌ویژه دانشجویان حضور پیدا می‌کردند. در جلسات تفسیر خود، مهم‌ترین پایه‌های فکری اسلام و اندیشه اسلامی را از خلال آیات قرآن استخراج و بیان می‌نمود و به تعمیق بنیان‌های اندیشه مبارزه و براندازی حکومت طاغوت می‌پرداخت به‌صورتی که شرکت‌کننده در درس تفسیر او به این نتیجه ضروری و طبیعی می‌رسید که حکومتی بر پایه اسلام و معارف دین باید در کشور تحقق یابد. یکی از اهداف اصلی او از تفسیر، انتقال مبانی انقلاب اسلامی به جامعه بود از سال ۱۳۴۷ درس تخصصی تفسیر را برای طلاب علوم دینی شروع کرد که این دروس و جلسات تفسیر تا سال ۱۳۵۶ و قبل از دستگیری و تبعید به ایرانشهر ادامه داشت. جلسات تفسیر در سالیانی از دوره ریاست جمهوری و پس از آن ادامه داشت. 
ایشان از سال ۱۳۶۹ تدریس خارج فقه را آغاز کرد و به تدریس ابواب جهاد، قصاص، مکاسب محرمه و صلاه مسافر پرداختند. 

  شخصیت ادبی 
  آیت‌ا‌لله خامنه‌ای با حوزه شعر و ادبیات مأنوس بود و همواره به مطالعه رمان و داستان علاقه نشان ‌می‌داد و بسیاری از رمان‌ها و داستان‌های معتبر دنیا را مطالعه کرده بود. این علاقه با مطالعه رمان‌ها و آثار ادبی نویسندگان بزرگ جهان و تاریخ و فرهنگ ملل شرق و غرب تداوم پیدا کرد. حتی به نقد کتاب‌های ادبی و شعر هم می‌پرداخت و با بسیاری از شاعران، نویسندگان و روشنفکران زمانه در ارتباط بود. 
در ایامی که در مشهد حضور داشت در برخی از انجمن‌های ادبی که با حضور شعرای بزرگ تشکیل می‌شد شرکت می‌کرد. در انجمن‌های ادبی به نقد شعر می‌پرداخت. او خودش نیز اشعاری سروده و در سال‌های اخیر تخلص «امین» را برگزیده بود. مطالعه کتب تاریخی بخش دیگری از برنامه مطالعاتی دائمی اوست و به مباحث و موضوعات تاریخ معاصر احاطه دارد. 

  آثار 
آیت‌ا‌لله خامنه‌ای تحقیق و تألیف را از دوران طلبگی آغاز کرد و تقریرات دروس اساتید خود را نگاشت و قبل از پیروزی انقلاب به ترجمه و تألیف چند اثر همت گماشت. 
تألیفات و پژوهش‌ها: 
۱. چهار کتاب اصلی علم رجال 
۲. طرح کلی اندیشه اسلامی در قرآن 
۳. پیشوای صادق 
۴. از ژرفای نماز 
۵. صبر 
۶. روح توحید نفی عبودیت غیرخدا  
۷. گزارشی از سابقه تاریخی و اوضاع کنونی حوزه علمیه قم  

  ترجمه‌ها:  

۱. «آینده در قلمرو اسلام» نوشته سیدقطب 
۲. «صلح امام حسن: پرشکوه‌ترین نرمش قهرمانانه تاریخ» نوشته شیخ راضی آل‌یاسین 
۳. «تفسیر فی‌ ظلال ‌القرآن» نوشته سیدقطب 
۴. «مسلمانان در نهضت آزادی هندوستان» نوشته عبدالمنعم النمر 
۵. «ادعانامه علیه تمدن غرب» (ترجمه و تحقیقات) 
علاوه بر آن، بسیاری از آرا و اندیشه‌های ایشان که در گفتار و نوشتار ایشان و در قالب پیام، سخنرانی، خطبه، مصاحبه منعکس شده است به‌صورت کتاب و نرم‌افزار با عناوین گوناگون و به‌صورت موضوعی منتشر گردیده و برخی از آنها نیز به زبان‌های دیگر ترجمه شده است. همچنین پایان‌نامه‌ها، رساله‌ها، مقالات و کتاب‌های گوناگونی ناظر برافکار و اندیشه‌های ایشان تألیف و تدوین شده است. 
همچنین بخشی از مجموعه بیانات و مکتوبات ایشان در دوره رهبری با عنوان «حدیث ولایت» منتشر گردیده است. 

