رییس جمهور در پیامی به مناسبت شهادت شیخ نمر باقر النمر، این اقدام غیر اسلامی و غیر انسانی دولت عربستان را محکوم و آن را در راستای سیاست های فرقه گرایانه و دامن زدن به تروریسم و افراط دانست. وی همچنین به وزارت کشور دستور داده که عاملان تهاجم به سفارت عربستان را شناسایی و به دستگاه قضا معرفی کند. به گزارش پایگاه اطلاع رسانی رییس جمهور، متن پیام حجت الاسلام و المسلمین دکتر حسن روحانی به این شرح است:  «بسم ا... الرحمن الرحیم، خبر اعدام عالم مجاهد شیخ نمر باقر النمر موجی از اندوه و تأسف در بین جوامع اسلامی به وجود آورد. اینجانب ضمن محکوم کردن این اقدام غیرانسانی که در تعارض آشکار با حقوق بشر و ارزش‌های اسلامی است، به خانواده شهید شیخ نمر، علمای اعلام و عموم مسلمانان تسلیت عرض می‌کنم. تردیدی ندارم که دولت عربستان با این اقدام غیر اسلامی، وجهه خود را در بین کشورهای جهان به ویژه کشورهای اسلامی بیش از پیش مخدوش نموده است. چنین اقدامی در راستای سیاست‌های فرقه‌گرایانه و دامن زدن به تروریسم و افراط در منطقه و جهان بوده که در سالهای اخیر منجر به بی‌ثبات کردن منطقه و ایجاد جنگ و درگیری گردیده است. مردم مسلمان ایران اگرچه در کنار همه مسلمانان جهان این اقدام غیراسلامی را به شدت محکوم می‌کنند اما اجازه نمی‌دهند که این جنایت، دستمایه افراد و گروه‌های خودسر در کشور برای انجام اعمال غیر قانونی و هتک حیثیت نظام مقدس جمهوری اسلامی گردد. حرکتی که توسط جمعی از افراد افراطی شب گذشته در تهران و مشهد صورت گرفت و به وارد آمدن خسارت به سفارت و کنسولگری کشور عربستان ـ که شرعاً و قانوناً باید در پناه جمهوری اسلامی ایران در امنیت باشد ـ منجر گردید، به هیچ عنوان قابل توجیه نیست و قبل از هر چیزی توهین به نظام و لطمه به آبروی جمهوری اسلامی ایران تلقی می‌شود. همه مسئولان نظام، عزم قاطع دارند که با این خودسری‌ها و اعمال مجرمانه برخورد جدی شود. از این رو، از وزیر کشور می‌خواهم که با همکاری قوه محترم قضاییه و وزارت محترم اطلاعات و با قاطعیت کامل، عاملان این تهاجم را شناسایی و برای اجرای عدالت به دستگاه قضایی معرفی کنند تا برای همیشه به اینگونه اعمال زشت پایان داده شود و امنیت کامل نمایندگی‌های سیاسی دولت‌ها در جمهوری اسلامی ایران تضمین گردد. خداوند روح شهید شیخ نمر را با شهدای کربلا محشور نماید و اسلام و مسلمانان را عزّت عنایت فرماید.»