بسیاری تصور می‌کنند مخالفت امام خمینی با انجمن حجتیه به سال‌های پس از پیروزی انقلاب اسلامی برمی‌گردد و روز‌هایی که انجمن تصریح می‌کرد باید با هر حکومتی پیش از ظهور که عنوان اسلامی را یدک بکشد، مقابله کرد. همچنین به این دلیل که آنان می‌گفتند روال انجمن دخالت در سیاست نیست. این‌طور نبود؛ امام از زمان حضور در قم و سخنرانی‌های صریحش در درس و در فیضیه تا نجف و درس‌های حکومت اسلامی و تا بعد از پیروزی انقلاب بار‌ها و بار‌ها گزاره غلط دخالت نکردن در سیاست را نقد و تخطئه کرده بود. درباره برداشت انحرافی از برخی روایات هم تصریح کرده بود: «یک دسته دیگری بودند که می‌گفتند که هر حکومتی اگر در زمان غیبت محقق بشود، ‎ ‏این حکومت باطل است و بر خلاف اسلام است. آنها مغرور بودند. آنهایی که بازیگر‌‎ ‏نبودند، مغرور بودند به بعض روایاتی که وارد شده است بر این امر که هر علمی بلند بشود‌‎ ‏قبل از ظهور حضرت، آن علم، علم باطل است. در صورتی که آن روایات ‏ [‌‏اشاره دارد‌‏]‏ که هر کس علم بلند کند با علم مهدی، به‌‎ ‏عنوان «مهدویت» بلند کند ‏ [‌‏باطل است. ‏]‏»
درهرحال، برخلاف آنچه گاهی گفته می‌شود، مخالفت امام با انجمن حجتیه و مشی و تفکر آنان به هیچ‌وجه مربوط به بعد از انقلاب نیست و به سال‌ها قبل از پیروزی انقلاب برمی‌گردد. آیت‌الله محمدرضا رحمت از شاگردان امام که ۱۳ سال در نجف با امام بوده است نقل می‌کند: «سال‌های اول ورود من به نجف بود؛ شاید یکی دو سال بعد از ورود امام در یک دیدار‏‎ ‎‏خصوصی در منزل امام با تعدادی از رفقای مشهد که یکی از آنان سؤ‏‏ال کرد، خانمی‏‎ ‎‏سی هزار تومان وجوهات بدهکار بوده است که این وجوهات را به آقای شیخ محمود‏‎ ‎‏حلبی داده است. امام فرمود: باید مجدداً بپردازد. امام جایز نمی‌دانست که وجوهات‏‎ ‎‏به آقای شیخ محمود حلبی که مسئولیت انجمن حجتیه را به عهده داشت داده شود. ‎‏این مسئله برای من آن‌روز خیلی جالب بود، چون شناختی از وی داشتم و او‏‎ ‎‏را از جهت علمی آدم باسوادی می‌دانستم ولی متأسفانه رژیم از او سوء استفاده زیادی علیه نهضت می‌کرد و آنان تلاش می‌کردند مردم را از نهضت رویگردان کنند. بدین‌جهت امام نسبت به آنان خیلی حساس بود. این‌مسئله حدود اوایل‏‎ ‎‏سال ۱۳۴۹ ﻫ. ش بود که سؤالات زیادی درباره انجمن حجتیه می‌شد. امام فرمود: هر‏‎ ‎‏گروه و دسته‌ای که برخلاف مسیر حرکت مردم حرکت کند، مردم باید آنان را کنار ‏‎ ‎‏بگذارند.»
نکته دیگر در این‌باره اینکه اگر کسی یا تشکیلاتی در سیاست دخالت نکند هم خود نوعی سیاست و سیاست‌ورزی است! اینکه تو دربرابر یک جنایت و یک جنایتکار بایستی و موضع بگیری یک نوع دخالت در سیاست است و اینکه در برابر جنایت و جنایتکار سکوت کنی و حرفی نزنی و نایستی هم نوعی سیاست‌ورزی رندانه است. بنابر این از آنان که چنین ادعایی دارند پذیرفته نیست که ما هم در زمان شاه و هم پس از انقلاب در سیاست دخالت نکردیم؛ شما، هم در آن‌زمان در سیاست دخالت کردید و هم در بعد از انقلاب سیاست‌ورزی داشتید. وگرنه چرا باید تمام جلسات پرجمعیت شما در مشهد و شهر‌های بزرگ در امنیت کامل و حمایت محکم شهربانی برگزار بشود آن‌هم در زمانه‌ای که اگر کسی در همین مشهد و در مسجد کرامت یا در تهران و در مسجد هدایت می‌خواست بین دو نماز بایستد و دو کلمه درباره برخی مفاهیم اجتماعی مؤکد در قرآن سخن بگوید، اجازه نداشت و کارش به زندان ساواک می‌کشید!
آخرین نکته هم اینکه چگونه هم گروه‌های سیاسی رسماً ضدانقلابی، چون مجاهدین و هم گروه‌های به‌اصطلاح دینمداری، چون انجمن حجتیه و دیگر قاعدین، همزمان به این همپوشانی رسیدند که با برپایی حکومت اسلامی مخالفت کنند و از این بالاتر در این راه با هم دست بدهند و در بسیاری موارد از هم حمایت و دفاع کنند. اینکه در آن‌زمان اقدامات براندازانه نزدیکان آیت‌الله سیدکاظم شریعتمداری و حزب خلق مسلمان با فعالیت‌های تروریستی مجاهدین خلق و پیکار و حزب خلق عرب و... با هم یک هدف و یک مسیر را طی کردند یا امروز همراهان سیدصادق شیرازی با ضدانقلاب داخل و خارج یک نقطه را هدف گرفته‌اند معنی خاصی نمی‌دهد؟ 
نسل جدید هنوز باید خیلی چیز‌ها درباره تاریخ انقلاب بداند تا بتواند بسیاری از همپوشانی‌های این روز‌ها را هضم کند. آنها که این داده‌های تاریخی و تحلیلی را دارند در انتقال آن به نسل جدید نباید کوتاهی کنند وگرنه به آینده خیانت کرده‌اند.