وزارت کشور رژیم آل خلیفه با بیان این که تابعیت بحرینی شیخ عیسی احمد قاسم لغو شده مدعی شد «وی از زمانی که تابعیت بحرینی را به دست آورد، تشکیلات وابسته به مرجعیت سیاسی دینی خارجی را تاسیس کرد!» وزارت کشور بحرین همچنین مدعی شده که «شیخ عیسی قاسم نقش اساسی را در ایجاد فضای طائفه‌ای رادیکالی ایفا کرده و در راستای تقسیم جامعه بر اساس امور طائفه‌ای تلاش کرده است».در این بیانیه همچنین ادعا شده که «عیسی احمد قاسم از منبر دینی سوء‌استفاده کرد و مسائل سیاسی را وارد سخنرانی دینی نمود تا به منافع خارجی خدمت برساند و وی را به طائفه‌گرایی و خشونت تحریک کرد و او آنچه را که به عنوان فرض دینی به مردم القا می‌کرده است، از سازمان‌های خارجی گرفته بود که با دولت بحرین خصومت دارند».
بلافاصله با اعلام این خبر ملت بحرین در اعتراض به سلب تابعیت شیخ عیسی قاسم در منطقه الدراز واقع در غرب منامه پایتخت این کشور تظاهرات گسترده‌ای بر پا کردند. شبکه تلویزیونی المنار نیز گزارش داد بحرینی‌های کفن‌پوش در واکنش به لغو تابعیت آیت‌الله شیخ «عیسی قاسم» مقابل منزل وی تجمع و با سر دادن شعارهایی علیه رژیم حاکم، این اقدام آل خلیفه را محکوم کردند. همچنین مردم در مناطق مختلف بحرین با لغو جشن‌های نیمه ماه رمضان برای دفاع از شیخ عیسی قاسم به سمت منطقه الدراز حرکت کردند.جریانهای مخالف رژیم آل خلیفه نیز با صدور بیانیه‌ای برای همبستگی با آیت‌الله شیخ عیسی قاسم و در محکومیت اقدام سرکوبگرانه منامه، مردم این کشور را به ادامه تظاهرات فراخواندند.شیخ عیسی قاسم پدر معنوی انقلاب بحرین و عالی‌ترین روحانی شیعه در بحرین است که پیروان زیادی در این کشور و دیگر کشورهای عربی حوزه خلیج فارس دارد.