  دوران مبارزات پیش از انقلاب: 
   دوران مبارزات پیش از انقلاب آیت‌ا‌لله سیدعلی خامنه‌ای با پیشینه فعالیت‌های سیاسی_مذهبی خاندان آغاز شد که نقطه آغازین آن دیدار با سیدمجتبی نواب صفوی در مشهد و نخستین دیدار با امام خمینی(ره) در سال ۱۳۳۶ بود و چهره سیاسی امام در جریان لایحه انجمن‌های ایالتی و ولایتی برای ایشان آشکار گردید.ایشان با آغاز نهضت اسلامی در سال ۱۳۴۱ وارد عرصه مبارزه شد و در آستانه محرم ۱۳۴۲ مامور رساندن پیام‌های امام به علمای خراسان از جمله آیت‌ا‌لله میلانی گردید، برای تبیین جنایات رژیم به بیرجند رفت و سخنرانی کرد که منجر به نخستین دستگیری وی در خرداد ۱۳۴۲ (هفتم محرم) شد. پس از آزادی در جلسات منزل آیت‌ا‌لله میلانی شرکت کرد، به قم بازگشت، فعالیت‌های سازماندهی سیاسی را ادامه داد و در تلگرام حمایت از زندانیان و نامه اعتراضی طلاب خراسانی نقش داشت. دومین بازداشت در بهمن ۱۳۴۲ پس از سفر تبلیغی به زاهدان و سخنرانی‌های پرمخاطب رخ داد و پس از آزادی فعالیت‌ها تحت نظارت ساواک قرار گرفت. در پاییز ۱۳۴۳ به مشهد بازگشت و در تشکیل جلسه ۱۱‌نفره حوزه علمیه قم همراه هاشمی رفسنجانی، منتظری، مشکینی، مصباح یزدی و دیگران برای تقویت حوزه و مبارزه با رژیم مشارکت کرد که این اولین تشکیلات سری حوزه بود و در اواخر ۱۳۴۵ توسط ساواک کشف شد.  او از اعضای اولیه جامعه مدرسین بود و کتاب «آینده در قلمرو اسلام» را مخفیانه ترجمه کرد. در تهران و کرج فعالیت داشت و امامت جماعت مسجد امیرالمومنین را بر‌عهده گرفت. سومین بازداشت در فروردین ۱۳۴۶ پس از اعتراض به دستگیری آیت‌ا‌لله قمی رخ داد و پس از آزادی به تشکل‌بخشی مبارزان، تربیت نسل جدید، اخذ مبانی از قرآن و مقابله با اندیشه‌های مادی‌گرا پرداخت، در زلزله فردوس سرپرست امداد بود و ممنوع‌الخروج شد. به اتهام عضویت در گروه ۱۱‌نفره به شش ماه حبس محکوم گردید اما در دادگاه حاضر نشد، با علمای مبارز ارتباط داشت و جلسات تفسیر برای طلاب و دانشجویان برگزار کرد. در سال‌های ۱۳۴۹_۱۳۴۸ سخنرانی‌های تاثیرگذار در حسینیه ارشاد و مسجد الجواد ایراد کرد و جلساتی برای تدوین جهان‌بینی اسلامی با متفکران برگزار نمود. چهارمین بازداشت در مهر ۱۳۴۹ پس از تلاش برای تحکیم مرجعیت امام خمینی رخ داد و در سال ۱۳۵۰ سه بار دیگر بازداشت شد. جلسات درس و تفسیر در مشهد، نیشابور و تهران ادامه یافت و مسجد کرامت را به کانون فعالیت تبدیل کرد. در زندان ششم (آبان_دی ۱۳۵۳) سخت‌ترین دوره حبس را در کمیته مشترک ضدخرابکاری تجربه کرد. پس از آزادی فعالیت‌های مخفیانه را ادامه داد، کتاب «طرح کلی اندیشه اسلامی در قرآن» را منتشر کرد و در امداد سیل قوچان و مراسم ترحیم شریعتی فعال بود. پس از درگذشت آیت‌ا‌لله مصطفی خمینی به تبعید ایرانشهر محکوم شد، با مردم محلی ارتباط برقرار کرد، در سیل امدادرسانی نمود و نامه محکومیت کشتار یزد را منتشر کرد. سپس تبعیدش به جیرفت تغییر یافت و آنجا نیز به سخنرانی و تداوم نهضت پرداخت. در اول مهر ۱۳۵۷ به مشهد بازگشت، تظاهرات را ساماندهی کرد و در ورزشگاه سعدآباد سخنرانی نمود. در عاشورای ۱۳۵۷ سخنرانی پرشوری در حرم امام رضا(ع) ایراد کرد، خطبه را به نام امام خمینی خواند و تظاهرات را رهبری کرد. در تظاهرات ۹دی مشهد همراه علما حرکت کرد و پس از فاجعه خونین اعلامیه صادر نمود. در دی ۱۳۵۷ به عضویت شورای انقلاب درآمد، مسئولیت کمیته تبلیغات را عهده‌دار شد، در تحصن مسجد دانشگاه تهران نقش داشت، در استقبال از امام خمینی حضور یافت و در دهه فجر نشریه «امام» را منتشر کرد.

  دهه اول انقلاب اسلامی: بهمن ۱۳۵۷_خرداد ۱۳۶۸ 
  یکی از نخستین عرصه‌های نقش‌آفرینی آیت‌ا‌لله خامنه‌ای در روند تکون نظام جمهوری اسلامی، عضویت و فعالیت در شورای انقلاب بود. این شورا پس از مهاجرت امام خمینی به فرانسه در مهر ۱۳۵۷ و ظهور نشانه‌های پیروزی انقلاب اسلامی و ورود نهضت اسلامی به مرحله انقلاب با نظر امام خمینی از اوایل آبان شکل گرفت و اعضای آن توسط امام خمینی به‌تدریج انتخاب شدند اما به‌لحاظ رعایت ملاحظات مختلف به‌صورت رسمی در آستانه پیروزی انقلاب در دی ۱۳۵۷ اعلام گردید. 
نخستین اعضای شورا آقایان مرتضی مطهری، سیدمحمد حسینی بهشتی، سیدعبدالکریم موسوی اردبیلی، محمدرضا مهدوی کنی، سیدعلی خامنه‌ای ، محمدجواد باهنر و اکبر هاشمی رفسنجانی بودند. در ادامه کار شورا نیز افراد دیگری به عضویت آن درآمدند. آیت‌ا‌لله خامنه‌ای در اواخر دی‌ماه در این جلسات حضور پیدا کرد. شورا در این مقطع، تصمیم‌گیری‌های مهم در مورد مبارزه را برعهده داشت. از جمله آنها مذاکره با مقامات حکومت پهلوی و مقامات کشورهای خارجی از جمله آمریکا و نیز تشکیل کمیته استقبال از امام خمینی بود. اقدام مهم دیگر شورای انقلاب در مقطع قبل از پیروزی، معرفی مهدی بازرگان به‌عنوان رئیس دولت موقت به امام خمینی بود. به‌رغم تغییر چندین ‌باره ترکیب اعضای شورای انقلاب در ادوار چهارگانه آن تا پایان فعالیتش در ۲۹تیر ۱۳۵۹ آیت‌ا‌لله خامنه‌ای عضو ثابت آن باقی ماند. ایستادگی در برابر نظرات و مواضع جهت‌دار اعضای موسوم به «لیبرال» شورا، هشدارهای مکرر نسبت به ضرورت جلوگیری از نفوذ اعضا و هواداران حزب توده ایران و دیگر احزاب و گروه‌های مخالف انقلاب اسلامی در ارتش و عرصه فرهنگ کشور از مواضع مهم وی در جلسات و تصمیمات شورا بود. 
او معتقد بود در شورای انقلاب باید از اقشار گوناگون جامعه نماینده‌ای حضور داشته باشد. مسائل کردستان، سیستان و بلوچستان و دیگر مناطق کشور و ضرورت حفظ وحدت از دیگر موضوعات مهم و مورد توجه وی در شورای انقلاب بود. او بر این عقیده بود که دولت موقت در قضیه کردستان ضعف نشان داده و باید آن را از راه‌های مختلف حل کرد و از سرایت آن به سایر مناطق قومی کشور جلوگیری نمود. در مورد منطقه سیستان و بلوچستان نیز براساس از تجربه حضورش در زمان تبعید و اطلاع از اوضاع سیاسی و اجتماعی آن منطقه، بر بهبود وضع اقتصادی و معیشتی مردم آن دیار تاکید داشت. در این زمینه در ۹فروردین ۱۳۵۸ از سوی امام خمینی ماموریت یافت در رأس هیأتی عازم آن منطقه شود تا به خواست‌ها و مشکلات مردم رسیدگی و در مورد وضعیت آن منطقه گزارشی تهیه کند. در این سفر، افزون بر ماموریت یادشده، با برخی از سران و متنفذین محلی منطقه دیدار و سیاست‌های نظام جمهوری اسلامی را برای آنها تشریح و تبیین کرد. 
حمایت از تأسیس و تقویت نهادهای انقلابی و مردمی چون سپاه پاسداران انقلاب اسلامی و جهاد سازندگی از دیگر مواضع اصولی وی در شورای انقلاب بود. 

