از بیانات رهبر معظم انقلاب در 4 خرداد 1401 در دیدار با نمایندگان مجلس: ترکیب غلط بودجه هنوز اصلاح نشده که مخاطب این موضوع بیشتر دولت است اما در مجلس نیز نباید با افزایش هزینه ها بدون تعیین درآمدهای واقعی و قابل تحقق، به کسری بودجه که ام الخبائث مشکلات اقتصادی است، اضافه شود. (و نظرات رهبری پیرامون: حرف های سست، تصمیمات غلط و اولویت ها)

سه چالش اصلی راه آهن عبارتند از اقتصاد ضعیف (درآمد به هزینه پایین)، عقب افتادگی از تکالیف و کاهش مشارکت کارکنان.

اقتصاد ضعیف را می توان از نسبت درآمد به هزینه یافت، این شاخص در جدول B72 گزارش سالانه اتحادیه UIC تبیین شده است.

عقب افتادگی از تکالیف و عدم موفقیت راه آهن در قانون مدیریت سوخت و تحقق سهم 30 و 18 بار و مسافر (7 و 4 درصد تا 1390)

کاهش مشارکت کارکنان هم از سوانح زیاد، هزینه های زیاد و بهره وری بسیار پایین ناوگان و زیرساخت ... آشکار می گردد.

برخی عوامل اقتصاد ضعیف راه آهن: درآمد اندک بدلیل کاهش جابجایی بار ...، هزینه نگهداری زیاد زیرساخت و ناوگان، بهره وری پایین ناوگان و زیرساخت ...، بدهی بالا به پیمانکاران و مالکان، آماده بکاری پایین، خرابی های زیاد، سوانح بالا و تحلیل سوانح سودار، سستی در بازسازی و ارتقای لوکوموتیو، بی توجهی به آثار اقتصادی برقی در راه آهن، کم توجهی به بار محوری، بارطولی و وزن قطار، خطوط جدید کم فایده و پرهزینه، ایستگاه های جدید دور از شهر، تعرفه نامناسب، فقدان طبقه بندی خطوط، کارکنان زیاد، ساختار نامناسب، مدیران مشارکتی، الگوهای غلط بهره برداری، آموزش ضعیف، پنهان داری اطلاعات، ثبت ناقص اطلاعات خرابی، خصوصی سازی با الگوی تفکیک عمودی و اجرای غلط همان روش خطا، قراردادهای ضعیف پیمانکاری بدون تعهدات RAMS، ضعف نظارت، کم توجهی به عیوب تکراری، ضعف شاخص های ارزیابی پیمانکاران، کم توجهی به عوامل موثر برچرخه واگن های معدنی بویژه بارگیری، توزین و تخلیه، عدم به کارگیری جعبه سیاه لکوموتیو، عدم استفاده از GPS موجود، عدم توجه به قیمت تمام شده و آنالیزش، اطلاعات ناقص فرم 101، توقف فرم 103، عدم استفاده از ظرفیت ایستگاه ها برای احداث شهرک های مسکونی، تجاری ...، بی توجهی به خط تست در تحویل گیری ناوگان ...، عدم استفاده از BOT توسط بخش خصوصی در زیرساخت، کم توجهی به تحقیقات توسعه ای، استفاده کم از پایلوت، مدیریت دانش ضعیف، محاسبات غلط ظرفیت، رجوع کم به UIC.

برخی عوامل عقب افتادگی از تکالیف:

ضعف قانونگذاری و فقدان نقشه راه بدون پایش و آسیب شناسی و اصلاح، ضعف کمیسیون عمران، نظارت ضعیف وزارت راه و سازمان برنامه، سازمان مدیریت و سازمان بهره وری، عدم آسیب شناسی و بازخورد برای اصلاح قوانین، عمر کوتاه مدیران عامل راه آهن و وزیران راه، مدیران ناآشنا و وزیران نامرتبط، فقدان برنامه جامع معقول و مقبول، ادغام وزارت راه و مسکن، کمبود منابع و تخصیص نادرست، ضعف همکاری دانشگاه، آیین نامه های نامناسب طراحی خطوط بدون طبقه بندی، عدم تمایل به اصلاح و تمایل زیاد به خرید، توجه کم به مزیت هزینه های جانبی و ممیزی شیوه های حمل ونقل با محاسبه آن، ضوابط غلط مانند خودالزامی برای گذرگاه همسطح، عدم توجه به ضعف های لکوموتیو دیزل نسبت به برقی، عدم توجه به زمان واقعی حدود 20 ساله اجرای پروژه ها، عدم توجه به خسارات تاخیر، عدم استفاده از مزایای اجرای مرحله ای، مشکلات مجمع الجزایری وزارت راه، ضعف مطالبه گری در وزارت مجلس و سازمان برنامه، 7000 پروژه نیمه تمام ملی ...، فقدان ضوابط اولویت بندی طرح ها، حق مدیریت شرکت ساخت با حجم کار، تاخیر پرداخت و ظلم به پیمانکاران یا پرداخت با اوراق و ...

برخی عوامل کاهش مشارکت کارکنان:

نظام حقوق و دستمزد، نظام پاداش و کارانه، شاخص های ارزیابی کارکنان و ضعف سیستم ارزیابی کارکنان، ضعف سیستم ارتقاء، امکانات رفاهی(رستوران، استخر، هتل ...)، آیین نامه بهره وری، آموزش، مشکلات مسکن و تعطیلی تعاونی مسکن، تورم بالا، حذف سرویس، حذف غذا، ساختار نامناسب و ناامیدساز برای رشد تدریجی، عدم بکارگیری ظرفیت صندوق کارکنان، محدود کردن صندوق به دوران اشتغال، مشکلات وام، فقدان تعاونیهای فنی کارمندی در مناطق.

این چالش ها باید توسط راه آهن و بخش خصوصی ... دقیق تر بررسی و تکمیل و برای کاهش و تدریجا رفع آنها اقدام گردد، البته در اینجا نیز نمی توان و نباید همه کارها را همزمان آغاز نمود و اولویت بندی موارد فوق باید متناسب با منطق هزینه فایده باشد.