پخش پایتخت ۶ با حاشیه‌های بسیاری همراه شد و رسانه‌های اصولگرا جوّ عجیبی را به راه انداختند به شکلی که مدیران وقت صداوسیما مجبور به توضیحات و عذرخواهی شدند.

منتقدان پایتخت ۶ بر این باور بودند که این فصل پایتخت بدآموزی دارد و صداوسیما نباید این سریال را که تبدیل به یک برند شده به این شکل خرج کنند.

نوع رابطه‌ی شخصیت ‘فهیمه’ با بازی نسرین نصرتی با ‘رحمت’ با بازی هومن حاجی عبداللهی، نحوه‌ی رفتار ‘نقی’ و ‘هما’، بازسازی برخی فیلم‌های پیش از انقلاب، رفتارهای مجرمانه ‘ارسطو’، رفتار و گفتار غیر مودبانه‌ی ‘بهتاش’، چالش بازگشت ‘بهبود’ در حالی که همسرش آماده‌ی ازدواج مجدد می‌شود، شوخی‌های با مفاهیم مذهبی مثل حج و … از جمله موارد مورد انتقاد منتقدان بوده است.

این انتقادات کار را به جایی رساند که پس از پایان یافتن سریال پایتخت چند میزگرد برای پاسخگویی به این انتقادات برگزار شد و این فصل سریال پایتخت هم در بازپخش‌های سریال‌ها مورد توجه قرار نگرفت.

در آخرین نمونه هم شبکه‌ی آیفیلم با وجود اعلام قبلی برای پخش پایتخت ۶ از این کار سر باز زد.

انتهای پیام