دکتر محمد مصدق که همراه تعدادی از یاران پس از حمله‌ی کودتاگران به منزلش به محل امنی رفته بودند پس از مدت کوتاهی خود را تسلیم کردند. و بدین‌ترتیب دکتر مصدق در دادگاهی نظامی در پاییز 1332، محاکمه شد. به دلیل حمایت‌های مردمی که در اعتراض به این امر به بستن بازارها و اعتصاب دانشجویی اقدام می‌کردند از شدت عمل  در دادگاه نسبت به مصدق کم شد.  در حکم دادگاه آمده است:

«در مورد متهم ردیف یک دکتر محمد مصدق علل و جهات مخففه موجود است که در نظریه‌ی دادگاه مؤثر و موجب تخفیف کیفر نامبرده می‌باشد و آن اهمیت و اعتبار و خدمات و سابقه‌ی متهم ... در تبعیت از افکار عمومی ملت ایران... است... اعلیحضرت همایون شاهنشاه از انحراف و لغزش متهم ردیف غمض‌عین فرموده و به کرامت عالیه‌ی خود از حق خصوصی صرف‌نظر و در موارد عدیده رعایت سوابق و ملاحظه‌ی جهات اخلاقی را توصیه فرموده‌اند. دادگاه با توجه به اوضاع و احوال خاصه‌ی متهم جهات مذکوره را در تخفیف مجازات دکتر محمد مصدق مؤثر دیده ... به لحاظ [بالا بودن] سن عمر متهم از شصت سال نامبرده را به سه سال حبس مجرد محکوم می‌نماید.»

وی پس از آزادی از زندان زیر نظر گاردهای نظام ی به روستای خود (احمدآباد) اعزام شد و زیر نظر مأموران و جاسوسان دستگاه جاسوسی و امنیتی پهلوی به مدت یازده سال حبس گردید . در این دوره امکان هر گونه ارتباط با خارج و دخالت در مسائل روز از وی سلب گردید و در واقع به این طریق وی را خلع سلاح نموده و در کنترل کامل خود قرار دادند.

کسانیکه جان خود را در این راه از دست دادند

مهم‌ترین شخص از اعضای مؤسس و فعال جبهه‌ی ملی که جان خود را در این راه از دست داد، دکتر  حسین فاطمی، وزیر امور خارجه دولت دکتر مصدق بود. وی پیش از این پیشنهاد جانشینی دکتر مصدق از سوی شاه را رد کرد، در حالیکه برخی دیگر از اعضای سرشناس جبهه‌ی ملی در مقابل این ترفند شاه فریب خوردند و به دشمنی با مصدق و جبهه‌ی ملی روی آوردند. 

دکتر فاطمی که در دوران نخست‌وزیری دکتر مصدق سخنگوی دولت، معاون نخست‌وزیر و وزیر امورخارجه بود، به دلیل مواضع بسیار تندش که علیه دربار ـ چه در کودتای نافرجام 25 مرداد و چه قبل از آن از جمله اینکه پس از فرار محمدرضا شاه از ایران مسئله‌ی جمهوری و از بین رفتن نظام سلطنت در ایران را مطرح کرد ـ پس از کودتای28 مرداد به زندگی مخفی روی آورد. 

در این مدت، دکتر فاطمی در خانه‌ی ستوان دکتر محسنی در نزدیکی میدان تجریش پنهان و سرانجام در اسفند 1332 توسط سرهنگ مولوی دستگیر شد. کودتاچیان در ابتدا سعی داشتند با حمله‌ی شعبان بی‌مخ و چاقوکشان او، خود را از دست دکتر فاطمی خلاص کنند. زمان انتقال او از شهربانی به زندان لشکر 2 زرهی شعبان جعفری به همراه ایادی خود به او حمله کردند. اما،  خواهر دکتر فاطمی با انداختن خود بر روی برادر، او را از مرگ نجات داد. با این وجود دکتر فاطمی، چند زخم شدید چاقو برداشت وبه بیمارستان ارتش منتقل شد و تحت عمل جراحی قرار گرفت.

