یکی از منتقدان توافق‌ هسته‌ای به‌تازگی گفته است که ایالات متحده و شرکای مذاکره‌کننده‌اش به تهران اجازه داده‌اند از سطح حداکثر مقدار توافق‌شده برای غنی‌سازی اورانیوم و سایر مواد هسته‌ای عبور کند. به گفته دیوید آلبرایت، بنیان‌گذار و رئیس مؤسسه علوم و امنیت بین‌المللی، در جلسات سری که او کمیسیون مشترک می‌نامد، تخفیف‌های عمده‌ای درباره محدودیت‌های اعمال‌شده در توافق‌ با ایران داده شده است. این کمیسیون نهادی است متشکل از ایران و کشورهای حاضر در مذاکرات که برای تصمیم‌گیری درباره مسائلی که حین اجرای توافق‌نامه پیش می‌آید تشکیل شده است. براساس گزارشی که آلبرایت با همکاری اندریا استریکر، تحلیلگر ارشد مسائل سیاسی، نوشته است، تصمیمات این کمیسیون که روی کاغذ نوشته شده‌اند شامل اسناد طبقه‌بندی‌شده و سری مرتبط با برجام است. از این گذشته فرایند تصمیم‌گیری سری کمیسیون مشترک به‌واسطه اجازه‌دادن به ایران برای تلاش سیستماتیک در جهت تضعیف برجام این ریسک را می‌پذیرد که امتیازات خاصی به ایران داده شود. به نظر می‌رسد این امتیازها در چند حوزه کلیدی از حد اعلام‌شده عبور می‌کنند. کاخ سفید و وزارت امور خارجه به‌سرعت اتهامات آلبرایت را رد کرده و گفته است ایران از حد تعیین‌شده 300 کیلوگرم اورانیوم غنی‌شده تخطی نکرده است. 
جان کربی، سخنگوی وزارت امور خارجه، با اتکا بر توافق‌نامه‌ای که در تاریخ 16 ژانویه 2016 به اجرا گذاشته شده، به خبرنگاران گفت: «هیچ حرکتی ورای اهداف تعیین‌شده انجام نشده است». کربی با اجتناب از به‌کارگیری کلمه استفاده‌شده آلبرایت یعنی «تخفیف» گفت: «ما به تعهدات خود پایبند بوده‌ایم و طبق برجام به ایران اجازه عبور از محدودیت‌هایی که در توافق‌نامه تصریح شده‌اند، نداده و نمی‌دهیم». 
این بیانیه به‌سرعت تبدیل به خوراک تبلیغاتی برای کاندیداهای ریاست‌جمهوری شد. کمیته ملی جمهوری‌خواهان در کنگره، خبرنامه‌هایی صادر و در آنها از این گزارش استفاده کرد و از کاندیداهای دموکراتی که از توافق‌نامه هسته‌ای حمایت کرده بودند، انتقاد کرد. آلبرایت، یک فیزیک‌دان است که در بازرسی‌های مربوط به سلاح‌های شیمیایی از سوی سازمان ملل در عراق مشارکت کرده و تبدیل به دید‌بان و بازرس سازمان ملل برای تحمیل محدودیت‌های مربوط به برنامه هسته‌ای ایران به ازای لغو تحریم‌ها شده است. آلبرایت مکررا درباره اجرای توافق‌نامه هسته‌ای، چنان ‌که قولش داده شده بود؛ شک و تردیدهای خود را بیان کرده است. براساس توافق‌نامه هسته‌ای، اعلام حواشی بيان شده از سوی کمیسیون مشترک، طبقه‌بندی‌شده و سری است و اگرچه کمیسیون می‌تواند تصمیماتش را علنی کند؛ اما هیچ‌گاه چنین کاری نکرده است. در نتیجه حقیقت‌یابی درباره نقدها یا رد و انکارهای دولت کار مشکلی است. آلبرایت گفته است اولین‌بار مسئله تخفیف‌ها را از یک مقام دولتی از کشوری که در مذاکرات شرکت داشته، شنیده است؛ اما نام آن کشور را اعلام نمی‌کند. آلبرایت همچنین گفته است این مقام دولتی، مسئول ارزیابی همکاری ایران با گروه 1+5 بوده؛ اما او این مسئله -تخفیف‌های سری- را از یک منبع دست‌سوم شنیده نه از دولت متبوع آن مقام رسمی. آلبرایت در یک مصاحبه تلفنی گفته است: «مسئله اساسی در این قضیه این است که کارهای زیادی به‌طور سری انجام شده و براساس آنچه امضا کرده‌ایم، نبوده است. در گزارش آمده است اگر کمیسیون مشترک این تخفیف‌ها را اعطا نکرده بود، برخی از مواد هسته‌ای انباشته‌شده ایران و تجهیزات هسته‌ای‌اش از سطوح مجاز به هنگام اجرای توافق‌نامه عبور می‌کرد. براساس این گزارش به ایران اجازه داده شده تا از سطح محدود‌شده 300 کیلوگرم اورانیوم غنی‌شده که به‌عنوان ضایعات یا با عنوان مواد آلوده‌کننده آزمایشگاهی جمع‌آوری شده، بگذرد. علاوه‌بر‌این ایران مجاز شده تا 19 «سلول داغ» را عملیاتی کند و به عملیات آن ادامه دهد. این سلول‌ها برای مصارف پزشکی به‌کار می‌روند؛ اما برای جداسازی پلوتونیوم در چهار سایت هم کاربرد دارند. کلسی داونپورت، مدیر سیاست منع اشاعه تسلیحات هسته‌ای در انجمن کنترل تسلیحات گفته است این توافق‌نامه اجازه می‌دهد تا «سلول‌های داغ» با تأیید کمیسیون مشترک شامل تخفیف شوند و اما ضرورتا وجود این سلول‌های داغ شاهدی بر این مدعا نیست که ایران از محدودیت‌های اعمال‌شده عبور کرده است. به گفته خانم داونپورت، بعضی اوقات در اجرای هر توافقِ به‌شدت فنی‌ای، ابهام‌هایی بروز می‌کند. آنچه خطیر است این است که کمیسیون مشترکی به وسیله توافق هسته‌ای برقرار شده در امر نظارت بر اجرای توافق‌نامه گوش‌به‌زنگ باقی بماند و بین تلاش‌ها برای دشمنی‌کردن با آن توافق و انجام‌ندادن محدودیت‌های اعمال‌شده از سوی توافق‌نامه و مسائل فنی تفاوت قائل شود. رابرت اینهورن، مدرس سیاست منع اشاعه سلاح‌های هسته‌ای در مؤسسه بروکینز، گفته است سری‌بودن تصمیم‌سازی‌های کمیسیون مشترک را می‌توان درک کرد؛ اما بالقوه مشکل‌ساز است. او می‌افزاید: در‌این‌باره می‌توان حواشی اعلام‌شده به وسیله کمیسیون مشترک را سری دانست؛ اما زمانی که حواشی یاد‌شده حاکی از اخذ تصمیماتی باشد که عملا بر اجرای برجام تأثیر گذارد می‌توان ترتیبی را برای عمومی‌‌کردن آن نتایج و قراردادن آن در اختیار مردم اتخاذ کرد.