يكي از مهم‌ترين موضوعات مورد تاكيد امام خميني از آغاز نهضت تا صدور وصيتنامه الهي، سياسي وحدت بود. امام به همان اندازه كه روي وحدت و اهميت آن تاكيد مي‌كرد از تفرقه بر حذر مي‌داشت. امام بسياري از گرفتاري‌هاي جامعه، از جمله جامعه اسلامي را نتيجه دسيسه تفرقه‌افكنان مي‌داند و در مورد وضعيت اسفبار مسلمانان مي‌فرمايد:   «اگر مسلمين با هم بودند، اين‌طور ذليل نبودند زير دست اجانب و عمال اجانب. مسلمين قريب يك ميليارد جمعيتند ولي يك ميليارد جمعيت متفرق، جدا از هم. اگر يك حكومت بود مثل صدر اسلام، يك حكومت بود و همه تابع، ما به اين روز نمي‌نشستيم. آنها- اجانب- جديت كردند تا حكومت‌ها را به نفع خودشان متفرق كردند، تكه تكه كردند. حتي اخيرا كه عثماني يك مملكت وسيع بود، وقتي جنگ تمام شد، اينها را به قريب پانزده تا جدا جدا از هم كردند؛ و همه عمال خودشان!» (صحيفه نور، ج ۶، ص 339) امام خميني در وصيت به نسل‌هاي حاضر و آينده بر اتحاد مقدس حول محور انگيزه الهي تاكيد مي‌كند و مي‌فرمايد: «اينجانب به همه نسل‌هاي حاضر و آينده وصيت مي‌كنم كه اگر بخواهيد اسلام و حكومت‌الله برقرار باشد و دست استعمار و استثمارگران خارج و داخل از كشورتان قطع شود اين انگيزه الهي را كه خداوند تعالي در قرآن كريم بر آن سفارش فرموده است از دست ندهيد و در مقابل اين انگيزه كه رمز پيروزي و بقاي آن است، فراموشي هدف و تفرقه و اختلاف است. بي‌جهت نيست كه بوق‌هاي تبليغاتي در سراسر جهان و وليده‌هاي بومي آنان، تمام توان خود را صرف شايعه‌ها و دروغ‌هاي تفرقه‌افكن نموده‌اند و ميلياردها دلار براي آن صرف مي‌كنند.» (صحيفه امام، جلد21، ص 404)‌‎.‎ پس از پيروزي انقلاب اسلامي كه محصول وحدت قشرهاي مختلف مردم بود، اين تصور پديد آمده بود كه خطر استبداد داخلي و سلطه خارجي برطرف شد و زمينه بروز اختلاف و مجادله فراهم شده بود، امام هشدار دادند كه: «ملت ما خيال نكند تمام شد مطلب. آقايان خيال نكنند كه مطلب تمام شد، حالا بايد ديگر رها كنيم. خير، مطلب مهم است و از اين به بعد، همه با هم باشيم. تبليغات ما بايد قوي‌تر بشود از سابق؛ اقشار ما بايد فشرده‌تر بشوند از سابق؛ صف‌هاي ما بايد فشرده‌تر بشود؛ اختلافات ما بايد كمتر بشود. من متاسفم كه در بعضي از بلاد مي‌شنوم اختلاف شده است. اختلاف سرِ چه؟ براي چه اختلاف؟ آنهايي كه اختلاف مي‌اندازند، اينها معلوم شد از اسلام اصلا حظي ندارند. اين اختلاف معنايش اين است: شكست اسلام. اگر ما با هم مختلف بشويم، اسلام شكست مي‌خورد. اگر در قشر روحاني خداي نخواسته مردم احساس كنند كه اين اختلافات براي دنياست- براي دين كه اختلافي در كار نيست، همه ما، همه ما يك دين داريم، يك قرآن داريم، اگر اختلافي پيدا بشود اختلاف روي اساس دنياست، شيطان است كه اختلاف مي‌اندازد- اگر ساير مردم توجه كنند كه ملاها روي هواهاي نفساني با هم مختلف هستند، طلبه‌ها روي هواهاي نفساني با هم مختلف هستند، مردم از شما رو برمي‌گردانند. [اگر] از شما رو برگرداندند، اسباب شكست شماست؛ شكست شما شكست اسلام است. وظيفه شما سنگين است آقا! شما بايد با اخلاق خودتان، با اعمال خودتان مردم را دعوت كنيد.» و بر مسووليت پيشگامان انقلاب، به‌ويژه روحانيون در حفظ وحدت تاكيد مي‌كند و ادامه مي‌دهد كه: «شما هادي مردم هستيد. شما بايد چراغ باشيد. شما بايد نور باشيد. تهذيب كنيد نفوس خودتان را. حب دنيا را از نفْسِتان بيرون كنيد، راس كل خطيئه است. همه خطاها از حب دنياست، از حب شهرت است. اين حب را از دل خودتان بيرون كنيد، بميرانيد اين حب را؛ زنده بشويد به زندگاني اسلام: زندگاني الهي. شما الهي بشويد. وحدت پيدا بكنيد. صفتان را واحد كنيد. دشمن‌ها در كمين شما هستند، در كمين ملت ما هستند. دشمن‌ها حالا فهميدند كه وحدتي كه در ايران پيدا شده است، آنها را شكست داد. الان بيشتر درصدد هستند براي اينكه چشيدند آن مزه‌اي را كه وحدت داشت در بين ما. آنها عذاب او را چشيدند! الان درصدد اين‌اند كه شماها را متفرق كنند، از هم جدا كنند شما را: خودتان را از هم جدا كنند، شما را از قشرهاي ديگر جدا كنند، دانشگاه را از دانشگاه‌هاي اسلامي-‌دانشگاه علوم قديمه- جدا كنند، قشرهاي متجدد و متنور را از شماها جدا كنند. چنانچه در دويست- سيصد سال به اين طرف اين نقشه بوده است. نقشه‌اي بوده است كه ايران را ويران نگه دارند براي پيشرفت [خودشان]. شما مطالعه كنيد كتبي كه در اين باب هست. ايران را نمي‌شود ويران كرد الا به ويران كردن جناح‌ها؛ نمي‌شود فتح كرد الا به اينكه شما را از هم جدا كنند. (صحيفه امام؛ ج 6، ص: 284 - 285) اكنون كه شاهد دوره‌اي ديگر از ادوار سخت تاريخ ايران و در حال مقابله با تجاوز دشمن هستيم، بيش از هر زمان به وحدت و همبستگي نياز داريم و عناصر تاثيرگذار، مي‌بايست از مرزهاي وحدت جامعه صيانت كنند.