دادگاه نظامی مأمور محاکمه‌ی دکتر فاطمی در مهرماه 1333 تشکیل شد. در جلسات دادگاه، فاطمی را با آمبولانس و برروی برانکار می‌آوردند. دادگاه نظامی پس از ده روز حکم اعدام فاطمی را صادر کرد. سرانجام در ساعت 04:7بامداد روز چهارشنبه 19 آبان 1333 مراسم اعدام دکتر حسین فاطمی در لشکر 2 زرهی در برابر شماری از افسران ارتش از جمله آزموده اجرا شد. 

فدائیان اسلام اگرچه در اکثر دوران دکتر مصدق در شمار مخالفین سرسخت وی محسوب می‌شدند اما در تحصن دکتر مصدق و یارانش در دربار در تاریخ 22 مهرماه 1328 در کنار مصدق قرار گرفتند و در ابتدا نیز نسبت به دکتر مصدق خوشبین بودند. هر چند اختلاف‌نظرهای بین رهبران فدائیان اسلام وجود داشت. پس از کودتای28 مرداد فدائیان ‌اسلام نیز از جمله گروه‌های بودند؛ که توسط رژیم کودتا سرکوب شدند و در این جریان نواب صفوی بنیانگذار و نظریه‌پرداز فدائیان اسلام و سه تن از رهبران این گروه مذهبی تیر باران شدند.

کریم‌پور شیرازی، ناشرو نویسنده مقالات ضد حکومتی روزنامه‌ی«شورش» بود.  وی به صورت پیوسته مقالاتی در حمایت از سیاست دکتر مصدق چاپ می‌کرد. پس از کودتای28 مرداد کریم‌پور شیرازی دستگیر شد. و لی بلافاصله از طرف حکومت اعلام شد که وی قصد فرار داشت و می‌خواست با چراغ نگهبان را به آتش بکشد، چراغ بر سر خودش افتاد و نفت بر بدنش ریخت و در پور شیرازی در آتش سوخت به‌طوریک  حتی پیچاندن او در پتو کارساز نبود. اما یکی از منابع مخالف اعلام کرد:

«...چند روز بعد شایعاتی در تهران پیچید که در پایان یک جشن شادمانه در لشکر 2 زرهی و گویا در حضور چند خانم بلندپایه که دل خونی از کریم پورشیرازی داشتند و قبلاً در روزنامه به آنها فحشهایی داده و تهمت‌هایی زده بود، کریم‌پور شیرازی را به حیاط کوچکی آوردند. چند تن از دژخیمان او را شبیه الاغ بر کف حیاط روی خاک و خل نشاندند و بر پشتش نشستند و در حالتیکه شلاقش می‌زدند و علف در دهانش می‌گذاردند از جلو خانم‌ها عبور دادند و سپس ناگهان با ریختن نفت و کشیدن کبریت وی‌را که فریادهای وحشتناکی می‌کشید سوزاندند و به زغال تبدیل کردند. لقب «زغال سوز» از آن زمان روی تیمسار بختیار باقیماند.

کسانی‌که مدتی در زندان به سر بردند و سپس آزاد شدند

اکثریت قریب به اتفاق اعضای جبهه‌ی ملی که تا پایان همراه دکتر مصدق باقیماندند پس از کودتای28 مرداد مدتی مخفی بوده و پس از تسلیم‌شدن زندانی شده و یا تبعید شدند، اما پیش از پایان مدت محکومیت خود آزاد گردیدند. مهم‌ترین این افراد چنین سرنوشتی داشتند:

1-      دکتر آذر: وزیر فرهنگ دولت مصدق تا 27 دی1332 زندانی بود و پس از آزادی به طبابت در مطب خود مشغول شد وبا حزب ایران نیز همکاری داشت.

2-     امیرعلائی: وزیر اقتصاد، وزیر کشور، وزیر دادگستری و سرانجام وزیر مختار ایران در بلژیک بود؛ پس از کودتا به همکاری با نهضت مقاومت مل یپرداخت که زندانی و به برازجان انتقال یافت ولی پس از مدتی آزاد شد.

3-     زیرک‌زاده: دو سال و نیم مخفی بود و پس از معرفی خود در سال 1334 در حدود شش ماه در لشکر 2 زرهی زندانی شد.

