گروه سياسي| سيد حسن خميني پاسخ قسمتي از منتقدانش را داد، منتقداني كه مي‌گويند او «راه امام راحل (ره) » را گم كرده است. نام‌نويسي سيد حسن خميني براي انتخابات خبرگان رهبري اين دست انتقادها را حتي بيش از پيش افزايش داد. نقدها اما تنها متوجه يادگار امام (ره) نبود. بزرگان سياسي ديگري چون آيت‌الله هاشمي‌رفسنجاني هم در مركز توجه منتقدان قرار داشتند. سيد حسن خميني در آخرين دست از اظهارات خود هر چند اشاره‌اي مستقيم و واضح به انتقادات طيف‌هاي سياسي منتقد دولت از خود نكرده اما محتواي كلامش رنگ و بوي پاسخ به اين دست مواضع را دارد. جايي كه او در ديدار اعضاي شوراي مركزي جمعيت پيشرفت و عدالت ايران اسلامي كه در جماران برگزار شد گفته است: «پذيرش مكتب امام(ره) يكي از اصول موضوعه اجتهاد در آراء و انديشه‌هاي ايشان است و اين اجتهاد بايد توسط اهل آن و افراد صاحب صلاحيت صورت پذيرد. » منتقدان سيد حسن خميني بارها به صورت عيان گفته‌اند كه نسبت او با بنيانگذار انقلاب دليلي بر شناخت و ادامه راه امام راحل (ره) توسط او و همفكرانش نيست. سيدحسن خميني در سخنانش نشان داده كه با خوانش اين گروه‌ها از انديشه‌هاي امام (ره) موافق نيست و راهي متفاوت براي استخراج اين انديشه‌ها را مي‌پسندد. او گفته كه «ارجاع به متون و پاسخ‌هاي آماده در پاسخ به سوالات جديد كار درستي نيست و بايد پاسخ‌هاي جديد كه البته برگرفته از همان متون و آراء و انديشه‌ها است، ارايه شود. » اما تبيين اين موضوع توسط سيد حسن خميني با مثالي انجام مي‌شود كه مي‌تواند در جاي خودش قابل تامل باشد؛ وضعيت روابط ايران و عربستان. او اين موضوع را نمونه‌اي در تاريخ جمهوري اسلامي براي تبيين انديشه‌هاي امام(ره) با ضرورت‌هاي روز دانسته و گفته كه «در مورد رژيم آل سعود همه ما نظر و شدت برخورد حضرت امام(ره) را مي‌دانيم، اما ديديم كه در سال 1369 روابط ما با عربستان از سرگرفته شد كه كار درستي هم بود؛ مبناي اين تصميم نيز رويكرد اجتهادي در مكتب امام بود. » اين در واقع دفاعي تاريخي از تصميمي است كه هاشمي‌رفسنجاني در نخستين سال‌هاي رياست‌جمهوري خود در قبال روابط خارجي كشور گرفت. تصميمي كه مدت‌هاست محل اختلاف طيف همسو با هاشمي‌رفسنجاني و منتقدان او است و طيف منتقد اين تصميم بر خلاف آنچه كه سيد حسن خميني اعتقاد دارد، مي‌گويند عادي‌سازي روابط با عربستان سعودي در دوره سازندگي به نوعي چرخش در سياستي بود كه حضرت امام(ره) در زمان خويش اعلام كرد. سيدحسن خميني اكنون درباره اجتهاد در آرا و انديشه‌هاي امام(ره) تاكيد مي‌كند: «البته اين اجتهاد بايد بر پايه اصول و مباني شكل بگيرد كه امسال رهبرمعظم انقلاب در مراسم روز 14 خرداد نمونه‌هايي از اين اصول را تبيين فرمودند.البته اگر تزاحمي در اجتهاد افراد به وجود بيايد حتما نظر ولي فقيه بالفعل لازم‌الاتباع خواهد بود و همه بايد بپذيرند.» وي در قسمت ديگري از سخنان خود با توصيه به رعايت انصاف و ادب در فعاليت سياسي و حزبي توصيه كرده: «هيچگاه از دايره انصاف خارج نشويد و اگر درباره افراد قضاوت مي‌كنيد حتما وضعيت و موقعيت آنها را درنظر بگيريد.» سيد حسن خميني در ادامه سخنان خود با انتقاد از گسترش هتك حرمت در فضاي مجازي، از جمع حاضر و كساني كه در حوزه رسانه‌اي و سياسي فعاليت مي‌كنند، درخواست كرده كه رعايت ادب و اخلاق را سرلوحه برنامه‌ها و فعاليت‌هاي خود قرار دهند. يادگار امام با اشاره به اينكه قطعا آيندگان روايت خواهند كرد كه انقلاب اسلامي و حركت امام خميني مبداء بيداري روح دينداري و معنويت در جهان است، يادآور شده: «آنچه بيش از همه در ساختار نظام جمهوري اسلامي ايران به آن نياز داريم كارآمد ساختن اين نظام است تا در حوزه مسائل اجتماعي، اقتصادي و... شاهد رشد و پيشرفت باشيم و بتوانيم كارآمدي دين در عرصه اجتماعي را اثبات كنيم.  من به همين دليل آقاي قاليباف را مي‌پسندم كه كارآمدي را تقويت كرده است؛ زيرا كارآمدي يك دستگاه، كار بزرگي است، گرچه با يك گل بهار نمي‌شود و همه دستگاه‌ها بايد اينگونه باشند. كارآمدي خود بهترين مبلغ دينداري در عرصه جامعه است.»