تنها یک روز پس از آنکه فاش شد باراک اوباما از جزئیات تماس‌های تلفنی شنود شده مایکل فلن با سفیر جنجالی وقت روسیه اطلاع داشت، این رئیس جمهوری سابق آمریکا نسبت به تصمیم دادستان کل کشورش برای لغو اتهامات علیه مشاور امنیت ملی پیشین دونالد ترامپ هشدار داد.
به نوشته روزنامه دیلی میل، باراک اوباما، رئیس جمهوری پیشین آمریکا این اظهارات را در جریان ویدیو کنفرانسی با اعضای سابق دولتش مطرح کرد. فایل صوتی این تماس به دست یاهو نیوز رسیده است.
بعد از آنکه مشخص شد باراک اوباما ۱۵ روز پیش از مراسم سوگند دونالد ترامپ از جزئیات تحقیق اف بی آی علیه مایکل فلن که بعدا مشاور امنیت ملی دونالد ترامپ شد، اطلاع داشت و درباره آن با مقام‌های ارشد دولتی صحبت کرده بود، تحت فشار قرار گرفت.
اوباما در این رابطه گفته است: گمان می‌کنم اخبار ۲۴ ساعت گذشته تا حدی کم اهمیت جلوه داده شده است؛ اینکه وزارت دادگستری اتهام‌ها علیه مایکل فلن را لغو کرد. این حقیقت دارد که هرگز موردی وجود نداشته است که در آن گواهی دروغ فردی اثبات شود و بعد بدون اتهامی، آن فرد رها شود. اینجا همان جایی است که باید نگران اساس شد؛ نه فقط هنجارهای نهادینه بلکه درک بنیادین ما از حاکمیت قانون هم در معرض خطر قرار می گیرد. زمانی که شما حرکت در این مسیر را آغاز می کنید، این حرکت به سرعت شتاب می گیرد؛ همانطور که ما در جاهای دیگر دیدیم.  اسنادی که از حالت محرمانگی خارج شدند،  نشان می دهند که باراک اوباما درباره تحقیقات اداره تحقیقات فدرال آمریکا (اف بی آی) در مورد فلن با سالی یتز، معاون دادستان وقت آمریکا صحبت کرده بود و  یک روز بعد از آن در این رابطه اظهارنظر کرد.
این اسناد نشان می دهد که اطلاع اوباما از تماس تلفنی مایکل فلن با سفیر وقت روسیه در ایالات متحده، موجب شگفتی سالی یتز شده است. براساس گزارش فاکس نیوز، پنجم ژانویه ۲۰۱۷ یعنی ۱۵ روز پیش از آنکه دونالد ترامپ قدرت را به دست بگیرد، معاون دادستان کل وقت آمریکا در نشست کاخ سفید با حضور اوباما و دیگر چهره‌های امنیت ملی سرشناس حضور پیدا کرد. از دیگر حاضران جلسه می توان به جو بایدن، جیمز کومی و جان برنان، مدیران وقت اف بی آی و سیا و جیمز کلاپر، مدیر اطلاعات ملی وقت آمریکا اشاره کرد. این جلسه برای بررسی مداخله روسیه در انتخابات بود و همچنین سوزان رایس، مشاور امنیت ملی آمریکا که فلن جایگزین او شد و دیگر مقام‌های امنیت ملی در آن حضور داشتند.
بعد از این نشست، باراک اوباما از سالی یتز و جیمز کومی خواست تا در دفترش بمانند و به آن‌ها گفت که «از اطلاعاتی درباره فلن و تماس‌های تلفنی او درباره تحریم‌ها با سفیر روسیه مطلع شده است.» براساس این اسناد، اوباما تاکید داشت که اطلاعات بیشتری درباره این موضوع نمی‌خواهد و فقط قصد دارد بداند که کاخ سفید باید طور دیگری با فلن برخورد کند یا خیر. با توجه به اسناد، معاون دادستان کل هیچ ایده‌ای از بحث باراک اوباما نداشت و از گفت وگوها متوجه شد. براساس یادداشت دیگری که سوزان رایس درباره این نشست دارد، جو بایدن هم در این جلسه حاضر بوده است. اطلاع اوباما از این تماس تلفنی که اف بی آی همان موقع گفته بود ماهیت مجرمانه ندارد، بیشتر به علت روابط خود او با مایکل فلن چشمگیر است.  
باراک اوباما سال ۲۰۱۴ مایکل فلن را از ریاست آژانس اطلاعات دفاعی برکنار کرد و به دونالد ترامپ نسبت به انتصاب او به عنوان مشاور امنیت ملی آمریکا هشدار داده بود. فلن دسامبر ۲۰۱۷ به دروغگویی به اف بی ای درباره تماس‌هایش با روسیه حین تحقیقات روسیه اذعان کرد. او همچنین اذعان کرد که درباره همکاری با دولت ترکیه حین خدمت به عنوان مشاور کمپین برای کارزار ترامپ پنهان کاری کرده بود. وزارت دادگستری آمریکا پنج شنبه به طور ناگهانی از یک قاضی خواست تا اتهامات کیفری علیه فلن را لغو کند. این اقدام بعد از فشارهای روز افزون دونالد ترامپ و متحدان سیاسی او انجام شد.