آیین تحلیف سید ابراهیم رئیسی دو غایب مهم داشت، آیت‌الله صادق آملی لاریجانی و علی لاریجانی دو برادر از خانواده لاریجانی‌ها که پیش‌ازاین در دو دوره یکی در کسوت رئیس قوه قضائیه و دیگری در قامت رئیس قوه مقننه، برگزارکننده مراسم تحلیف بودند؛ این بار و در نخستین آیین تحلیف که دیگر مسئولیت قوا را بر عهده ندارند. در این میان غیبت آملی لاریجانی‌ در جایگاه یکی از اعضای شورای نگهبان و رئیس مجمع تشخیص مصلحت نظام بر اساس کسوت حقوقی خود یکی از میهمانان ثابت این مراسم بود؛ جایی که رئیس مجلس بدون اطلاع از عدم حضور وی و صندلی خالی رئیس مجمع تشخیص در صف اول، طبق متن از پیش آماده‌شده‌ای که داشت به «رئیس مجمع تشخیص مصلحت نظام» در کنار سایر میهمانان خیرمقدم گفت. دیگر غایب مراسم علی لاریجانی مشاور رهبر معظم انقلاب که حدفاصل سال‌های ۸۷ تا ۹۹ به مدت ۱۲ سال رئیس مجلس ایران بود و در سال‌های ۸۸، ۹۲ و ۹۶ سه مراسم تحلیف را ریاست کرده بود. غیرمنتظره بودن رد صلاحیت لاریجانی به‌عنوان یکی از چهره‌های نزدیک به حاکمیت و اعضای مهم جریان راست سنتی به‌اندازه‌ای غیرقابل‌باور بود که وقتی مقام معظم رهبری دو هفته پیش از انتخابات در یک سخنرانی ضمن تشکر از رد صلاحیت شدگان به دلیل پذیرش نظر شورای نگهبان، از «جفا و ظلم» به برخی چهره‌ها سخن گفتند، البته که شورای نگهبان تجدیدنظری در نتایج اعلام‌شده در خصوص رد صلاحیت‌ها اعمال نکرد. همچنین حجت‌الاسلام سید حسن خمینی تولیت آستان امام خمینی (ره) و یادگار بنیان‌گذار نظام جمهوری اسلامی ازجمله غایبان این مراسم بود.