بیانات رهبر معظم انقلاب در دیدار با دست‌اندرکاران کنگره بین‌المللی میرزای نائینی، بیشتر حول اندیشه سیاسی او و به ‌ویژه کتابش «تنبیه‌ الأمة و تنزیه ‌الملة» متمرکز بود. این در حالی‌ است که میرزای نائینی صرفاً در حوزه علمیه و با نظرات اصولی‌اش شناخته می‌شود، نه اندیشه سیاسی‌ای که به تعبیر رهبر معظم انقلاب «نقطه شخصیت استثنایی» او بوده و هیچ کدام از مراجع اخیر ما این نقطه را نداشته‌اند. همین ناشناختگی است که مهجوریت اندیشه سیاسی میرزای نائینی و مظلومیت تنبیه‌الأمة را فریاد می‌زند.
اما این تأکید رهبر فرزانه انقلاب بر اندیشه سیاسی نائینی در جمع حوزویان مسئول بزرگداشت نائینی را باید راهبری و راهنمایی رهبری معظم بر رفع این مهجوریت و مظلومیت تلقی کرد؛ چراکه اگر حوزه علمیه بخواهد به همان مسیر مألوف به میرزای نائینی بپردازد، چیزی جز میرزای نائینی اصولی از آن بیرون نخواهد آمد و اندیشه سیاسی‌اش همچنان به حاشیه خواهد رفت.
این در حالی است که در دهه‌های اخیر برخی جریان‌های مدعی نواندیشی دینی علاقه ویژه‌ای به میرزای نائینی نشان داده‌اند و با نگاهی گزینشی به اندیشه‌هایش، تنها بخش‌هایی از آن را برجسته می‌کنند تا بتوانند این شخصیت پرچم‌دار حکومت دینی را به سود تفکرات سکولاریستی مصادره کنند. مصادره‌ای که شاید دلیل عمده‌اش، همان مهجوریت نائینی و تفکر سیاسی او است و کار را به جایی رسانده که برخی به خود اجازه می‌دهند بزرگ‌ترین فقیه نظریه‌پرداز حکومت از دل سنت اسلامی را با چهره دیگری ترسیم کنند. با این تفسیر شاید بتوان بازخوانی و تبیین تفکر سیاسی او و مصونیت اندیشه‌هایش از تحریف را مهم‌ترین کارویژه این کنگره تلقی کرد.
تأثیر اندیشه‌های علامه نائینی در شکل‌گیری انقلاب و ایجاد جمهوری اسلامی قابل کتمان نیست و به تعبیر رهبر معظم انقلاب «حکومتی که ترسیم می‌کند و به عنوان اندیشه سیاسی ارائه می‌دهد... یک حکومت اسلامی و مردمی است که به تعبیر امروز می‌شود جمهوری اسلامی». سخن رهبر فرزانه انقلاب درباره اندیشه سیاسی نائینی حاوی اشاراتی هم به سطح مباحث سیاسی در حوزه علمیه بود. اینکه گرایش سیاسی، علاقه سیاسی و حتی حرف زدن سیاسی در قرن اخیر در میان طلاب و حتی علمای حوزه‌های علمیه رایج بوده؛ اما «اندیشه سیاسی غیر از گرایش سیاسی است». امروز هم وجود مباحث سیاسی و گرایش‌ها و کنش‌های سیاسی در حوزه‌های علمیه که البته فی‌نفسه امر مذمومی نیست، جای سطوح بالاتر اندیشه‌ورزی سیاسی را نمی‌گیرد و آنچه از حوزه‌های علمیه انتظار می‌رود، تولید فکر و اندیشه سیاسی منبعث از مبانی اسلامی و راه‌گشایی برای حکومت اسلامی است.
اما به نظر می‌رسد نظریه‌پردازی در عرصه اندیشه سیاسی اسلام، در میراث فکری میرزای نائینی و حداکثر امام خمینی(ره) متوقف شده و نه‌تنها پس از انقلاب اسلامی پیشرفت قابل ملاحظه‌ای نکرده، بلکه با مهجور شدن آن افکار و آثار، دچار عقبگرد هم شده است.
این در حالی است که برای مثال زمینه‌های فراوانی از مردمی‌سازی و مشارکت مردمی، حتی در چارچوب ظرفیت‌های قانون اساسی همچنان مغفول است و تحت تأثیر وقایع و اضطرارهای پس از انقلاب اسلامی فرصت فعال‌سازی پیدا نکرده‌اند، درست مثل خود کتاب تنبیه الامة که بلافاصله توسط میرزا جمع‌آوری شد تا از گزند سوءاستفاده مشروطه انگلیسی در امان بماند!
توجه دادن رهبر معظم انقلاب به اندیشه سیاسی اسلام به بهانه بازخوانی تفکر سیاسی میرزای نائینی ممکن است به افق‌گشایی برای آزاد شدن همین ظرفیت‌ها کمک کند. آیا می‌توان این اشاره را نشانه رفع اضطرارهای سیاسی و گام نهادن در آفاق دیگری از انقلاب مردمی اسلامی تعبیر کرد؟