  معاونت امور انقلاب وزارت دفاع ملی 
با ادغام دولت موقت و شورای انقلاب در آخر تیر ۱۳۵۸ برخی اعضای شورای انقلاب از سوی آن شورا به برخی وزارتخانه‌های حساس راه یافتند و از آن جمله آیت‌ا‌لله خامنه‌ای به معاونت امور انقلاب وزارت دفاع انتخاب گردید. همچنین در جریان ادغام شورای انقلاب و دولت موقت که با هدف تمرکز بیشتر در قوه مجریه صورت گرفت به عضویت کمیسیون وزرای امنیتی که سرپرستی و مسئولیت کلیه امور انتظامی،    نظامی و امنیتی از جمله بحران‌های گنبد، کردستان و خوزستان و مقابله با اقدامات احزاب و گروه‌های ضدانقلاب را بر‌عهده داشت انتخاب شد. 

  سرپرستی سپاه پاسداران 
از دیگر ماموریت‌های او از طرف شورای انقلاب، مسئولیت مرکز اسناد و نیز سرپرستی سپاه پاسداران انقلاب اسلامی در ۳آذر ۱۳۵۸ بود. وی قبل از این نیز به نمایندگی از سوی شورای انقلاب در برخی جلسات سپاه پاسداران شرکت می‌کرد. علت انتخاب او به سرپرستی سپاه، باقی ماندن پاره‌ای اختلافات در بدنه و سازمان سپاه بود که در ماه‌های پس از پیروزی انقلاب اسلامی شکل گرفته و با تلاش‌های میانجیگرانه به نتیجه نرسیده بود. وی که از حامیان نیروهای نظامی مردمی به‌ویژه سپاه بود در مدت حضور در رأس آن نیرو سعی کرد علاوه بر رفع اختلافات موجود، سازمان مناسبی بدان بدهد. او در ۵اسفند ۱۳۵۸ از مسئولیت سرپرستی سپاه به‌دلیل نامزدی در انتخابات نخستین دوره مجلس شورای اسلامی استعفا داد.

  تأسیس حزب جمهوری اسلامی
   آیت‌ا‌لله خامنه‌ای در ایام منتهی به پیروزی انقلاب اسلامی و پس از آن همزمان با حضور مؤثر در شورای انقلاب و تمشیت امور انقلاب در دوره گذار، به‌همراه سید‌محمد حسینی بهشتی، اکبر هاشمی رفسنجانی، سیدعبدالکریم موسوی اردبیلی و محمدجواد باهنر برای ایجاد تشکلی انقلابی فعالیت کرد که این تشکل با نام «حزب جمهوری اسلامی» در ۲۹بهمن ۱۳۵۷ رسما اعلام موجودیت کرد. هرچند پایه‌های تأسیس آن به جلساتی در مشهد در تابستان ۱۳۵۶ برمی‌گشت که در آن برخی از مبارزان از جمله مؤسسین بعدی حزب درصدد تشکیل مجمع و سازمان متشکلی برای فعالیت بر ضد حکومت پهلوی و توسعه اندیشه اسلامی بودند و حزب در دوره فعالیت غیررسمی خود در ماه‌های منتهی به پیروزی انقلاب نقش مؤثری در برگزاری اجتماعات و سخنرانی‌ها بر‌عهده داشت که فعالیت آیت‌ا‌لله خامنه‌ای در این زمینه قابل ملاحظه بود. وی از تهیه‌کنندگان مرامنامه حزب بود وظیفه تبلیغات حزب را برعهده گرفت. عضو مؤسس و عضو شورای مرکزی حزب به‌شمار می‌رفت و در دوره تأسیس بیشتر نقش تبیینی ایفا کرد و مواضع حزب را به‌صورت گفتارها و جزوه‌هایی ارائه نمود و در تأسیس شعبه حزب در مشهد نقش داشت و دفتر آن شعبه را در اسفند ۱۳۵۷ افتتاح کرد. پس از آیت‌ا‌لله بهشتی و دکتر باهنر به‌عنوان اولین و دومین دبیرکل حزب، آیت‌ا‌لله خامنه‌ای در شهریور ۱۳۶۰ از سوی شورای مرکزی حزب به‌عنوان سومین دبیرکل انتخاب شد و در سال‌های پس از پیروزی انقلاب تا زمان تثبیت نظام جمهوری اسلامی در دهه ۱۳۶۰، حزب جمهوری اسلامی به مثابه رکن مهمی از حاکمیت خارج از ساختار سیاسی رسمی فعالیت می‌کرد و مقوم پایه‌های نظام جمهوری اسلامی بود. او حزب را نهادی ضروری جهت حفاظت از کلیت نظام نوپای جمهوری اسلامی می‌دانست. نخستین کنگره حزب در اردیبهشت ۱۳۶۲ برگزار شد و او برای دومین بار به دبیرکلی حزب و عضویت شورای مرکزی و شورای داوری انتخاب گردید و در طول دوران ریاست جمهوری در جلسات حزب در تهران و شهرستان‌ها شرکت می‌کرد و ضمن تبیین ماموریت‌ها و اهداف حزب به پرسش‌های دفاتر، شعب و اعضای حزب پاسخ می‌داد. وی همزمان با دوره دوم ریاست جمهوری نیز دبیرکلی حزب را بر‌عهده داشت اما در این دوره فعالیت‌های حزب بنابر دلایل مختلف از جمله رفع بحران‌های سال‌های اولیه انقلاب، تأسیس نهادها و سازمان‌های مورد نیاز جمهوری اسلامی که حزب در تأسیس، تقویت و رشد آنها نقش مؤثری داشت، اشتغال شخصیت‌های محوری حزب از جمله خود او و هاشمی رفسنجانی در مشاغل مهم نظام، فقدان برخی از بنیانگذاران مؤثر و نارضایتی امام خمینی از تبدیل حزب از عامل وحدت‌بخش به عامل تفرقه و تشدید جناح‌بندی‌ها کاهش یافت و دیگر کارایی سال‌های اولیه خود را نداشت. لذا آیت‌ا‌لله خامنه‌ای و هاشمی رفسنجانی اوایل خرداد ۱۳۶۶ با نگارش نامه‌ای به امام خمینی و ذکر این دلایل به‌ویژه پیدایش و تشدید جناح‌بندی در درون حزب و خطر آن برای وحدت و انسجام جامعه خواستار تعطیلی فعالیت‌های حزب شدند و امام خمینی نیز در ۱۱خرداد ۱۳۶۶ با این درخواست موافقت کرد و متعاقب آن فعالیت‌های حزب جمهوری اسلامی تعطیل شد. 

