آل سعود بدانند این جنایت فراموش‌نشدنی است و آثار این کار نابخردانه را در آینده خواهند دید. نه‌تنها شیعیان جهان و اهل سنت این جنایت را شدیدا محکوم می‌کنند، بلکه تمام آزادگان دنیا نیز آن را محکوم خواهند کرد. آنها چه گناهی داشتند، قیام مسلحانه کردند؟! کسی را کشته بودند؟! تنها گناهشان این بود که می‌گفتند اقلیت شیعه در عربستان سعودی از حقوق حقه خویش باید برخوردار شوند و برای انجام مراسم مذهبی آزاد باشند. آیا این گناه است و در‌خور آن جنایت سنگین».
همچنین آیت‌الله «صافی‌گلپایگانی» در پیام تسلیتی به همین مناسبت، نوشت: «با کمال تأسف و تأثر مطلع شدیم که رژیم سفاک و خون‌آشام سعودی، بار دیگر طینت جنایتکارانه خود را نشان داد و یکی از بندگان بی‌گناه، مظلوم و آزاده را با تعداد دیگری از ستمدیدگان به شهادت رساند. رژیمی که با نوشیدن خون پاک مظلومان و آزادگان خود را سیراب نموده و راه‌و‌رسم جنایتکاران بزرگ تاریخ را دنبال می‌نماید... این‌جانب به جهان اسلام و مردم غیور و مسلمان عربستان که از ستم و جنایات رژیم سفاک خود خسته شده‌اند و به خانواده بزرگ و داغدار این شهید بزرگوار تبریک و تسلیت گفته، ترفیع درجات این شهید سعید و سایر شهیدان را از خداوند متعال مسئلت دارم».
آیت‌الله نوری‌همدانی نیز در دیدار برگزار‌کنندگان نخستین اجلاس نماز قم و اعضای ستاد اقامه نماز این استان گفت: «علمای شیعه و سنی بلاد اسلامی باید در‌خصوص اقدام نابجای عربستان سعودی در اعدام مغرضانه شیخ نمر تصمیم بگیرند». او افزود: «با کمال تأثر خبری مبنی بر اعدام مغرضانه و ظالمانه شیخ نمر از سوی عربستان سعودی منتشر شده است که جای تأسف بسیار دارد. عربستان سعودی از مذهبی خرافی برخوردار است، مذهبی که با بهره‌گیری از پشتیبانی‌های آمریکا و صهیونیست، تکفیری‌ها، داعش و بوکوحرام را تربیت می‌کند تا اسلام را خشن و بدنام معرفی کند». آیت‌الله نوری‌همدانی ضمن محکوم‌کردن اعدام شیخ نمر از سوی عربستان سعودی، گفت: «در برابر این جریان که دهن‌کجی بزرگی به اهل خرد شیعه و سنی است، همگان باید عکس‌العمل نشان دهند».
پیام تسلیت هاشمی شاهرودی
آیت‌الله «محمود هاشمی‌شاهرودی» هم در پیام تسلیتی، ضمن محکوم‌کردن اقدام سعودی‌ها در اعدام «شیخ نمر» نوشت: «خبر دردآور و اندوهناک شهادت علامه شیخ باقر النمر به دست رژیم سفاک و دژخیم آل سعود واصل گردید و دل و جان ما را در غم و اندوه فرو برد...جریان خون مطهر شیخ نمر، موجی را برخواهد افراشت و توفانی را به‌پا خواهد کرد که جز با سرنگونی این نماد حقیقی شیطان در منطقه، آرام نخواهد گرفت. اکنون وقت آن رسیده که امت بزرگ اسلامی با هر سلیقه و فکری، تحت بیرق نبی اعظم صلی‌الله علیه و علی آله و سلم جمع گردند و برای نابودی این چرثومه فساد و نماینده رژیم اسرائیل و مزدور آمریکا، به‌پا خواسته و دست آلوده‌به‌خون هزاران‌هزار مسلمان شیعه و سنی را از حاکمیت و حکومت بر حرمین شریفین و سرزمین‌های اسلامی، کوتاه کنند. تردیدی نیست اضمحلال و نابودی این رژیم شیطانی، به محو‌شدن تروریسم داعشی و تکفیری منجر خواهد شد و عالَم اسلام را از این مصیبت فراگیر نجات خواهد بخشید. این‌جانب، شهادت این عالِم برجسته و مجاهد را به ساحت قدسی قطب امکان و محور تکوین، بقیه‌الله الاعظم ارواحنا له الفداء و رهبر فرزانه انقلاب، مراجع معظم تقلید، امت اسلامی و به طور خاص خانواده و بستگان و نزدیکان این فقید سعید، تبریک و تسلیت می‌گویم و از ذات قدس ربوبی می‌خواهم او را با انبیا و اولیا و شهدای کربلا محشور فرماید و حسن اولئک رفیقا».
