رهبر معظم انقلاب اسلامی در پیامی درگذشت حضرت آیت‌الله مهدوی کنی را تسلیت گفتند. متن پیام حضرت آیت‌الله خامنه‌ای به این شرح است:

بسم الله الرحمن الرحیم

با تأسف و تأثر اطلاع یافتیم که عالم مجاهد و پارسا حضرت آیت الله آقای حاج شیخ محمدرضا مهدوی کنی(رضوان الله علیه) دار فانی را وداع گفته و دوستان و ارادتمندان خود را داغدار کرده است. این عالم بزرگوار از جمله‌ی نخستین مبارزان راه دشوار انقلاب و از چهره‌های اثرگذار و یاران صمیمی نظام جمهوری اسلامی و از وفاداران غیور و صادق امام بزرگوار بود و در همه‌ی عرصه‌های مهم کشور در دوران انقلاب شجاعانه و با صراحت تمام نقش‌‌آفرینی کرد. از عضویت در شورای انقلاب و سپس تشکیل کمیته‌های انقلاب در آغاز تأسیس نظام اسلامی تا تصدی وزارت کشور و سپس قبول نخست وزیری در یکی از سخت‌ترین دوران‌های جمهوری اسلامی، و تا ورود در عرصه‌ی تولید علم و تربیت جوانان صالح و تأسیس دانشگاه امام صادق(علیه‌السلام) و تا امامت جمعه تهران و سرانجام ریاست مجلس خبرگان، همه جا و همه وقت در موضع یک عالم دینی و یک سیاستمدار صادق و یک انقلابی صریح ظاهر شد و هرگز ملاحظات شخصی و انگیزه‌های جناحی و قبیله‌ئی را به حیطه‌ی فعالیت‌های گسترده و اثرگذار خود راه نداد. این انسان بزرگ و پرهیزگار، همه‌ی وزن وزین خود را در همه‌ی حوادث این دهها سال در کفه‌ی حق و حقیقت نهاد و در دفاع از راه و سیره‌ی انقلاب و نظام، کوتاهی نورزید. رحمت و رضوان الهی بر روان پاک او باد.
اینجانب به خاندان گرامی و برادر عالیقدر ایشان، و به مردم ایران و روحانیت عظیم الشأن و همه‌ی ارادتمندان و شاگردان و دست‌پروردگان آن مرحوم صمیمانه تسلیت می‌گویم و علو درجات وی را از خداوند متعال مسألت می‌نمایم.

سید علی خامنه‌ای
۹۳/۷/۲۹