حضرت آیت‌الله خامنه‌ای رهبر انقلاب اسلامی درپی فاجعه مصیبت بار پنجشنبه گذشته در منا که در آن جمع کثیری از میهمانان الهی جان خود را از دست دادند با صدور پیامی ضمن ابراز همدردی با مصیبت دیدگان این حادثه اندوهبار و تسلیت به بازماندگان آنان تأکید کردند: دولت سعودی موظف است مسئولیت سنگین خود را در این حادثه تلخ پذیرفته و به لوازم و قاعده  حق و انصاف عمل کند. ایشان ضمن اعلام سه روز عزای عمومی در کشور افزودند: مدیریت غلط و اقدامات ناشایسته ای که عامل این فاجعه بوده است نیز نباید از نظر دور بماند.

متن پیام رهبر معظم انقلاب اسلامی به شرح زیر است:

بسم الله الرحمن الرحیم
انا لله و انا الیه راجعون
فاجعه مصیبت‌ بار امروز در منا که در آن جمع کثیری از ضیوف‌ الرحمان و مومنان مهاجر الی‌الله از کشورهای گوناگون، جان باختند، اندوهی بزرگ در جهان اسلام پدید آورده و عید آنان را عزا کرده است. در میهن عزیز ما نیز دهها خانواده که مشتاقانه در انتظار عزیزان حج‌گزار خود بودند، اکنون به عزای آنان نشسته‌اند. اینجانب با قلبی سرشار از غم و همدردی با مصیبت‌دیدگان، این حادثه اندوهبار را به روح مطهر حضرت رسول اعظم (صلی الله علیه و آله) و به ساحت مقدس ولی الله الاعظم حضرت صاحب‌الزمان(اروحنا فداه) که صاحب‌عزای اصلی است، و به همه بازماندگان و عزاداران در سراسر جهان اسلام به ویژه در ایران عزیز تسلیت عرض می‌کنم و رحمت خاصه‌ خداوند غفور و رحیم و شکور را برای این میهمانان گرامیش و شفای عاجل آسیب‌دیدگان و مجروحان را از درگاه عطوفتش مسألت می‌نمایم و یادآور می‌شوم:
۱. مسئولان نمایندگی اینجانب و سازمان حج تلاش طاقت‌فرسای خود در شناسایی جان‌باختگان و معالجه مجروحان و اعزام به کشور و خبررسانی سریع را که سراسر امروز بدان مشغول بودند همچنان ادامه دهند و همه کسانی که توانایی دارند به آنان کمک کنند.
۲. هر گونه کمک ممکن را به حجاج دیگر کشورها نیز تعمیم دهند و حق برادری اسلامی را به انجام رسانند.
3-دولت سعودی موظف است مسئولیت سنگین خود را در این حادثه‌ تلخ پذیرفته و به لوازم آن به قاعده‌ حق و انصاف عمل کند. مدیریت غلط و اقدامات ناشایسته که عامل این فاجعه بوده نباید از نظر دور بماند.
4- جان‌باختگان این حادثه انشاالله مشمول این کلام نورانی قرآن‌اند که: «و من یخرج من بیته مهاجرا الی الله و رسوله ثم یدرکه الموت فقد وقع اجره علی الله» این برای بازماندگان، تسلای بزرگی است. آنان پس از طواف و سعی و پس از ساعات پربرکت عرفات و مشعر و در حال انجام مناسک حج به دیدار معبود شتافته‌اند، و انشاالله مورد لطف و رحمت ویژه احدیتند. اینجانب با تسلیت دوباره به عزاداران،
سه روز عزای عمومی در کشور اعلام میکنم.
والسلام علی عباد الله الصالحین
سید علی خامنه‌ای
دوم مهر یکهزار و سیصد و نود و چهار

 دستور رییس جمهور برای تشکیل ستاد ویژه
حجت‌الاسلام حسن روحانی روحانی از دولت عربستان خواست ضمن به عهده گرفتن مسئولیت این فاجعه، به وظائف قانونی و اسلامی خود در این زمینه عمل نماید. در قسمتی از پیام رئیس‌جمهور در خصوص این حادثه آمده است: اینجانب با تسلیت فاجعه دردناک منا، به محضر حضرت ولی عصر(عج)، بازماندگان معزز، مقام معظم رهبری و ملت شریف ایران، از جناب آقای جهانگیری معاون اول محترم می‌خواهم تا در اسرع وقت با تشکیل ستاد ویژه رسیدگی به این فاجعه و تجمیع امکانات لازم، ضمن اطلاع رسانی به ملت شریف ایران، اقدامات زیر را انجام داده و مستمراً به اینجانب گزارش دهد.
در پی دستور رئیس‌جمهور به هیات دولت برای پیگیری مجدانه حادثه منا، اعضای هیات دولت در بیانیه‌ای اعلام کردند که به سرعت پیگر این موضوع خواهند بود. در قسمتی از این بیانیه آمده است: دولت جمهوری اسلامی ایران با عرض تسلیت به مقام معظم رهبری، مسلمانان جهان و عموم بازماندگان به مناسبت حادثه تلخ و ناگوار منا به جهت احترام به همه قربانیان و همدردی با خانواده محترم آنان و به پیروی از مقام معظم رهبری در سراسر کشور سه روز عزای عمومی اعلام می کند و وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی و جمعیت هلال احمر را مامور پیگیری مجدانه امور درمانی کلیه مجروحین تا سلامتی کامل می نماید. سازمانهای مسئول موظفند با جدیت کامل و در اسرع وقت رسیدگی به وضعیت درمانی مجروحان را پیگیری نمایند.

 پیام تسلیت رییس مجلس
علی لاریجانی رئیس مجلس شورای اسلامی نیز در پیامی درباره حادثه منا، با بیان اینکه باید چگونگی مدیریت مراسم عظیم الهی حج از سوی تمامی کشورهای مسلمان، سازمان همکاری اسلامی و بین المجالس اسلامی مورد ارزیابی قرار گیرد، گفت: انتظار می‌رود که دولت سعودی توضیحات قانع کننده‌ای به امت اسلامی ارائه دهد.

 پیام تسلیت رییس مجمع تشخیص مصلحت نظام
همچنین آیت‌الله هاشمی رفسنجانی
رئیس مجمع تشخیص مصلحت نظام در پیامی ضمن اعلام تسلیت به بازماندگان حادثه منا، اعلام کرد: اگرچه مرگ مظلومانه حجاج خانه خدا در احرام؛ آنهم قبل از اتمام اعمال حج و در منا به مصداق آیه «و من یخرج من بیته مهاجرا الی الله و رسوله ثم یدرکه الموت فقد وقع اجره علی الله» اجر عظیمی در بارگاه الهی دارد؛ اما از تقصیر و سوءمدیریت مسئولان نظم این مراسم عظیم در دولت عربستان کم نمی‌شود و در قبال آن مسئولند و باید برای دنیای اسلام توضیح دهند.