تأثر مولوي عبدالحميد
مولوی «عبدالحمید» امام جمعه اهل سنت زاهدان هم نسبت به شهادت شیخ نمر توسط رژیم آل سعود واکنش نشان داد. او در‌این‌زمینه با بیان اینکه «مسئولان عربستان نامه مرا مبنی بر لغو حکم اعدام «شیخ نمر» بدون پاسخ گذاشتند»، گفت: «وقتی خبر اعدام شیخ نمر را شنیدم خیلی متأثر و متأسف شدم و این باور‌کردنی نیست». او همچنين گفت: اين اعدام به صلاح اسلام و مسلمين نبود.
«علی جنتی» وزیر فرهنگ و ارشاد اسلامی هم در پیامی شهادت «شیخ نمر باقر النمر» را به همه مسلمانان و آزادگان جهان تسلیت گفت.
واکنش عارف
«محمدرضا عارف» رئیس شورای‌عالی سیاست‌گذاری اصلاح‌طلبان هم در صفحه اینستاگرام خود ضمن تبریک سال نو میلادی نسبت به شهادت شیخ نمر واکنش نشان داد.در نوشته اینستاگرامی عارف آمده است: «سال نو میلادی را به همه مسیحیان دنیا به‌خصوص هم‌وطنان مسیحی شادباش می‌گویم. از اینکه آغازین روزهای سال جدید میلادی مصادف با اعدام شیخ نمر یکی از رهبران شیعی در عربستان شد بسیار متأسفم. آموزه‌های حضرت عیسی بن‌مریم(ع) صلح، برادری و هم‌زیستی مسالمت‌آمیز همه ادیان الهی با یکدیگر است. جهان امروز بیش از هر زمان دیگر نیازمند پیروی از این آموزه‌های اخلاقی است.
در جمهوری اسلامی ایران اقلیت‌های مذهبی با صفا و صمیمیت در کنار برادران و خواهران مسلمان خود زندگی می‌کنند و در تصمیم‌گیری‌های کلان کشور که نماد آن مجلس شورای اسلامی است حضور دارند.
امید آنکه همه ادیان الهی برای ریشه‌کنی تروریسم که ناشی از جهل و تعصبات کورکورانه است تلاش بیشتری کنند». «محسن رضایی» دبیر مجمع تشخیص مصلحت نظام نیز در واکنش به شهادت شیخ نمر از سوی رژیم آل سعود در صفحه شخصی خود در شبکه اجتماعی اینستاگرام، اقدام سعودی‌ها را محکوم کرد.
بیانیه سپاه پاسداران
سپاه پاسداران انقلاب اسلامی نیز در بیانیه‌ای با محکومیت جنایت آل سعود در به شهادت‌رساندن آیت‌الله شیخ نمر، این اقدام را نشانه رفتار داعش‌گونه و زوال رژیم سعودی دانست. به گزارش «روابط‌عمومی کل سپاه پاسداران انقلاب اسلامی» در متن این بیانیه آمده است: «اقدام خباثت‌آمیز و جنایتکارانه رژیم آل سعود در به شهادت‌رساندن آیت‌الله شیخ نمر باقر النمر، رهبر شیعیان عربستان، بخشی از یک توطئه صهیونیستی برای تشدید تفرقه بین امت اسلامی و اختلاف بین شیعیان و اهل تسنن است، که به فضل الهی و به برکت خون‌های پاک شهیدان از‌جمله این شهید عزیز، ناکام و با هوشیاری، هوشمندی و وحدت مسلمانان به‌گونه‌ای معکوس، آثار خود را در صحنه مقاومت اسلامی و آرمان آزادی قدس شریف هویدا خواهد ساخت». این بیانیه در پایان با تبریک و تسلیت شهادت آیت‌الله نمر باقر النمر به محضر حضرت ولی عصر(عج)، مقام معظم رهبری، امت اسلامی و حوزه‌های علمیه جهان اسلام و تأکید بر ضرورت اعتراض فراگیر آحاد ملل و جوامع اسلامی و نیز آزادی‌خواهان و حق‌طلبان عالم علیه آل سعود آورده است: «تردیدی نیست خون پاک این شهید والامقام، وحدت امت اسلامی را تقویت خواهد کرد و با طنین‌انداز‌شدن پیام راستین و آگاهی‌بخش شیخ نمر در جای‌جای سرزمین حجاز، پرچم مقاومت و مبارزه آن روحانی جلیل‌القدر به دست آحاد ملت مسلمان عربستان به‌ویژه جوانان غیور حجازی برافراشته نگه داشته شده و در آینده‌ای نه‌چندان دور انتقام سختی از جنایتکاران آل سعود گرفته و سقوط و فروپاشی پایه‌های این رژیم تروریست‌پرور، منفور و ضد‌اسلام را رقم خواهد زد». همچنین به گزارش «ایسنا» بسیج دانشجویی دانشگاه‌های تهران بزرگ اعلام کرد در اعتراض به اقدام سعودی‌ها در اعدام «شیخ نمر» امروز یکشنبه 13دی ماه ساعت 15 تجمعی اعتراضی در برابر سفارت عربستان برگزار خواهد شد.