آیت‌الله سید محمد خامنه‌ای، برادر بزرگ‌تر رهبری و فقیه، فیلسوف و استاد دانشگاه است که در جریان مبارزات ضد رژیم پهلوی و تحولات بعد از انقلاب جزء شاهدان عینی بوده . او در نوجوانی و جوانی پس از گذراندن دوره مقدمات و سطح علوم دينى، در حوزه علميه مشهد در درس خارج فقه و اصول حضرات آيات سيد محمدهادى ميلانى، شيخ هاشم قزوينى و ميرزا جواد تهرانى شركت كرد. سپس با مهاجرت به قم و بهره‌مندى از محضر استادان بزرگى چون آيات عظام بروجردى و امام خمينى (ره)، دوره‌هاى عالى فقه و اصول را به پايان برد. وى فلسفه و عرفان را نيز از محضر فيلسوف و عارف بزرگ علامه طباطبايى فرا گرفت و علاوه بر فراگيرى علوم حوزوى، در دانشكده حقوق دانشگاه تهران به تحصيل پرداخت و به دريافت ليسانس حقوق نائل شد. وى كه در مبارزات سياسى و اجتماعى از مواضع آیت‌الله كاشانى در نهضت ملى حمايت كرد در زمان قيام امام خمينى(ره) در شمار پيشگامان قيام و انقلاب اسلامى قرار گرفت. در سال ۱۳۵۱ش با همكارى و همراهى گروهى از فضلاى قم مؤسسه تحقيقاتى حقوق اسلام را در سطح عالى بين‌المللى تأسيس كرد كه بعد از دستگيرى برخى از افراد مؤسسه يادشده توسط ساواک، به دعوت استاد شهيد مرتضى مطهرى در حسينیه ارشاد به كارهاى علمى و فرهنگى پرداخت. او در ابتدای انقلاب به عنوان حقوقدان و وکیل، جزء موسسین كميته دفاع از زندانیان سياسى بود و به واسطه اداره برخی امور در مدرسه رفاه، در جریان تحولات و دستگیری‌های سران رژیم پهلوی در آستانه پیروزی انقلاب اسلامی بوده است. در ادامه بخشی از خاطرات او را از این دوره که توسط مرکز اسناد انقلاب اسلامی منتشر شده می‌خوانید:

یكی از بازپرسی‌های جالب در دوره‌ دادسرای مدرسه‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌ رفاه كه جایی ذكر نشده بازپرسی من از تیمسار مقدم،  آخرین رئیس ساواک، بود. اولین بازجویی ما در مدرسه‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌ رفاه انجام گرفت. این بازجویی برای خود قضیه‌ای داشت. ما به دنبال پیدا کردن یک زندان مخفی بودیم كه می‌گفتند زیر زندان اوین قرار دارد و تا آن زمان نتوانسته بودیم به آن دسترسی پیدا كنیم و احتمال می‌دادیم در صورت وجود چنین زندانی، بسیاری از انقلابیون هم آن‌جا زندانی باشند و ما از آن‌ها‌ بی‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌خبر و غافل مانده باشیم.

قضیه از این قرار بود كه یكی از افرادی كه به مدرسه‌ رفاه رفت و آمد داشت به من مراجعه کرد و گفت از طریق مانیه‌تیسم [شهود، الهام، رویا] و شهادت یکی از جوانان صالح، فهمیده كه یک زندان مخفی در زیر زندان اوین  هست و می‌گفت جوانان محبوس در آن‌جا غذا نداشتند و ناله می‌كردند و یا مهدی (عج) می‌گفتند. این مطلب كه محتمل بود راست باشد مرا تكان داد و احساس مسئولیت آورد. احتمال داشت واقعاً زیرزمین‌های مفصلی وجود داشته كه شاه برای مقاصد فعالیت‌های پنهان اتمی در زیر تپه‌های اوین و دركه ساخته و چون‌ بی‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌مصرف بوده از آن برای حبس برخی زندانیان استفاده می‌كرده است.

