اخیرا علی مطهری در بخشی از گفت‌وگو با یک خبرگزاری داخلی در پاسخ به این سوال که «در یکی از اظهارنظرها گفته بودید که می‌توانیم در ایران بمب اتم بسازیم چون شرع استفاده از بمب اتم را برای ما حرام کرده نه ساخت آن را. در این باره صحبت کنید؛» می‌گوید؛ از همان ابتدا که وارد فعالیت هسته‌ای شدیم هدفمان ساخت بمب و تقویت قوای بازدارنده بود، اما نتوانستیم محرمانه بودن این مسئله را حفظ کنیم و گزارش‌های محرمانه توسط گروهک منافقین افشا شد.
وی می افزاید : کشوری که می‌خواهد استفاده صلح‌آمیز هسته‌ای داشته باشد، هیچ‌گاه از غنی‌سازی شروع نمی‌کند بلکه ابتدا رأکتور تأسیس می‌کند و بعد به حوزه غنی‌سازی وارد می‌شود، اما اینکه مستقیماً غنی‌سازی انجام دهیم این شائبه را ایجاد می‌کند که می‌خواهیم بمب بسازیم.اگر ما هم مانند پاکستان می‌توانستیم به طور محرمانه بمب بسازیم و آزمایش کنیم بسیار بازدارنده بود. کشورهای دیگر روی توان هسته‌ای حساب باز می‌کنند، لذا معتقدم وقتی کاری را شروع کردیم باید تا آخرش می‌رفتیم. اکنون که نظر مقام معظم رهبری این است که کلاً ساخت بمب هسته‌ای حرام است.
در همین ارتباط یک مقام مطلع در سازمان انرژی اتمی کشورمان ضمن تکذیب اظهارات یکی از نمایندگان سابق مجلس شورای اسلامی گفت: برنامه صلح‌آمیز هسته‌ای جمهوری اسلامی ایران هیچ‌گاه جهت‌گیری نظامی نداشته و اظهارات افراد غیر مسئول در این زمینه ناشی از بی‌اطلاعی و یا رویکرد سیاسی خاص آنها است.
این مقام مطلع افزود: وارد کردن اتهام پنهان‌کاری در فعالیت‌های هسته‌ای به کشورمان اقدامی است که از سال‌ها قبل دشمن برای محدودسازی برنامه صلح‌آمیز اتمی کشورمان دنبال کرده و هرگز موفق به اثبات آن نشده است.
تکمیلی:
علی مطهری در سایت شخصی خود نوشت:
«از مصاحبه من با ایسکانیوز جمله‌ای به این مضمون نقل شده است که "ما از ابتدا دنبال ساخت بمب اتم بودیم ولی گزارش منافقین مانع شد".
«این جمله با توجه به قبل و بعد آن و سؤال مصاحبه‌کننده درست منعکس نشده است.
«آنجا گفته شد که از ابتدا عده‌ای بودند که معتقد بودند ساخت این سلاح برای ترساندن دشمن مانعی ندارد، چنانکه قرآن می‌گوید «ترهبون به عدوّ الله» ولی استفاده از آن اشکال دارد.
«این مطلب باعث شد که منافقین فعالیت هسته‌ای جمهوری اسلامی را به عنوان ساخت بمب گزارش کنند. ولی سیاست و هدف نظام هیچ‌گاه ساخت بمب هسته‌ای نبوده است، چنانکه مقام رهبری تولید آن را حرام اعلام کردند.»