در ابتدای این دیدار، آیت الله استادی دبیر شورای عالی حوزه‌های علمیه، گزارشی از فعالیت‌ها و برنامه‌های آینده این شورا، ارائه داد.
آیت الله العظمی صافی گلپایگانی هم ضمن با اهمیت‌شمردن برنامه ها و فعالیت‌های شورای عالی حوزه‌ها، توصیه‌های مهمّی ارائه کردند.
ایشان در اولین توصیه خود، توجّه همگان به مسأله امانت‌بودن حوزه‌ها را خواستار شدند، و گفتند: حوزه علمیه، امانت حضرت ولیّ عصر عجل الله تعالی فرجه الشریف است. همه باید متوجّه باشیم که حوزه‌های علمی شیعه در هر کجای دنیا که هستند، امانت آن بزرگوار است. حفظ این امانت در عصر غیبت بر همه، واجب و لازم است.لذا علمای گذشته از آغاز عصر غیبت کبری تاکنون، به این نکته، توجه خاص داشته‌اند که چطور این امانت بزرگ را حفظ و بدون قصور و تقصیر، از آن پاسداری کنند. شما این حوزه هزار ساله را ببینید؛ چقدر علما و بزرگان در آن زحمت کشیدند، سفرهای سخت داشته و فداکاری‌های بی‌نظیر کر دند تا اینکه اکنون این امانت، در دست ما و شما قرار گرفته است. باید این نکته را باور داشته باشیم و در راستای آن فعالیت کنیم.
* لزوم حفظ استقلال حوزه‌های علمیه
توصیه دوّم آیت الله العظمی صافی گلپایگانی درباره استقلال حوزه‌ها بود. که با توجه به این ویژگی منحصر به فرد و عزّت‌آفرین در حوزه‌ها افزودند: استقلال حوزه‌ها بسیار مهم و اصلاً افتخاری برای شیعه است. وقتی در دنیا می‌شنوند که حوزه‌های علمیه و مدارس دینی شیعه، از همه جنبه‌ها استقلال دارند و وابسته به جایی نیستند، برای آنها اسباب تعجّب و البته مایه عزّت شیعه است.هر چه بیشتر استقلال حوزه‌های علمیه برقرار باشد و تمام تصمیمات و برنامه‌ریزی‌های مربوط به حوزه، در همه جهات، زیر نظر حوزه و علماء و حوزویان باشد، خطّ موفّق و واقعی که از اوّل، اسلاف این نهاد با برکت و مهمّ داشته‌اند محفوظ می‌ماند، و از انحراف در این مسیر جلوگیری می‌کند.مرجع عالیقدر در بخش دیگری از بیانات خود، سومین توصیه خود را به پرهیز از مدرک‌گرایی در حوزه اختصاص دادند. ایشان گفتند: حوزه‌های علمیه ما باید واقعاً از مدرک گرایی اجتناب کنند. این بلا و خطر بزرگی است که درس‌خواندن برای مدرک باشد. باید واقعاً درس خواند، زحمت کشید، سال‌ها نزد استاد رفت و ممحّض در فقه و اصول شد تا درجات علمی و مراتب فقهی حوزه‌ها محفوظ بماند.الحمدلله شرایط فعلی زندگی تا حدی برای آقایان طلاب فراهم است و سختی ها و رنج ها و مشکلاتی که در دوران گذشته برای طلاب وجود داشت اکنون وجود ندارد و شرایط برای تحصیل و تقویت بنیه علمی فراهم تر است. باید قدر این فرصت را دانست و در جهت اعتلای علمی حوزه تلاش و مجاهدت کرد. البته کمبودهایی هم که در این زمینه وجود دارد با صبر و حوصله و اهتمام بزرگان، ان شاء الله
برطرف خواهد شد
* لزوم آزادبودن انتخاب دروس
و اساتید
ایشان بر لزوم آزادبودن انتخاب دروس و اساتید، به عنوان توصیه بعدی خود، تأکید کردند و افزودند: باید طوری باشد که اساتید آزاد و طلاب محترم در انتخاب آنها و دروس، حرّ و آزاد باشند.
