متن پیام رهبر معظم انقلاب به این شرح است:
بسم الله الرحمن الرحیم
جناب مستطاب حجة الاسلام و المسلمین آقای حاج سید علی شفیعی دامت برکاته
با تأسف و تأثر خبر درگذشت فرزند عزیز و فاضل حضرتعالی جناب حجة الاسلام آقای سید محسن شفیعی را شنیدم. ایشان نقش ارزشمندی در همه عرصه های علمی و اجتماعی و دانشگاهی خوزستان ایفا می کردند و از امیدهای آینده بودند. فقدان این عالم پرتلاش و خدوم و بصیر خسارتی است که جبران آنرا از خداوند متعال مسألت میکنم.
به جنابعالی و مادر مکرم و همسر و فرزندان گرامی ایشان و دیگر بازماندگان تسلیت عرض میکنم و رحمت و مغفرت الهی برای ایشان مسألت مینمایم.
والسلام علیکم بما صبرتم
سید علی خامنه ای