نکونام هم تصور می‌کرد در آخرین سال بازیگری‌اش و با حضور منصوریان در استقلال بتواند با پیراهن آبی خداحافظی کند. این بازیکن در تابستان، اما هر چقدر منتظر ماند با پیشنهادی از سوی استقلال روبه‌رو نشد و در نهایت از فوتبال برای همیشه خداحافظی کرد. او در بیانیه‌اش نوشت دوست داشت با پیراهن استقلال برای همیشه از فوتبال خداحافظی کند، ولی از آنجا که این اتفاق برای بازیکن‌های بزرگ زیادی رخ داده، او هم با این مسأله کنار خواهد آمد. نکونام در العربی فوتبال باشگاهی خود را خاتمه داد تا در ایران با پیراهن هیچ تیمی خداحافظی نکند. این حرفی بود که او از چند سال قبل به زبان آورده بود. نکونام می‌گفت دوست ندارد در ایران با پیراهنی جز پیراهن استقلال خداحافظی کند و اگر ببیند یک روز این اتفاق می‌افتد، در خارج از کشور به فوتبالش خاتمه خواهد داد.

حالا نیم‌فصل از خداحافظی نکونام از فوتبال گذشته و علیرضا منصوریان، سرمربی استقلال حرف‌هایی زده که نکات مهمی در خود نهفته دارد. این مربی گفته است: من در استقلال نیاز به بازیکنی مثل او دارم و ای کاش از فوتبال خداحافظی نمی‌کرد. اگر الان بازی می‌کرد، حتما جذبش می‌کردم. حیف شد... منصوریان وقتی با این سوال روبه‌رو شد که اول فصل او منتظر استقلال بود و پس از آن که متوجه شد نمی‌تواند به این تیم بیاید، خداحافظی کرد، جملاتی گفت که می‌تواند سوژه رسانه‌های ورزشی باشد: مطمئن هستید؟ من اول فصل هم جواد را می‌خواستم، اما به من گفتند او از فوتبال خداحافظی کرده است و نمی‌تواند به استقلال بیاید. وگرنه من اول فصل هم نکونام را می‌خواستم.

البته منصوریان بی‌شک می‌توانست در صورت خواستن نکونام، خودش با او تماس بگیرد، چراکه این دو در گذشته با هم ارتباط نزدیکی داشته‌اند. ولی این که چه کسی به منصوریان گفته است نکونام از فوتبال خداحافظی کرده، جای تردید و ابهام‌های زیادی باقی می‌گذارد. نکونام در آخرین مصاحبه مفصل خود در برنامه نود هم از این گفت که مظلومی با او به صورت تلفنی برای بازگشت به استقلال حرف زده بود. این اتفاق سال گذشته رخ داد و خود مظلومی هم به آن اعتراف کرد. نکونام در مصاحبه‌‌اش گفت: آقای مظلومی از طریق آقای صالح دستیارش با من تماس گرفت و گفت تو را می‌خواهیم. گفتم شمال هستم و یکشنبه هفته بعد به تهران برمی‌گردم و مذاکره می‌کنیم، ولی نمی‌دانم چه اتفاقی افتاد که دیگر با من هیچ تماسی نگرفتند. ایشان خودش باید بگوید چرا، وگرنه او من را می‌خواست.