البته باید نسبت به خط و خطوط انحرافی و فتنه‌هایی که گاهی مشاهده می‌شود مراقب بود؛لکن قاعده کلّی و اصلی این است که باید مانند گذشته و همان‌طور که علما و فقهای بزرگ و حافظان حوزه‌های علمیه رفتار می‌کردند، طلاب در اینکه چه استادی و چه درسی را انتخاب می‌کنند آزاد و دارای اختیار باشند.
پنجمین توصیه این مرجع به اعضای شورای عالی حوزه‌های علمیه، درباره متون درسی بود. ایشان در بخشی از بیانات خود، با اشاره به این موضوع مهم، گفتند: باید متون درسی اصیل حوزوی را حفظ کرد و متونی که از زمان قدیم تاکنون بوده و علما و طلاب آن را می خواندند، محفوظ باشد.
اگر در جایی تغییر در بعض متون درسی لازم شد، باید با مراقبت و دقت کامل زیر نظر کارشناسان و متخصصان آن علم باشد که به اساس آن علم لطمه وارد نشود و باعث شکوفایی و پیشرفت علمی بیشتر طلاب شود نه اینکه تنزل علمی را در پی داشته باشد.
* رعایت اخلاق، اهمّ مسائل حوزه
توصیه به مسأله اخلاق و تهذیب نفس، توصیه بعدی ایشان به شورای عالی حوزه‌های علمیه بود. این مرجع عالیقدر با اشاره به اهمیت اخلاق در حوزه‌های علمیه افزودند: مسأله اخلاق از اهم مطالبی است که باید آن را حفظ کنیم.
بنده، اول، خودم را می‌گویم که باید در این جهت مواظب باشم و اینکه تلاش کنیم طلاب و حوزه‌ها طوری باشند که مردم به عمل و رفتارشان حسن ظن نشان دهند.اگر خدای ناکرده، اخلاق تنزّل کند، و سوء‌ظن به رفتار ما پیدا شود، مفاسد بسیاری دارد. مراقب باشید در تمام برنامه‌ریزی‌ها، این جنبه مهم را در نظر داشته، و ان‌شاء الله در صدد این باشید همان‌گونه که از اول بوده است، حوزه‌های علمیه در اخلاق، سرآمد همه باشند.
* لزوم بیداری حوزه‌ها در اوضاع جدید دنیا
ایشان در قسمت دیگری از توصیه های خود، با تشریح اوضاع و شرایط پیش‌آمده در دنیا، بر لزوم بیداری حوزه‌های علمیه تأکید کرده و فرمودند: شرایط دنیا نسبت به چندین سال پیش، بسیار تغییر کرده و عوض شده است.
خوب ما باید از این جهت، روی این تغییر حساب و خود را برای اوضاع جدید کاملاً آماده کنیم در مقابل دنیا با این حرف‌ها و مطالبی که القا می‌شود، بتوانیم عرض وجود کنیم و آنها را مغلوب سازیم.
باید ارتباطات حوزه‌ها با همه بخصوص مراکز علمی دنیا را تقویت کنیم تا مطلع شویم که در دنیا چه خبر است، چه حرف‌ها و مطالبی مطرح می‌شود و بتوانیم جوابگوی آن نیازها باشیم و معارف ناب تشیع را به گوش جهانیان برسانیم.
آیت الله العظمی صافی گلپایگانی در پایان این دیدار با تقدیر و تشکر از اعضای این شورا ، بیان داشتند: بدانید اول کسی که از فعالیت‌های شما در‌حفظ و تقویت حوزه‌ها خوشحال می‌شوند، حضرت ولی عصر عجل الله تعالی فرجه الشریف هستند و اگر خدای ناکرده کوتاهی داشته باشیم، اولین شخصی که ناراحت می‌شوند، آن بزرگوار هستند.