دولت جمهوري اسلامي و مسئولان مربوطه در کشور در رابطه با حادثه دلخراش منا که در آن تعداد قابل توجهي از هم ميهنان کشورمان و مسلمانان ساير کشورها به رحمت الهي شتافتند، موضعگيري هاي گوناگوني داشتند. از جمله کاردار سفارت عربستان سعودي در تهران، دوبار به وزارت امور خارجه کشورمان فراخوانده و مراتب اعتراض جمهوري اسلامي ايران به وي ابلاغ شد.
رئيس جمهور که در مسير سفر به نيويورک از وقوع اين فاجعه مطلع شد در بدو ورود به نيويورک پيام تسليتي درباره فاجعه دردناک منا صادر کرد. دکتر روحاني همچنين ضمن دستور به معاون اول خود براي تشکيل ستاد ويژه رسيدگي به اين فاجعه تأکيد کرد: وزارت امورخارجه وسفيرايران در عربستان موظف اند ضمن بررسي چگونگي رخ دادن اين فاجعه تمامي اقدامات لازم جهت احقاق حقوق درگذشتگان وحادثه ديدگان را به عمل آورده و از دولت عربستان نيز مي خواهم ضمن به عهده گرفتن مسئوليت اين فاجعه، به وظايف قانوني واسلامي خود دراين زمينه عمل نمايند. همزمان حساب توئيتري منسوب به دکتر روحاني نيز نوشت: «تازه در نيويورک فرود آمدم تا در مجمع عمومي ملل متحد شرکت کنم. قلبم با خانواده‌ها و قربانيان حادثه منا است. دولت آماده کمک است.»
علي شمخاني، دبير شوراي عالي امنيت ملي نيز در پايان جلسه کميته ويژه رسيدگي به فاجعه منا ضمن برشمردن مصوبات اين نشست براي پيگيري وضعيت حجاج در منا از عدم توجه و تمرکز کافي دولت عربستان سعودي نسبت به برگزاري امنيت عظيم ترين کنگره جهان اسلام در ايام حج تمتع ابراز تاسف کرد و گفت: تغيير اولويت امنيتي عربستان سعودي و بکارگيري نيروهاي امنيتي وانتظامي خبره براي تجاوز به کشور يمن و سرکوب مردم مسلمان بحرين و همچنين کاهش کمي و کيفي عوامل انتظامي در حج تمتع نقش تعيين کننده اي در بروز اين فاجعه داشته است. همزمان هيئت دولت نيز در بيانيه اي با ابراز همدردي با بازماندگان حادثه اخير و تأکيد بر اعلام سه روز عزاي عمومي وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکي و جمعيت هلال احمر را مامور پيگيري امور درماني مجروحين کرد. همچنين بر اساس مصوبات جلسه فوق العاده دولت ، وزير ارشاد به عنوان مامور بررسي دلايل به عربستان اعزام و دکتر ظريف نيز مامور بررسي دلايل بروز فاجعه با همکاري ديگر کشور هاي اسلامي شد .
وزير خارجه کشورمان نيز با صدور پيامي و با اشاره به مسئوليت کارگزاران اجرايي عربستان سعودي عنوان کرد که علاوه بر تشکيل ستاد ويژه‌اي در وزارت خارجه، تماس‌هاي سياسي فشرده خود را از نيويورک براي تسريع در شناسايي قربانيان و مداواي فوري مجروحان آغاز کرده است. حميد ابوطالبي، معاون سياسي دفتر رئيس جمهور نيز تصريح کرد: بي کفايتي عربستان در اين فاجعه واقعا محسوس است.