ساعاتی پس از انتشار خبر اعدام شیخ نمر باقر النمر، روحانی برجسته شیعیان در عربستان، هزاران نفر از مسلمانان و آزادیخواهان در سراسر دنیا با برگزاری تظاهرات و یا صدور پیام و انتشار دیدگاه‌های خود در شبکه‌های اجتماعی خشم خود را از اقدام آل‌سعود نشان دادند.
با انتشار این خبر، اعتراضات مردمی در استان‌ القطیف و شهر العوامیه عربستان و برخی مناطق بحرین شکل گرفت و معترضان اقدام عربستان در اعدام شیخ نمر را محکوم کردند. همچنین در شهر قطیف عزای عمومی اعلام شد و با تجمع معترضان در خیابان «الثورة»(انقلاب) برخی مسیرها مسدود شد. رویترز گزارش داد جمعیتی از شیعیان در منطقه قطیف در شرق عربستان در تظاهراتی شعار «مرگ بر آل سعود» سر دادند. محمد النمر، برادر شهید شیخ نمر النمر هشدار داد که اعدام وی سبب خشم در میان جوانان شیعه در این کشور خواهد شد.
به گزارش خبرگزاری فرانسه، محمد النمر در عین حال خواستار برپایی تظاهرات مسالمت آمیز شد و گفت: ما با خشونت و درگیری با مأموران حکومت مانند شهید شیخ نمر مخالف هستیم. شبکه خبری المنار لبنان نیز اعلام کرد، به محض انتشار خبر اعدام شیخ نمر از سوی وزارت کشور عربستان، خودروهای زرهی این کشور وارد استان القطیف شده‌اند.
اتحادیه اروپا از اعدام شیخ نمر ابراز نگرانی جدی کرد و این اقدام را دارای تبعات خطرناکی دانست. در بیانیه اتحادیه اروپا آمده است: اعدام شیخ نمر مایه نگرانی جدی در مورد آزادی بیان و احترام به حقوق اولیه شهروندی و حقوق سیاسی است. این اقدام می‌تواند موجب شعله‌ور شدن بیش از پیش تنش‌های فرقه‌ای شود که تبعات خطرناکی خواهد داشت.
صدها نفر از شیعیان منطقه کشمیر تحت کنترل هند نیز در اعتراض به اعدام شیخ نمر به خیابان‌ها آمدند. حزب‌الله لبنان در بیانیه‌ای اعلام کرد: شیخ نمر خواهان احقاق حقوق تضییع شده آحاد ملتی ستمدیده بود و به همین دلیل مسئولان عربستانی وی را اعدام کردند. حزب‌الله از جامعه بین‌الملل و سازمان‌های حقوقی آن خواست تا اعدام شیخ نمر را محکوم کنند و مسئولان عربستانی را در جایی در کارنامه جنایت جهانی قرار دهند که شایستگی آن را دارند.
این در حالی است که شورای وحدت اسلامی پاکستان نیز با محکوم کردن اعدام شیخ نمر این اقدام سعودی‌ها را بی‌احترامی به احساسات میلیون‌ها مسلمان خواند و همچنین اعلام کرد، تظاهرات گسترده‌ای در پاکستان در محکومیت این اقدام شنیع انجام خواهد شد. نوری‌المالکی و عمار حکیم و دیگر رهبران سیاسی عراق هم در واکنش به اعدام شیخ نمر خواهان تعطیل شدن مجدد سفارت عربستان در این کشور شدند.
ابومهدی المهندس، رهبر ارشد نیروهای داوطلب مردمی موسوم به «حشد الشعبی» عراق نیز در بیانیه‌ای گفت: با وجود حمایت حاکمان عربستان از تروریسم در کل جهان با فرستادن تکفیری‌ها، سلاح‌ها و خودروهای بمب‌گذاری شده به کشورهای مسلمان، امروز آن‌ها صادق‌ترین مرد در عربستان سعودی را اعدام کردند.
علمای اهل سنت و شیعه لبنان با صدور بیانیه‌ای ضمن محکوم کردن جنایت آل‌سعود در اعدام شیخ شهید نمر باقر النمر، تأکید کردند که «این اقدامی جنایتکارانه بود که به سادگی نمی توان از کنار آن گذشت».  
محمد امین ماجومدر، رئیس فدراسیون مهاجران روسیه گفت: بدون شک به شهادت رساندن یک روحانی برجسته در جامعه عربستان پیامدهای سنگینی برای ریاض به همراه خواهد داشت و ساکنان شیعه مذهب و حتی افراد با وجدان غیرشیعی نیز از این اقدام شنیع ضداسلامی منزجر هستند و ممکن است اعتراض کنند. مفتی محمد مکرم احمد، امام جمعه مسجد فتحپوری دهلی گفت: این اقدام نسنجیده عربستان آتش اختلاف های منطقه ای را شعله ور می‌کند. پایگاه اینترنتی زینبیه، ارگان شیعیان ترکیه شهادت شیخ نمر باقر النمر به دست سعودی ها را اقدامی رذل و پست برشمرده و اعدام این روحانی برجسته را محکوم کرد.
گروه دیده‌بان حقوق بشر نیز از این اقدام حکومت عربستان انتقاد کرده و نحوه محاکمه شیخ النمر را ناعادلانه خواند. گروه های مدنی مدافع حقوق بشر و فعالان سیاسی مسلمان انگلیس در اعتراض به اعدام شیخ باقر النمر قصد دارند در برابر سفارت سعودی در لندن تجمع اعتراضی برپا کنند. خبرگزاری رسمی اتریش (APA) نوشت: عربستان سعودی به خاطر اعدام مخالفانش هزینه ای سنگین خواهد پرداخت.
خبرگزاری رویترز از ریاض گزارش داد: عربستان روز شنبه یک شیخ برجسته شیعی و ده ها سنی را اعدام کرد و این امر نشان داد، ریاض تاب تحمل شیعه و سنی را ندارد و صرفا به خشم فرقه ای در کل منطقه دامن می‌زند. خبرگزاری رسمی ایتالیا (آنسا) نوشت: اعدام شیخ النمر می تواند منجر به اعتراضات جدید در میان اقلیت شیعی عربستان شود.