مرحله دوم طرح جمع‌آوری و استفاده بهینه از آب‌های سطحی در جزیره کیش با هدف کنترل و بهره‌برداری اصولی از آب‌های ناشی از بارندگی در محدوده‌های شهری، همچنان در حال اجراست. این پروژه که با مطالعات معاونت عمرانی و زیربنایی سازمان منطقه آزاد کیش آغاز شده، توسط شرکت عمران، آب و خدمات پیگیری می‌شود.

این مرحله از طرح، مناطقی همچون میدان دلیران، میدان خلیج فارس، بلوار ایران، شهرک صنعتی درخت سبز و شهرک‌های مسکونی فاز A، F تا نوبنیاد را تحت پوشش قرار می‌دهد. اجرای این پروژه با استفاده از روش‌های سازگار با محیط زیست نظیر گالری‌های زیرزمینی و ترانشه‌های جذبی، علاوه بر کاهش مشکلات ناشی از آب‌گرفتگی‌های شهری، چهار اثر زیست‌محیطی مهم را نیز به همراه داشته است.

از جمله این اثرات می‌توان به شارژ و احیای منابع آب زیرزمینی جزیره، جلوگیری از فرونشست زمین، احیای درختان بومی کیش و ممانعت از ورود آب‌های سطحی به دریا اشاره کرد. ورود این آب‌ها علاوه بر آلوده کردن سواحل، موجب آسیب به زیبایی بصری و نارضایتی گردشگران می‌شد.

مرحله نخست این پروژه که در نواحی شرقی و مرکزی جزیره اجرا شده بود، نتایج قابل‌توجهی به همراه داشت و اکنون با پیشرفت مرحله دوم، بخش‌های بیشتری از جزیره در چارچوب این طرح قرار گرفته‌اند. این طرح با هدف مدیریت پایدار منابع آبی و حفظ محیط زیست جزیره کیش تا تکمیل پوشش کامل مناطق، ادامه خواهد داشت.