4-     سیدعلی شایگان: به دلیل سخنرانی تند خود در 25 مرداد مورد کینه‌ی رژیم پهلو ی قرار گرفت. او ابتدا به حبس ابد محکوم شد، اما دادگاه تجدیدنظر او را به ده سال حبس محکوم کرد ولی در اسفند 1334 مورد عفو قرار گرفت و از زندان آزاد شد و به آمریکا رفت و رهبری جبهه‌ی ملی در آمریکا را عهده دار شد.

5-     حاج محمدحسن شمشیری: به دلیل حمایت از مصدق زندانی و مدت هفت ماه به جزیره‌ی خارک تبعید گردید.

6-     اللهیار صالح: وزیر کشور و سفیر ایران در آمریکا در دولت مصدق بود. وی پس از کودتای28 مرداد به ایران بازگشت و مدتی در انزوا زیست تا اینکه به جبهه‌ی ملی دوم ملحق شد.

7-     دکتر غلامحسین صدیقی: وزیر پست و تلگراف و تلفن و وزیر کشور در دولت دکتر مصدق بود. وی پس از کودتای28 مرداد در زندان لشکر 2 زرهی به مدت ده ماه و نیم زندانی بود و پس از این مدت آزاد شد و تا سال 1338 بیشتر به کارهای فرهنگی مشغول بود.

8-     داریوش فروهر: وی از معدود اعضای جبهه‌ی ملی بود که در جریان 28 مرداد زخم ی شد و پس از آن نیز به فعالیت و مبارزات خود ادامه داد و به دفعات زیاد تا سال 1335دستگیر و زندانی شد.

9-     دکتر عبدالله معظمی: وی نماینده‌ی مجلس بود که در سال 1332 پس از پایان ریاست مجلس آیت‌الله کاشانی به مدت 48 روز ریاست مجلس را بر عهده داشت و در 11 مرداد 1332 یک روز پیش از برگزاری رفراندوم از ریاست مجلس استعفا داد. وی پس از کودتای28 مرداد مدتی مخفی بود و با نهضت مقاومت ملی همکاری می‌کرد و به همین سبب در اردیبهشت 1334 بازداشت شد و به جنوب تبعید گردید. وی پس از آزادی به دام‌داری پرداخت و از فعالیت سیاسی کناره‌گیری کرد.

10-   خلیل ملکی: پس از جدایی از بقائی حزب نیروی سوم را تشکیل داد و به پشتیبان یدکتر مصدق و نهضت ملی پرداخت. پس از کودتای28 مرداد خلیل ملکی بدون محاکمه در قلعه‌ی فلک‌الافلاک زندانی شد. وی پس از آزادی از زندان نیز به انعقاد قرارداد کنسرسیوم نفت اعتراض کرد و این اعتراض خود را به‌صورت رساله‌ی بلندی در داخل و خارج از کشور منتشر ساخت.

11-   محمود نریمان: وزیر دارایی مصدق که تا آخرین لحظه در کنار دکتر مصدق بود. او پس از تسلیم چند ماه در زندان لشکر 2 زره‌ی زندانی بود و پس از آن به فعالیت در نهضت مقاومت ملی پرداخت. در اردیبهشت 1334 به جنوب تبعید شد و پس از آن، حضور چشمگیری در فعالیت‌های سیاسی نداشت تا اینکه در 1340 بر اثر سکته‌ی قلبی درگذشت.

به این ترتیب مشاهده می‌شود که اعضای جبهه‌ی ملی پس از مدت کوتاهی که زندانی شدند عملاً از انجام فعالیت‌های سیاسی کناره‌گیری کردند و برخی از آنان به فعالیت‌های اقتصادی روی آوردند و گاهی با برخی از عوامل وابسته به رژیم پهلوی ارتباط‌هایی نیز داشتند.

کسانیکه به دلیل وابستگی به رژیم مجازات نشدند

این گروه شامل افراد مختلفی می شود که برخی به دلیل اینکه پیش از کودتای28 مرداد از جبهه‌ی ملی جدا شدند و حتی به نوعی به کودتاگران کمک کردند، مورد تقدیر قرار گرفته و پاداش دریافت نمودند. از مهم‌ترین افراد این گروه مظفر بقائی، حسین مکی، حائری‌زاده، عبدالقدیر آزاد و احمد ملک یرا می‌توان نام برد.