امامت جمعه تهران 
   امام خمینی در دی‌ماه ۱۳۵۸ آیت‌ا‌لله خامنه‌ای را با اشاره به حسن سابقه و شایستگی در علم و عمل به امامت جمعه تهران منصوب کردند. نخستین امامت نماز جمعه تهران وی در ۲۸دی‌ماه ۱۳۵۸ بود. از این تاریخ تا واقعه ۶تیر ۱۳۶۰ که در مسجد ابوذر تهران به وی سوء قصد شد و بر اثر آن به‌شدت مجروح گردید به‌جز مقطع بهمن تا ۶اسفند ۱۳۵۹ که در جریان سفری تبلیغی در هندوستان به‌سر می‌برد، نماز جمعه تهران را اقامه کرد و پس از آن نیز همواره این سمت را بر‌عهده داشت. 
اقدام مهم و ابتکاری وی در مورد نماز جمعه، پیشنهاد برگزاری سمینارهای ائمه جمعه به منظور انسجام شبکه امامان جمعه در داخل کشور و جهان اسلام بود که پس از موافقت امام خمینی، نخستین سمینار در مدرسه فیضیه قم برگزار شد و پس از آن سمینارهای متعددی نیز برگزار شد. وی در خطبه‌های نماز جمعه به‌عنوان یک تریبون اثرگذار، مهم‌ترین و قاطع‌ترین مواضع اصولی و راهبردی نظام جمهوری اسلامی را ارائه کرده و همچنین به تعمیق اندیشه دینی و بینش و بصیرت سیاسی جامعه پرداخته است. اهتمام به خطبه‌های عربی نیز که مخاطب آن مسلمانان جهان اسلام بود، از ویژگی‌های خطبه‌های ایشان بود. 

  نمایندگی در مجلس شورای اسلامی
   آیت‌الله خامنه‌ای پس از نامزدی برای انتخابات نخستین دوره قانون‌گذاری مجلس شورای اسلامی در اسفند ۱۳۵۸، از سوی ائتلاف بزرگ نیروهای خط امام شامل جامعه روحانیت مبارز تهران، حزب جمهوری اسلامی و چندین سازمان و گروه اسلامی دیگر در انتخابات مجلس شورای اسلامی حمایت و از حوزه انتخابیه تهران وارد مجلس شد. در مجلس، عضو و رئیس کمیسیون امور دفاعی بود. در مدت ریاست ایشان طرح‌ها، لوایح و موضوعات متعددی در آن کمیسیون بررسی شد که از مهم‌ترین آنها می‌توان تأمین نیازمندی‌های استخدامی سپاه پاسداران، ادغام سازمان بسیج مستضعفین در سپاه پاسداران، مسأله کردستان، مسائل مرزی، مسأله بلوچستان و سازمان‌دهی نوین ارتش را نام برد. از موضع‌گیری‌های مهم وی در طول نمایندگی می‌توان به صحبت‌های مهم و مستند او در موافقت با طرح عدم کفایت سیاسی بنی‌صدر برای ریاست جمهوری اشاره کرد. با آغاز جنگ ایران و عراق در ۳۱ شهریور ۱۳۵۹ و به سبب حضور در جبهه‌های جنگ، در جلسات مجلس شورای اسلامی کمتر حضور یافت و پس از جراحت شدید در ۶ تیر ۱۳۶۰ در موارد معدود در آن حاضر شد. با انتخاب به مقام ریاست جمهوری در مهر ۱۳۶۰ قوه مقننه را ترک گفت. 

