پس از وخامت اوضاع سوسنگرد و اشغال این شهر، در جلسه‌ای در اهواز با حضور حضرت آیت الله خامنه ای (نماینده‌ی امام خمینی در شورای عالی دفاع)، سرلشکر فلاحی (جانشین وقت ریاست ستاد مشترک)، سرلشکر ظهیرنژاد (فرمانده وقت نیروی زمینی ارتش)، آقای غرضی (استاندار وقت خوزستان) و افراد دیگری، تصمیم به اجرای عملیات آزادسازی سوسنگرد گرفته شد و واحدهای نظامی شرکت‌کننده در عملیات نیز مشخص گردید. آیت الله خامنه ای
همان شب، آقای اشراقی داماد حضرت امام خمینی رحمه‌الله‌علیه، در مکالمه‌ی تلفنی با آیت الله خامنه ای ، پیام امام را ابلاغ کرد: «تا فردا سوسنگرد باید آزاد شود.» اما چند ساعت مانده به شروع عملیات، به دستور بنی‌صدر، تیپ ۲ لشکر زرهی اهواز از شرکت در این عملیات منع گردید.
آیت الله خامنه ای پس از اطلاع از دستور بنی‌صدر، در نامه‌ای خطاب به فرمانده آن لشگر (سرهنگ قاسمی) دستور دادند که طبق تصمیم قبلی، تیپ ۲ در عملیاتی که منجر به آزادسازی سوسنگرد شد، به موقع وارد شود. دکتر چمران دیگر نماینده‌ی امام در شورای عالی دفاع نیز در ذیل همین نامه بر ضرورت اقدام سریع و جلوگیری از اتلاف وقت بیشتر تاکید کرد.
پایگاه اطلاع‌رسانی KHAMENEI.IR به مناسبت سالروز فتح سوسنگرد، نامه «دستور حضرت آیت‌الله خامنه‌ای به فرمانده لشکر ۹۲ زرهی اهواز برای ورود به عملیات آزادسازی سوسنگرد» را منتشر کرد که به این شرح است:
شب دوشنبه 26 / 8 / 59 ساعت ۰۱:۱۰
سرکار سرهنگ قاسمی فرمانده لشکر ۹۲ زرهی اهواز
با سلام
شنیدم تیمسار ظهیرنژاد به شما تلفن کرده‌اند که تیپ ۲ فردا وارد عمل نشود مگر بنا به امر. و منظورشان امر آقای رئیس‌جمهور است. من این عدول از تصمیم عصر را قابل توجیه نمی‌دانم. این به‌معنای تعطیل یا به ناکامی کشاندن عملیات فردا است. استعداد دشمن چنان است که آن دو گروهان پیاده یارای کار درستی در برابر آن ندارند و اگر تیپ وارد عمل نشود در حقیقت تک انجام نگرفته است. صبح اگر برای تصمیم نهائی بخواهیم منتظر آمدن تیمسار ظهیرنژاد بمانیم وقت خواهد گذشت. جوانان ما در سوسنگرد حداکثر تا صبح مقاومت خواهند کرد و صبح زود اگر ما قدری بار دشمن را سبک نکنیم همه نابود خواهند شد و شهر کاملاً سقوط خواهد کرد. خلاصه اینکه به نظر و تشخیص ما کار باید به همان روال که عصر صحبت شد پیش برود و تیپ آماده باشد که صبح وارد عمل شود. در غیر این صورت مسئولیت سقوط سوسنگرد با هر کسی است که از این تصمیم عدول کرده است.
سیدعلی خامنه‌ای
متن نامه دکتر چمران:
من رسماً اعلام جرم می‌کنم
به‌نام نماینده امام و نماینده شورای عالی دفاع از این همه اهمال و اتلاف وقت و به هدر رفتن خون جوانان شکایت دارم؛ چند روز است که فریاد می‌کشم تا بالاخره دیشب جوابی شنیده شد، امروز انتظار عمل داشتم، متأسفانه نشد، امروز صبح در حضور سرکار و سرهنگ شهبازی ایرادات و نظرات خود را گفتم، و شما فکر کردید و جواب دادید که فردا صبح زود انجام می‌شود و الان می‌بینم که می‌خواهند به تأخیر بیندازند و این یعنی مرگ ۵۰۰ جوان و سقوط سوسنگرد و حمیدیه و اهواز و من در این صورت همه شما را در مقابل خدا و خلق مسئول می‌دانم.
دکتر چمران
۱) گفت‌وگو با امیر سرلشگر محمد سلیمی درباره آزادسازی سوسنگرد
۲) اشاره‌ی رهبر انقلاب به ماجرای این نامه در شب فتح سوسنگرد:
در روز فتح سوسنگرد - چون میدانید سوسنگرد اشغال شده بود؛ بار اول فتح شد، دوباره اشغال شد؛ باز دفعه‌ی دوم حرکت شد و فتح شد - تلاش زیادی شد برای اینکه نیروهای ما - نیروهای ارتش، که آن وقت در اختیار بعضی دیگر بودند - بیایند و این حمله را سازماندهی کنند و قبول کنند که وارد این حمله بشوند.
شبی که قرار بود فردای آن، این حمله از اهواز به سمت سوسنگرد انجام بگیرد، ساعت حدود یک بعد از نصف شب بود که خبر آوردند یکی از یگانهائی که قرار بوده توی این حمله سهیم باشد را خارج کرده‌اند. خب، این معنایش این بود که حمله یا انجام نگیرد یا بکلی ناموفق بشود.
بنده یک یادداشتی نوشتم به فرمانده‌ی لشکری که در اهواز بود و مرحوم چمران هم زیرش نوشت - که اخیراً همان فرمانده‌ی محترم آمده بودند و عین آن نوشته‌ی ما را قاب کرده بودند و دادند به من؛ یادگار قریب سی ساله؛ الان آن کاغذ در اختیار ماست - و تا ساعت یک و خرده‌ای بعد از نصف شب ما با هم بودیم و تلاش می شد که این حمله، فردا حتماً انجام بگیرد.
