متن پیام تسلیت رهبر انقلاب اسلامی به این شرح است:
بسم الله الرّحمن الرّحیم
انا لله و انا الیه راجعون

با اندوه و تاسف فراوان خبر تلخِ درگذشتِ شهادت گونۀ عالم مجاهد، رئیس‌جمهور مردمی و با کفایت و پرتلاش، خادم‌الرضا علیه‌السلام جناب حجة‌الاسلام‌والمسلمین آقای حاج سید ابراهیم رئیسی و همراهان گرامی ایشان رضوان‌الله علیهم را دریافت کردم.

این حادثۀ ناگوار در اثنای یک تلاش خدمت‌رسانی اتفاق افتاد؛ همۀ مدت مسئولیت این انسان بزرگوار و فداکار چه در دوران کوتاه ریاست‌جمهوری و چه پیش از آن، یکسره به تلاش بی‌وقفه در خدمت به مردم و به کشور و به اسلام سپری شد.

رئیسی عزیز خستگی نمی‌شناخت. در این حادثۀ تلخ، ملت ایران، خدمتگزار صمیمی و مخلص و با ارزشی را از دست داد. برای او صلاح و رضایت مردم که حاکی از رضایت الهی است بر همه‌چیز ترجیح داشت، از این رو آزردگیهایش از ناسپاسی و طعن برخی بدخواهان، مانع تلاش شبانه‌روزیش برای پیشرفت و اصلاح امور نمی‌شد.

در این حادثۀ سنگین شخصیت‌های برجسته‌‌ای مانند حجةالاسلام آل هاشم امام جمعۀ محبوب و معتبر تبریز، جناب آقای امیرعبداللهیان وزیر خارجۀ مجاهد و فعال، جناب آقای مالک رحمتی استاندار انقلابی و متدین آذربایجان شرقی و گروه پروازی و دیگر همراهان نیز به رحمت الهی پیوستند.

اینجانب پنج روز عزای عمومی اعلام می‌کنم و به ملت عزیز ایران تسلیت میگویم. جناب آقای مخبر طبق اصل ۱۳۱ قانون اساسی در مقام مدیریت قوۀ مجریه قرار می‌گیرد و موظف است به همراهی رؤسای قوای مقنّنه و قضائیه ترتیبی دهند که ظرف حداکثر پنجاه روز رئیس‌جمهور جدید انتخاب شود.

در پایان تسلیت صمیمی خود را به مادر گرامی جناب آقای رئیسی و همسر فاضل و بزرگوار ایشان و دیگر بازماندگان رئیس‌جمهور و خانواده‌های محترم همراهان به‌ویژه والد ماجد جناب آقای آل هاشم معروض می‌دارم و صبر و تسلای آنان و رحمت الهی برای درگذشتگان را مسألت می‌کنم.

سیّدعلی خامنه‌ای