  حضور در دفاع مقدس:
آیت‌الله خامنه‌ای از نخستین ساعات آغاز جنگ تحمیلی عراق علیه ایران در تدبیر مسائل جنگ به‌صورت فعالانه ایفای نقش کرد به‌طوری که ساعاتی پس از شروع حمله، اولین اطلاعیه درباره تجاوز ارتش بعث را تهیه و از رادیو پخش کرد و در دومین روز جنگ در جلسه ستاد مشترک ارتش حضور یافت و به‌عنوان نخستین‌فرد برای بررسی وضعیت به جبهه‌ها اعزام شد. وی ۵ مهر ۱۳۵۹ با اجازه امام خمینی در کسوت نظامی به جبهه جنوب رفت و در عقب راندن نیروهای عراقی از منطقه اهواز و عملیات شکست حصر سوسنگرد در آبان ۱۳۵۹ نقش محوری و راهبردی ایفا کرد و در اوایل بهار ۱۳۶۰ نیز در جبهه غرب حضور یافت. او در چندین عملیات نظامی شرکت و در طراحی آنها نقش داشت، ستاد جنگ‌های نامنظم را با شهید    چمران تشکیل داد، گروه‌های شکار تانک را سازماندهی کرد، در پشتیبانی از جبهه‌های خرمشهر، آبادان و سوسنگرد تلاش کرد، هماهنگی بین سپاه و ارتش را برقرار نمود و نیازهای تسلیحاتی و تدارکاتی نیروهای بسیجی و سپاهی را تأمین کرد. به فرمان امام خمینی در مهر ۱۳۵۹ نماینده ایشان در شورای عالی دفاع و سخنگوی آن شد و مشاور امام در امور جنگ بود و پس از جلسات، مصوبات را از طریق مصاحبه مطبوعاتی به اطلاع مردم می‌رساند. در عملیات شکست حصر آبادان حضور مستقیم داشت و درباره حفظ خرمشهر به بنی‌صدر نامه نوشت ولی مورد توجه قرار نگرفت. ایشان معتقد بود صلح فقط با عقب‌نشینی کامل عراق، پرداخت غرامت و تنبیه متجاوز ممکن است و صلح تحمیلی را بدتر از جنگ می‌دانست، هرچند تردد هیأت‌های صلح را به دلیل آشکار کردن جنایات صدام مفید می‌شمرد. در دو دوره ریاست جمهوری، جنگ مهم‌ترین موضوع کشور بود و با تغییر موازنه به نفع ایران، سلسله عملیات‌های موفق طراحی و اجرا شد. طی هفت سال از هشت سال ریاست جمهوری، بخش عمده مذاکرات خارجی خود را به دیدار با هیأت‌های میانجی صلح اختصاص داد. او رئیس شورای عالی پشتیبانی جنگ نیز بود که مصوبات آن تا پایان جنگ لازم‌الاجرا اعلام شد. در مقطع پایانی جنگ پس از پذیرش قطعنامه ۵۹۸، جلسه‌ای برای تبیین دلایل پذیرش برگزار و به‌عنوان رئیس‌جمهور در نامه‌ای به دبیرکل سازمان ملل پذیرش قطعنامه را اعلام کرد. همچنین فعالیت‌های ارشادی ایشان ادامه داشت‌؛ به توصیه امام خمینی پس از شهادت شهید مطهری، مرجع رسیدگی به مسائل فکری دانشجویان شد و روزهای دوشنبه در مسجد دانشگاه تهران و سپس مساجد دیگر تهران به اقامه نماز، سخنرانی و پاسخ به پرسش‌های دانشجویان می‌پرداخت که در یکی از همین جلسات در مسجد اباذر مورد سوءقصد قرار گرفت. 

  ‌جلوگیری از انحلال مجلس خبرگان قانون اساسی
اقدام دیگر او مقابله با تلاش‌هایی بود که از سوی برخی از اعضای دولت موقت برای انحلال مجلس خبرگان قانون اساسی در حال شکل‌گیری بود. بدین نحو که نامه‌ای به امضای ۱۵ نفر از وزیران و اعضای دولت موقت تهیه شده بود و در نظر داشتند قبل از اطلاع امام خمینی و اظهار نظر ایشان، انحلال مجلس مزبور را به مردم اطلاع دهند و اگر امام خمینی مخالفتی کرد به صورت دسته‌جمعی استعفا کنند. 
آیت‌الله خامنه‌ای که از سوی شورای انقلاب در جلسه هیأت وزیران شرکت می‌کرد، بعد از طرح نامه مذکور در جلسه به شدت با آن مخالفت نمود و بر ضرورت اطلاع امام خمینی پیش از انتشار آن تأکید ورزید. امام خمینی نیز، پس از آگاهی از موضوع، با درخواست آنان مخالفت و بر ادامه کار قانونی مجلس خبرگان قانون اساسی تأکید کرد. 

  سفر تبلیغی به هند
در دومین سالگرد پیروزی انقلاب اسلامی که مقارن با آغاز قرن پانزدهم هجری قمری نیز بود بنا به تصمیم شورای عالی تبلیغات اسلامی، هیأت‌های گوناگونی از طرف نظام جمهوری اسلامی به کشورهای مختلف جهان عزیمت کردند تا مواضع و دیدگاه‌های جمهوری اسلامی ایران و ویژگی‌های انقلاب اسلامی را برای ملت‌ها، به ویژه ملت‌های مسلمان تشریح و تبیین کنند. آیت‌الله خامنه‌ای سرپرستی هیأت اعزامی به هندوستان را بر‌عهده گرفت. 

  مقابله با لیبرال‌ها و بنی‌صدر
یکی از مسائل مهم جامعه ایران در سال‌های اولیه پس از پیروزی انقلاب اسلامی وجود و فعالیت دو جناح تأثیرگذار موسوم به نیروهای خط امام و لیبرال‌ها در ساختار سیاسی رسمی کشور بود. بیشتر یاران، نزدیکان و مشاوران امام خمینی ازجمله آیت‌الله خامنه‌ای در جناح نیروهای خط امام قرار داشتند. چهره شاخص جناح لیبرال که از لحاظ فکری و بینش سیاسی تعارض‌های زیادی با نیروهای خط امام داشت، ابوالحسن بنی‌صدر بود. آیت‌الله خامنه‌ای، بنی‌صدر را نماینده جریانی می‌دانست که عامل تفرقه و درگیری در سطح مسئولان ارشد کشور و درنتیجه سبب تفرقه و تشتت در جامعه بود‌ اما با وجود اختلاف نظر اساسی با بنی‌صدر و جریان همفکر و حامی او، به منظور حفظ وحدت در جامعه و تأکید امام خمینی بر آن، مخالفت خود را در محافل عمومی ابراز نمی‌کرد. در برخی موارد نیز داوری نزد امام خمینی می‌برد. پس از انحراف واضح بنی‌صدر از ماهیت انقلاب اسلامی و قانون اساسی و پس از طرح عدم کفایت سیاسی وی برای ریاست جمهوری در مجلس شورای اسلامی در ۳۰ خرداد ۱۳۶۰، آیت‌الله خامنه‌ای در موافقت با طرح نطق مشروح و مؤثری ایراد کرد. آیت‌الله خامنه‌ای از ۱۳۵۸ تا اول تیر ۱۳۶۰ در موارد گوناگون علیه جناح لیبرال و ملی‌گرا موضع مخالف گرفت. وی با حفظ دفتر مستشاری نظامی آمریکا در ایران و تغییر نام آن از سوی دولت موقت مخالفت کرد. در مورد انتخاب وزیران، معاونان وزراء و مسأله پاک‌سازی در ادارات و سازمان‌های دولتی نیز با انتخاب افرادی که در خط انقلاب نبودند و طرف‌دار خط سازش با آمریکا یا رابطه داشتن با کشورهای مرتجع عرب و مواردی از این دست بودند، مخالفت می‌کرد. 

