متن پیام رهبر معظم انقلاب به این شرح است:

بسم الله الرّحمن الرّحیم
با تأسف و تأثر فراوان خبر درگذشت عالم ربانی، فقیه و حکیم مجاهد، آیت الله آقای حاج شیخ محمدتقی مصباح یزدی را دریافت کردم. این، خسارتی برای حوزه‌ی علمیه و حوزه‌ی معارف اسلامی است.

ایشان متفکری برجسته، مدیری شایسته، دارای زبان گویائی در اظهار حق و پای با استقامتی در صراط مستقیم بودند.

خدمات ایشان در تولید اندیشه‌ی دینی و نگارش کتب راه‌گشا، و در تربيت شاگردان ممتاز اثرگذار، و در حضور انقلابي در همه‌ میدانهایی که احساس نیاز به حضور ایشان می شد، حقاً و انصافاً کم‌نظیر است. پارسائی و پرهیزگاری خصلت همیشگی ایشان از دوران جوانی تا آخر عمر بود و توفیق سلوک در طریق معرفت توحیدی، پاداش بزرگ الهی به این مجاهد بلند مدت است.

اینجانب که خود سوگوار این برادر قدیمی و عزیز می باشم، به خاندان گرامی و فرزندان صالح و دیگر بازماندگان ایشان و نیز به شاگردان و ارادتمندان این معلّم بزرگ و به حوزه‌ی علمیه تسلیت عرض می کنم و علّو درجات ایشان و مغفرت و رحمت الهی را برای ایشان مسألت مینمایم.
سیّدعلی خامنه‌ای
۱۳ دی ماه ۱۳۹۹