بدهی انباشته دولت به صندوق توسعه ملی به سطحی رسیده است که دیگر نمی‌توان آن را صرفاً یک چالش مالی تلقی کرد، بلکه باید آن را نشانه‌ای از اختلال در معماری حکمرانی منابع بین‌نسلی دانست. بر اساس برآورد‌های رسمی، میزان مطالبات صندوق از دولت حدود ۱۰۰میلیارد دلار اعلام شده است که از یک سو ابعاد وابستگی ساختاری بودجه به منابع صندوق را آشکار می‌کند و از سوی دیگر، دغدغه‌های جدی درباره کارآمدی مدیریتی این صندوق و سازوکار‌های صیانت از این منابع مطرح می‌سازد. صندوق توسعه ملی با مأموریت مشخص برای تبدیل بخشی از درآمد‌های نفت و گاز به دارایی‌های پایدار و سرمایه‌گذاری‌های مولد ایجاد شد تا نقش سپری در برابر نوسانات نفتی و ابزاری برای حفظ منافع نسل‌های آینده را ایفا کند. 
با این حال، این مأموریت به واسطه ضعف مدیریتی، در عمل با فشار‌های مالی دولت و نیاز‌های بودجه‌ای کوتاه‌مدت به تدریج تضعیف شده است و انباشت بدهی و تبدیل آن به اشکال غیرنقدی تسویه، نشانه‌ای از فاصله گرفتن تدریجی از فلسفه اولیه تشکیل صندوق تلقی می‌شود. 
در الگوی جدیدی که برای تسویه بدهی‌ها مطرح شده، دولت امکان استفاده از ظرفیت میادین نفت و گاز مشترک را به صندوق واگذار می‌کند تا از طریق سرمایه‌گذاری مستقیم در این میادین، مطالبات خود را بازپرداخت نماید. در این سازوکار، صندوق منابع نقدی خود را به پروژه‌های استخراجی اختصاص می‌دهد و سپس از محل درآمد‌های آتی این پروژه‌ها، طلب خود را برداشت می‌کند. 
چنین مدلی اگرچه در ظاهر نوعی تهاتر اقتصادی به نظر می‌رسد، در واقع ماهیت دارایی‌های صندوق را از ذخایر مالی به سرمایه‌گذاری‌های عملیاتی با ریسک بالا تغییر می‌دهد. این تغییر ماهیت، پیامد‌های منفی برای ثبات مالی صندوق دارد. ورود به پروژه‌های بالادستی نفت و گاز مستلزم پذیرش ریسک‌های فنی، سیاسی و بازار است که به طور مستقیم با مأموریت اولیه صندوق در تضاد قرار می‌گیرند. به قاعده تجربه، پروژه‌های بزرگ انرژی نیز تأخیر در بهره‌برداری، افزایش هزینه‌های سرمایه‌گذاری و نوسانات قیمت نفت می‌تواند بازگشت سرمایه را با عدم قطعیت جدی مواجه کند. 
 از سوی دیگر، وابستگی تسویه بدهی به عملکرد پروژه‌های نفتی، نوعی پیوند ساختاری میان منابع بین‌نسلی و متغیر‌های پرنوسان بازار انرژی ایجاد می‌کند. این وضعیت، پایداری منابع صندوق را در معرض آسیب قرار می‌دهد و امکان برنامه‌ریزی بلندمدت را محدود می‌سازد. در چنین شرایطی، صندوق از جایگاه یک نهاد ذخیره‌ساز مستقل به سمت یک نهاد پروژه‌محور با کارکرد شبه‌بودجه‌ای حرکت می‌کند. 
 این تغییر کارکرد، مسئله حکمرانی صندوق را به سطحی فراتر از مدیریت مالی ارتقا می‌دهد. زمانی که تصمیم‌گیری درباره تخصیص منابع به پروژه‌های نفتی تحت تأثیر نیاز‌های مالی دولت قرار می‌گیرد، استقلال نهادی صندوق دچار تضعیف ساختاری می‌شود. در چنین وضعیتی، مرز میان سیاست مالی دولت و مأموریت بین‌نسلی صندوق به‌تدریج محو و کارکرد حفاظتی آن با چالش جدی روبه‌رو می‌شود.