علاوه بر این افراد، کسانی هم که از جبهه‌ی ملی جدا نشده و ظاهراً تا پایان همراه دکتر مصدق بودند  از مجازات زندان و تبعید در امان ماندند. از جمله‌ی این افراد دکتر کریم سنجابی است که پس از کودتا نوزده ماه مخفی بود، ولی با شفاعت حشمت‌الدوله‌ی والاتبار در سال 1334 خود را معرفی کرد و همان روز آزاد شد. ابوالقاسم امینی نیز که از همکاران مصدق در مجلس چهاردهم بود و مقامات استانداری اصفهان و کفالت وزارت دربار به او واگذار شد، پس از کودتا زندان یشد. گرچه در نامه‌ی‌ای شاه را «پسره‌ی  نادان» خطاب کرده بود، اما با وساطت برادرش دکتر علی امینی که وزیر دارایی کابینه‌ی زاهدی شده بود،  از ایران تبعید شد و در شهر رم ایتالیا اقامت گزید.

مهندس کاظم حسیبی در سراسر دوران زمامداری دکتر مصدق مشاور نفتی نخست‌وزیر و نماینده‌ی تهران در دوره‌ی هفدهم بود. وی نیز پس از کودتا تحت تعقیب قرار گرفت و پس از نوزده ماه با وساطت حشمت الدوله‌ی والاتبار خودش را معرفی کرد و پس از یک ماه زندان آزاد شد.

برخی از اعضای جبهه‌ی ملی نیز در جریان محاکمه از خود ضعف نشان داده و حتی به گریه افتادند تا خود را تبرئه نمایند. دکتر فاطمی در دوران زندان خود در یکی از مکتوبات می‌نویسد:

«...به ‌دو نفر رفقا گفته شد امروز تجدیدنظر داده‌اند. حضرت‌عالی از راه خانواده‌شان بفرمایید به‌ آنها بگویند خیلی کم‌ظرفی از خود نشان ندهند، چنان‌كه امروز شنیدم رضوی پیش سربازها گریه کرده است. این کار خوب نیست. در دادگاه هم بسیار بد حرف زده و اعمال مصدق را تخطئه کرد. نتیجه‌اش را هم دید. بنده از او توقع یک چنین ضعفی را نداشتم.»

سرتیپ تقی ریاحی رئیس ستاد ارتش نیز چنین رویه‌ای داشت. ارتشبد حسین فردوست در خاطرات خود آورده است که ریاحی در دوران مصدق محمدرضا را فرمانده کل قوا می‌دانست و قلباً از رویه‌ی مصدق نسبت به نحوه‌ی اداره‌ی ارتش راضی نبود.  شاید به همین دلیل در روز 28 مرداد چنان‌که باید و شاید از حکومت مصدق دفاع نکرد و به گفته‌ی سرهنگ سررشته‌، افسر تجسس رکن دوم ستاد، ریاحی در ساعت یازده صبح آن روز دستور داد تانک‌هایی را که راه‌های ورودی به خانه‌ی مصدق مسدود کرده بودند برچینند و به پادگان‌ها برگردانند.  در جلسه‌ی دادگاه نیز ریاحی می‌کوشید خودش را از اقدامات مصدق مبرا سازد ولی دکتر مصدق همه‌ی اقدامات ریاحی را پذیرفت. ریاحی در مورد سه روز 25 تا 28 مرداد در دادگاه گفت: «در این سه روز اتومات شده بودم.»

به این ترتیب جبهه‌ی ملی که مدتی برای خود دارای محبوبیت ملی در نزد مردم و کانون توجه در داخل و خارج از کشور بود با کودتایی یک روزه از هم پاشید و اعضایآ ن نیز که اکثریت آنان مورد عفو قرار گرفتند، به‌طور کلی و یا برای سال‌ها، از سیاست کناره گرفتند. آنان در صدد بودند با روی‌آوری به فعالیت‌های اقتصادی منافعی به دست آوردند و چه بسا در برخی از این فعالیت‌های اقتصادی با دربار و هیئت حاکمه‌ی رژیم پهلوی ارتباط مستقیم داشتند.