  ترور نافرجام توسط منافقین
   آیت‌الله خامنه‌ای در ۶ تیر ۱۳۶۰ و در حال سخنرانی پس از نماز ظهر در مسجد ابوذر، واقع در یکی از مناطق جنوب تهران، در اثر انفجار بمبی که در ضبط صوت کار گذاشته شده بود به شدت زخمی شد. امام خمینی، در پیامی خطاب به ایشان توطئه سوءقصد به جان وی را محکوم و از ایشان تجلیل کرد. بر اثر این سوء قصد، ایشان از ناحیه سینه، کتف و دست راست آسیب جدی دید. گزارش‌های غیررسمی مسبب این حادثه را سازمان مجاهدین خلق ایران دانسته‌اند. آیت‌الله خامنه‌ای اولین فردی بود که در حوادث و جریانات پس از عزل بنی‌صدر از فرماندهی کل قوا و ریاست جمهوری ترور شد. در مرداد ۱۳۶۰ از بیمارستان مرخص شد و مجددا به صحنه اجتماع و سیاست بازگشت و از مرداد ۱۳۶۰ در جلسات مجلس شورای اسلامی حاضر شد. 

  دوران ریاست جمهوری   

   پس از شهادت محمدعلی رجایی، شورای مرکزی حزب جمهوری اسلامی و جامعه مدرسین حوزه علمیه قم علی‌رغم مخالفت اولیه آیت‌الله خامنه‌ای، وی را به‌عنوان نامزد ریاست جمهوری معرفی کردند و امام خمینی نیز با نامزدی ایشان موافقت کردند. در انتخابات ۱۰ مهر ۱۳۶۰ با کسب ۱۱/۹۵ درصد آراء به‌عنوان سومین رئیس‌جمهور اسلامی ایران انتخاب شد و پس از تنفیذ حکم امام، در مجلس سوگند یاد کرد. ابتدا علی‌اکبر ولایتی را برای نخست‌وزیری معرفی کرد که رأی نیاورد و سپس میرحسین موسوی را معرفی کرد که با رأی اعتماد مجلس به نخست‌وزیری رسید. ایشان ریاست جمهوری را در شرایطی آغاز کرد که نهاد ریاست جمهوری فاقد ساختار مناسب بود‌؛ بنابراین تلاش کرد با ایجاد دفتر، مشاوران و کارگروه‌ها آن را تقویت کند و بعدها قانون اختیارات رئیس‌جمهور در اردیبهشت ۱۳۶۵ به تصویب رسید. سرفصل برنامه‌های دوره اول شامل اهتمام به جنگ تحمیلی، حمایت از مستضعفان، طاغوت‌زدایی، کشف استعدادها، تأمین امنیت اجتماعی و قضایی، و آزادی افراد وفادار به نظام بود و در دوره دوم ضمن ادامه این برنامه‌ها، بر تدوین لایحه اختیارات ریاست جمهوری، کاهش تصدی‌گری دولت، به‌کارگیری مدیران لایق، رفع فقر، واگذاری زمین و صنایع به مردم، گسترش صادرات غیرنفتی، استقلال فرهنگی و مشارکت مردمی تأکید شد. در عرصه سیاست خارجی نیز سیاست مستقل و متوازن، عدم وابستگی به شرق و غرب، حمایت از وحدت مسلمانان، مسأله قدس و مبارزه با سلطه ابرقدرت‌ها پیگیری گردید. با وجود تمایل نداشتن به نامزدی مجدد، به تکلیف شرعی امام خمینی عمل کرد ولی در انتخاب نخست‌وزیر با محدودیت مواجه شد و علی‌رغم نظر مخالف، میرحسین موسوی را مجددا معرفی کرد و اختلافات با نخست‌وزیر در دوره دوم ادامه یافت. در عرصه فرهنگی، براساس حکم امام مسئولیت ستاد انقلاب فرهنگی را عهده‌دار شد که بعدا به شورای عالی انقلاب فرهنگی تغییر نام داد و تا پایان دوره دوم ریاست این شورا را بر‌عهده داشت. در سیاست خارجی با سفر به کشورهای سوریه، لیبی، الجزایر، پاکستان، تانزانیا، زیمبابوه، آنگولا، موزامبیک، یوگسلاوی، رومانی، چین و کره شمالی و شرکت در اجلاس غیرمتعهدها و مجمع عمومی سازمان ملل در سال ۱۳۶۶، دیپلماسی ایران را فعال کرد و در نیویورک نماز جمعه خواند. از دیگر اقدامات، برقراری ارتباط با گروه‌های شیعی در افغانستان، عراق و لبنان، تشکیل حزب وحدت اسلامی افغانستان و مجلس اعلای انقلاب اسلامی عراق و گسترش حمایت از مبارزان اسلامی در منطقه بود. دیدار با اقشار مختلف مردم، بازدید از نهادها، افتتاح طرح‌ها و سفرهای استانی نیز از برنامه‌های مستمر ایشان در دوران هشت ساله ریاست جمهوری بود. 