حتی فكر كردم ممكن است این زندان در خارج از محوطه‌ اوین باشد و احتمال دادم كه درِ آن الكترونیكی باز و بسته شده و كلیدش در مركز ادارات ساواک باشد؛ بنابراین، زندان بایستی دارای آنتن مناسبی می‌بود كه به وسیله‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌ آن درب‌ها را باز و بسته می‌كردند. از این رو تصمیم گرفتم یک روز كارها را در مدرسه‌ رفاه رها كنم و به سراغ این موضوع بروم. از ارتش یک بالگرد گرفتیم، از صدا و سیما دو نفر فیلم‌بردار خواستیم و من و دو نفر از محافظان با بالگرد روی زندان اوین رفتیم و اشخاصی را كه با شخص مانیه‌­تیسم‌شده آشنا بودند با ماشین به محل زندان فرستادیم.

بالگرد ما ساعتی ‌‌‌‌‌‌‌‌بالای زندان چرخید و از هر زاویه‌ای فیلم‌برداری كردیم كه فیلم‌های آن حتماً در بایگانی صدا و سیما هست و باید باشد، گرچه احتمال دزدیدن آن‌ها هم هست، كما این‌كه تمام نقشه‌های معماری زندان اوین را هم آورده بودند تا رسیدگی كنیم، ولی بعد به سرقت رفت و گمان می‌كنم در دست منافقین خلق باشد. در این بازدید هیچ اثری از آنتن یا چیزی كه كار آنتن را بكند نیافتیم. خسته شده بودیم، پیاده شدیم. در محل زندان عده‌‌‌‌‌‌ای افراد انتظامی كمیته مقیم بودند و دیگ غذایی برپا بود و دو نفر افسر نظامی هم كه بعدها به جرم تیراندازی شبانه بر روی افراد كمیته‌ها و كشتن جوانان آن‌جا محاكمه و اعدام شدند، ‌‌‌‌‌‌‌‌به حسب ظاهر خیلی صمیمانه و جدی مشغول خنثی كردن مین‌هایی بودند كه سراسر تپه‌های اطراف زندان را پوشانده بود.

من ابتدا با دو سه نفر در داخل حیاط به گردش پرداختیم تا راه یا روزنه‌‌‌‌‌‌ای به زیرزمین پیدا كنیم، حتی دو نفر جوشكار آوردیم كه لوله‌های یک منبع آب هوایی را كه به زیرزمین رفته بود سوراخ كند. من هر جا لوله‌‌‌‌‌‌ای پیدا می‌کردم که سر از زمین درآورده بود و معمولاً برای هواكش استفاده می‌شود، در داخلش صدا می‌كردم و از افرادی كه ممكن بود بشنوند جواب می‌خواستم، ولی هیچ كدام مؤثر و مفید واقع نشد.

به داخل زندان آمدیم. تمام زندان‌ها و در‌های سلول‌ها باز و مثل محیط جنگ زده، غارت شده و درهم ریخته بود. بازدید كلی كردم و چیزی نیافتم. گفتم آن سوژه را كه در شهودش آن‌جا را ملاحظه كرده بود آوردند. شرح داد كه در عالم ناآگاهی مانیه‌تیسم به این زندان آمده بودم و داخل اتاق‌ها می‌گشتم ناگهان از یكی از اتاق‌ها فرو رفتم به زیرزمینی بزرگ و در آن‌جا افراد مؤمنی را دیدم كه مناجات می‌كردند تا نجات پیدا كنند. او را به همان سلول معین بردیم و گفتیم آیا یقین دارد كه همین غرفه بود. یقین داشت. خودش هم جوانی اهل اصفهان و سلیم‌النفس و انقلابی نشان می‌داد به گونه‌‌‌‌‌‌ای که حسب ظاهر صادق و‌ بی‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌غرض و خیرخواه می‌نمود. ولی عمق آن غرفه و سلول جایی نبود كه امكان چنین زندانی باشد.

