این برنامه توسط سازمان پژوهش و برنامه‌ریزی آموزشی با همکاری معاونت پرورشی و فرهنگی تدوین و در راستای اجرای دستورالعمل راه‌اندازی مدارس حفظ قرآن کریم ابلاغ شده است.
بر اساس برنامه جدید، هر هفته شش ساعت به آموزش قرآن کریم در مدارس حفظ قرآن افزوده می‌شود و با احتساب ۳۰ هفته آموزشی، مجموع آموزش قرآن به حدود ۱۸۰ ساعت در سال خواهد رسید. از این میزان، ۱۲۰ ساعت به حفظ ترتیبی قرآن و ۶۰ ساعت به مرور و تثبیت محفوظات، درک معنای اجمالی و تقویت مهارت‌هایی مانند صحت، فصاحت و تجوید قرائت اختصاص دارد.
مسیر حفظ قرآن نیز از جزء ۳۰ آغاز شده و به ترتیب به جزءهای ۲۹، ۲۸، ۲۷ و دیگر اجزا ادامه می‌یابد. محتوای آموزشی با در نظر گرفتن توان دانش‌آموزان ضعیف‌تر تنظیم شده و دانش‌آموزان مستعد می‌توانند با تأیید مربی، میزان محفوظات خود را افزایش دهند.
فرایند حفظ اولیه در این برنامه شامل هفت مرحله «صحیح‌خوانی، مشاهده دقیق متن، درک معنا، تقطیع، تکرار، حفظ‌خوانی و اتصال قطعات» است. برای تثبیت محفوظات نیز مرور محفوظات اخیر و گذشته، استماع، کتابت، مباحثه و پرسش و پاسخ پیش‌بینی شده است.
ارزشیابی دانش‌آموزان در دوره ابتدایی بر دو محور «صحت حفظ» و «درک معنای اجمالی» انجام می‌شود. در متوسطه اول نیز ۹۰ درصد نمره به صحت حفظ و ۱۰ درصد به مفاهیم و درک معنا اختصاص خواهد داشت.
بر اساس این برنامه، ناکامی دانش‌آموز در کسب حد نصاب ارزیابی حفظ قرآن به‌تنهایی موجب انتقال او به مدرسه‌ای دیگر نمی‌شود و مدرسه موظف است با همکاری والدین و استاد حفظ، برای ترمیم و تقویت محفوظات دانش‌آموز برنامه‌ریزی کند.
هدف این برنامه، حرکت تدریجی و نظام‌مند دانش‌آموزان به سمت حفظ کامل قرآن کریم، تقویت سواد قرآنی و تبدیل حفظ و انس با قرآن به بخشی پایدار از زندگی آنان عنوان شده است.