  نامه امام خمینی به آیت‌الله خامنه‌ای
در دی ۱۳۶۶، امام خمینی در نامه‌ای به آیت‌الله خامنه‌ای و ناظر به بیانات ایشان در خطبه‌های نماز جمعه تهران در موضوع حدود اختیارات حکومت اسلامی و ولایت فقیه، حکومت اسلامی را از احکام اولیه اسلام و مقدم بر تمام احکام فرعیه دانسته و ولایت فقیه را مطلقه عنوان کرد. آیت‌الله خامنه‌ای در پاسخ به نامه امام، متابعت نظری و عملی خود را از دیدگاه امام اعلام نمود. همچنین در جلسه‌ای حضوری، مقصود خود از بیانات در خطبه‌های نماز جمعه را با امام خمینی مطرح کرد. امام خمینی نیز بلافاصله در همان روز به این نامه پاسخ داد و ضمن تقدیر از آیت‌الله خامنه‌ای، در بخشی از آن نوشت: «اینجانب از سال‌های قبل از انقلاب با جناب‌عالی ارتباط نزدیک داشته‌ام و همان ارتباط بحمدالله تعالی تاکنون باقی است، جناب‌عالی را یکی از بازوهای توانای جمهوری اسلامی می‌دانم و شما را چون برادری که آشنا به مسائل فقهی و متعهد به آن هستید و از مبانی فقهی مربوط به ولایت مطلقه فقیه جدا جانبداری می‌کنید، می‌دانم و در بین دوستان و متعهدان به اسلام و مبانی اسلامی ازجمله افراد نادری هستید که چون خورشید، روشنی می‌دهید.» 

  اولین رئیس مجمع تشخیص مصلحت نظام
در پی اختلافات مجلس شورای اسلامی و شورای نگهبان در تصویب لوایح مختلف، امام خمینی در پاسخ به نامه سران کشور (ازجمله آیت‌الله خامنه‌ای)، در بهمن ۱۳۶۶ با تشکیل مجمع تشخیص مصلحت موافقت کردند. بر این اساس، آیت‌الله خامنه‌ای اولین رئیس مجمع تشخیص قرار گرفتند. ایشان این سمت را تا پایان دوره ریاست جمهوری عهده‌دار بود. 

  محول شدن مأموریت‌های متعدد از سوی امام

آیت‌الله خامنه‌ای در دوران هشت‌ساله ریاست جمهوری خود، همچون سال‌های پس از پیروزی انقلاب یکی از نزدیکان، مشاوران و افراد مورد وثوق امام خمینی بود. به همین دلیل در موارد متعددی، امام خمینی مأموریت‌هایی فراتر از وظایف ریاست جمهوری به ایشان محول نمود و یا پیشنهادهای وی را در موضوعات مختلف پذیرفت. در فروردین ۱۳۶۲ تمشیت امور ارتش و سپاه را به آیت‌الله خامنه‌ای واگذار و در اول آبان ۱۳۶۲ ایشان را مأمور پیگیری مطالبات ایران از آمریکا و سایر کشورها کرد. در اول آذر همین سال با پیشنهاد آیت‌الله خامنه‌ای در مورد تشکیل اداره حفاظت اطلاعات ارتش موافقت نمود. در ۹ دی ۱۳۶۲ ایشان را مأمور بررسی مجدد لایحه تعزیرات کرد. امام در بهمن ۱۳۶۷ آیت‌الله خامنه‌ای را مأمور نمود از اعضای شورای عالی قضایی دعوت کند تا در جلسه سران سه قوه شرکت کرده و طرح‌های خود را در زمینه تقسیم کار برای اداره بهتر آن شورا مطرح کند. درنهایت نیز با طرح مورد بررسی در جلسه سران سه قوه موافقت کرد. در اسفند ۱۳۶۷ نیز در نامه‌ای او را مسئول رسیدگی به مشکلات عراقی‌های مقیم ایران کرد. 

  حضور در شورای بازنگری قانون اساسی    
  امام خمینی در حکمی در ۴ اردیبهشت ۱۳۶۸ خطاب به حضرت آیت‌الله خامنه‌ای هیأتی متشکل از بیست نفر ازجمله آیت‌الله خامنه‌ای را تعیین نمودند تا همراه پنج نفر از نمایندگان مجلس شورای اسلامی به انتخاب مجلس شورای اسلامی، شورای بازنگری قانون اساسی را تشکیل داده و به اصلاح، بازنگری و تکمیل قانون اساسی در موضوعات پنج‌گانه بپردازند. پس از تشکیل شورای مذکور آیت‌الله مشکینی به‌عنوان رئیس و آیت‌الله خامنه‌ای و اکبر هاشمی رفسنجانی به‌عنوان نایب‌رئیس اول و دوم شورا انتخاب شدند. شورا در طول چهل و یک جلسه در مورد پنج موضوع اصلی: شرایط رهبری، تمرکز در قوای مجریه و قضائیه، تمرکز در مدیریت صداوسیما، چگونگی بازنگری احتمالی قانون اساسی در آینده و تعداد نمایندگان مجلس شورای اسلامی بحث و بررسی و تصمیم‌گیری نمود. این جلسات تا پس از رحلت امام خمینی ادامه داشت. 

