پس از به قدرت رسیدن طالبان، موزه مقاومت هرات اگرچه تعطیل نشد، اما تمامی آثار آن دستخوش تغییر شد. بر اساس ممنوعیت نمایش موجودات زنده، چهره انسان ها و حتی حیوانات از نقاشی ها و آثار هنری این موزه حذف شده است. این اقدام که با عنوان «شخصیت‌زدایی» شناخته می شود، واکنش های گسترده ای را در میان فعالان فرهنگی و تاریخی به همراه داشته است.