ظهر آن روز، دسته‌جمعی با پاسداران و افسران مذكور و همراهان ناهار خوردیم و نماز خواندیم، به اطراف هم نگاه دوباره انداختیم و برگشتیم. به قدری كارهای مدرسه‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌ رفاه به من وابستگی شدید پیدا كرده بود كه فكر می‌كردم وقتی برگردم همه چیز به هم ریخته و اوقات همه تلخ است و همه به من اعتراض خواهند كرد كه چرا آن‌جا نبوده‌ام! اما به سلامتی آب از آب تكان نخورده و هیچ مشكلی روی نداده بود و بر من ثابت شد كه فكری كه من می‌كردم توهمی بیش نبوده و خداوند ولی امور و مسئول بندگان خود است و این‌كه برخی از ما وجود خود را نخ تسبیح همه‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌ امور و قضایا می‌دانیم و قیام صدوری در این موارد قائلیم، خودپسندی و توهم ما است و ما نقش چندانی در مقدرات نداریم.

با وجود آن‌كه كاری درباره‌ پیدا كردن زندان مخفی پیش نبرده بودیم، ولی من هنوز ناامید نشده بودم و فكر و مسئولیت آن زندانیان مظلوم فرضی را در خودم داشتم. آخرین تیر تركش ما تحقیق از تیمسار مقدم رئیس ساواک بود كه برخلاف نصیری آدمی آداب‌دان و وزین بود. به همین منظور، تیمسار مقدم را آوردیم و دور میز كنفرانسی نشاندیم. چند نفر دیگر ازجمله آقای انواری  و آقای خلخالی هم آمدند. آقای خلخالی خیلی دلش می‌خواست در این امور قضایی صحبت كند و دخالتی داشته باشد، اما آن روز اجازه ندادم او حرفی بزند. مقدم در جریان آن تحقیق خیلی ترسیده بود و منتظر و آماده نشسته بود تا سؤال‌های مرا پاسخ بدهد. بالای سر او هم دو نفر از كمیته به‌ عنوان‌‌‌‌‌‌‌‌ محافظ ایستاده بودند. یكی از آن‌ها جثه‌ بزرگی داشت و بوكسور هم بود و امكان نداشت مقدم خیال فرار به سرش بزند.

خلاصه ده نفری دور میز كنفرانس نشستیم و سؤال از مقدم را آغاز كردیم. او در عین حال كه به سؤالات پاسخ می داد طاقت نیاورد و گفت اجازه می‌دهید من هم از شما یک سؤال شخصی بكنم. گفتم نه این‌جا جای سؤال شخصی نیست. او قانع شد. آن روز انتظاری كه از تحقیق مقدم داشتیم تقریباً برآورده شد، ولی از مطلبی كه ما از وی می‌خواستیم علی‌الظاهر خبر نداشت و شاید اصلاً‌ چنین چیزی نبود.

من نگذاشتم كه هدف ما را از جلسه‌ تحقیق بفهمد و خودش را آماده كند. سؤالاتی كه در ابتدای جلسه از او كردم درباره‌ ساواک و زندانی‌ها بود. مقدم اصرار داشت كه به ملاقاتش در آستانه‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌ انقلاب با برخی از روحانیون طرفدار امام اشاره كند و خودش را مایل به انقلاب و یا وفادار نشان دهد، ولی غرضش را می‌دانستم و میدان ندادم. تا این‌كه در ضمن سؤالات ناگهان غافلگیرش كردم و گفتم شما كه این همه زندان داشتید چه نیازی به زندان مخفی زیر زندان اوین بود؟ احساس كردم حیرت‌زده شد. درست مثل كسی كه اولین بار خبر مهمی را می‌شنود، به فكر فرو رفت. احساس كردم در این غافلگیری اگر اطلاع داشت جور دیگری ‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌عكس‌العمل نشان می‌داد. مثل كسی كه از شاه رودست خورده به فكر فرو رفت و بالاخره گفت من هیچ اطلاعی از این موضوع ندارم. ما هم او را رها كردیم برود اتاقش ‌‌‌‌‌‌‌‌و خستگی در كند.