  دوران رهبری
   در خرداد ۱۳۶۸ در حالی که مردم و مسئولان آماده تشییع و تدفین پیکر پاک امام خمینی (ره) بودند در جلسه‌ای با حضور مسئولان کشوری و لشکری، آیت‌الله خامنه‌ای، رئیس‌جمهور، وصیت‌نامه سیاسی ـ الهی امام خمینی (ره) را قرائت کرد. مجلس خبرگان رهبری عصر همان روز تشکیل جلسه داد تا رهبر یا شورای رهبری جدید برای نظام جمهوری اسلامی را انتخاب کند. مطابق اصل ۱۰۷ قانون اساسی مصوب سال ۱۳۵۸، انتخاب رهبری بر‌عهده نمایندگان مجلس خبرگان قرار دارد. در بحث رهبری شورایی یا فردی، اکثریت اعضای مجلس خبرگان به رهبری شورایی رأی نداد و آنگاه که بحث از مصداق رهبری برای رأی‌گیری به میان آمد و نام آیت‌الله خامنه‌ای مطرح شد. برخی از نمایندگان که از نظر امام خمینی مبنی بر صلاحیت آیت‌الله خامنه‌ای برای رهبری نظام پس از رحلت امام که در جلسات متعددی در حضور سران قوا و نخست‌وزیر و حاج سید احمد خمینی ابراز کرده بودند اطلاع اجمالی داشتند خواستار توضیح شاهدان آن شدند. دو نفر از شاهدان نقل امام خمینی که خود عضو مجلس خبرگان بودند استناد این نظر به امام را تأیید کردند. همچنین گفته دیگری از امام مبنی بر شایستگی آیت‌الله خامنه‌ای برای رهبری که در جریان سفر اخیر ایشان به چین و کره شمالی ابراز کرده بودند نیز در آن جلسه با واسطه نقل شد. در پی آن رأی‌گیری به عمل آمد و اکثریت قاطع نمایندگان مجلس خبرگان با توجه به نظر امام راحل و صلاحیت‌های دینی، علمی و سیاسی آیت‌الله خامنه‌ای، معظم‌له را به رهبری نظام جمهوری اسلامی انتخاب کردند. آیت‌الله خامنه‌ای خود به این موضوع اشاره کرده، می‌گویند تا زمانی که موضوع انتخاب را متعَین ندانستم از پذیرش آن مقام امتناع می‌کردم. پس از بازنگری در قانون اساسی و انجام همه‌پرسی، مجلس خبرگان رهبری یک بار دیگر براساس قانون اساسی جدید در مورد رهبری معظم‌له رأی‌گیری کرد و اکثریت قاطع مجددا معظم‌له را به رهبری نظام انتخاب کردند. برخی زمینه‌های اصلی نظر امام راحل بر رهبری آیت‌الله خامنه‌ای عبارتند از: مبارزه طولانی‌مدت برای تحقق حکومت اسلامی، اعتقاد راسخ و روشن به انقلاب اسلامی و نظام جمهوری اسلامی، بیش از یک دهه فعالیت‌های همه‌جانبه سیاسی، اجرایی و فرهنگی برای استقرار نظام جمهوری اسلامی، روشن‌بینی دینی، تسلط علمی بر مبانی دینی، سلوک فردی و اجتماعی، زهد و پارسایی، استناد نمود. امام خمینی (ره) به مناسبت‌های گوناگون شایستگی‌ها، تعهد و خدمتگزاری آیت‌الله خامنه‌ای در راه خدمت به نظام جمهوری اسلامی را مورد تأیید قرار داده بودند. حجت‌الاسلام سیداحمد خمینی، نزدیک‌ترین‌ فرد به امام خمینی که مشاور و مورد وثوق کامل ایشان بود، نقل کرده که امام در پی سفر خارجی آیت‌الله خامنه‌ای گفتند: «الحق ایشان شایستگی رهبری را دارند». زهرا مصطفوی، دختر امام خمینی (ره) بیان کرده که آنگاه که از امام درباره رهبری آینده نظام پرسیده است ایشان از آیت‌الله خامنه‌ای نام بردند و آنگاه که از مقام علمی آیت‌الله خامنه‌ای سؤال کرده است ایشان اجتهاد آیت‌الله خامنه‌ای را تأیید کردند. آیت‌الله هاشمی رفسنجانی نیز نقل کرده که زمانی که امام درصدد عزل آیت‌الله منتظری از رهبری آینده بودند در جلسه‌ای که با حضور سران سه قوه، نخست‌وزیر (میرحسین موسوی) و حاج سید احمد خمینی در محضر امام تشکیل شده بود در مورد جانشین رهبری بحث شد ایشان از آیت‌الله خامنه‌ای برای رهبری آینده نظام نام بردند. وی همچنین بیان داشته که در جلسه خصوصی خود با امام راحل نسبت به وضع رهبری در آینده ابراز نگرانی کرده است و امام در پاسخ با اشاره به آیت‌الله خامنه‌ای فرموده‌اند: «شما در بن‌بست نخواهید بود، چنین فردی در میان شما هست. چرا خودتان نمی‌دانید؟» 
بدون تردید مقطع زمانی انتخاب حضرت آیت‌الله خامنه‌ای به رهبری نظام دارای اهمیت و حساسیت ویژه‌ای بود. برخی نگرانی‌ها که در پی بیماری امام خمینی قدس سره به وجود آمده بود عبارت بودند از:
۱- مدیریت کشور در دوره پس از امام خمینی 
۲- ناتمام بودن اصلاح و بازنگری قانون اساسی
۳- نگرانی از حمله یا تحریکات نظامی عراق، آمریکا و منافقین‌؛ با توجه به نقض مکرر آتش‌بس توسط عراق و تبلیغات وسیع برای پیروز قلمداد کردن خود در جنگ 
۴ ـ ادامه بحران ناشی از توطئه انتشار کتاب آیات شیطانی در حوزه سیاست خارجی و صدور حکم امام خمینی مبنی بر ارتداد سلمان رشدی نویسنده آن‌که با واکنش سرسختانه کشورهای غربی مواجه شد.
اما آنچه همه نگرانی‌ها را به امید تبدیل کرد عبارت بودند از:
۱- انتخاب آیت‌الله خامنه‌ای به مقام رهبری که در کوتاه‌ترین زمان روی داد. 
۲- تشییع و وداع میلیونی و بی‌نظیر مردم با امام خمینی (ره) و شکل گرفتن بزرگ‌ترین تشییع و وداع با یک رهبر مردمی که همچون طوفان عظیمی احتمال هرگونه توطئه دشمن را منتفی کرد. 
۳- تأیید و بیعت مسئولان ارشد نظام و نهادهای مختلف کشور، بیت امام، مراجع تقلید و علما ازجمله آیات عظام اراکی، مرعشی نجفی، آیت‌الله میرزا هاشم آملی، آیت‌الله العظمی گلپایگانی و آیت‌الله مشکینی، نخبگان، شخصیت‌های حوزوی و دانشگاهی، خانواده‌های شهدا و اقشار مختلف مردم.
۴ ـ حاج سیداحمد خمینی ساعاتی پس از انتخاب حضرت آیت‌الله خامنه‌ای به رهبری با ارسال پیام تبریکی به ایشان اظهار داشت: «حضرت امام بارها از جنابعالی به‌عنوان مجتهد مسلم و نیز بهترین‌فرد برای رهبری نظام اسلامی‌مان نام می‌بردند. من و تمامی اعضای بیت امام از حضرات آیات خبرگان محترم صمیمانه تشکر می‌نماییم‌؛ چراکه معتقدیم روح امام عزیزمان از این انتخاب شاد و آرام شده است. من بار دیگر چون برادری کوچک اوامر آن ولی فقیه را بر خود لازم‌الاجرا می‌دانم.» 
۵- بیعت وسیع و گسترده این پیام را به همراه خود داشت که جانشین امام خمینی، در حوزه نظر و عمل، اعتقاد راسخ به راه و تفکر امام دارد و آن را با تمام توان استمرار خواهد بخشید.