براساس آیین نامه داخلی مجلس کمیسیون‌ امنیت ملی نیز همچون سایر کمیسیون‌ها باید با حضور حداقل 19 و حداکثر 23 نماینده تشکیل شود اما در برخی دوره‎های مجلس، این کمیسیون با حضور بیش از 23 نماینده به فعالیت پرداخت.

انتخاب رئیس کمیسیون، نواب رئیس، دبیران اول و دوم و همچنین سخنگوی کمیسیون هر سال با رأی اعضای کمیسیون امنیت ملی انجام می‌شود.

کمیته حقوق بشر، کمیته سیاست خارجی، کمیته امنیت داخلی و کمیته دفاع چهار کمیته‌ای هستند که در زیر مجموعه این کمیسیون به صورت تخصصی به بررسی مسائل مربوط به حوزه اختیارات کمیسیون امنیت ملی و سیاست خارجی می‌پردازند.

پرونده‌ها:

سیاست و روابط خارجى، دفاع، اطلاعات و امنیت حوزه‌های فعالیت کمیسیون امنیت را شامل می‌شوند. وزارتخانه‎های کشور، امورخارجه، اطلاعات و دفاع نیز با توجه به محدوده فعالیت این کمیسیون بیشترین ارتباط را با اعضای کمیسیون امنیت دارند و وزرا موظف هستند به منظور پاسخگویی به سئوالات نمایندگان مردم و همچنین بررسی موضوعات حوزه تخصصی‌شان در این کمیسیون حضور بیابند.

این کمیسیون علاوه بر همکاری با این نهادها و بررسی طرح ها و لوایحی که مربوط به فعالیت این وزارتخانه‌‌ها می‌شود مسئولیت نظارت بر اجرای صحیح قوانین مربوط به این مجموعه‌ها را نیز بر عهده دارد و در صورت لزوم می‌تواند از ابزارهای نظارتی خود مانند سئوال، تذکر و استیضاح برای حفاظت از قانون استفاده کند.