به گزارش اعتماد، با توجه به اینکه تعدادی از دانشجویان، با احکام قضایی به زندان رفته‌اند و هنوز در حبس هستند، وزیر علوم درباره وضع این دانشجویان هم گفت: «به لحاظ حقوقی، عفو، مشروط بر تقاضاست و وزارت علوم از طرف کسی نمی‌تواند تقاضای عفو بدهد. وظیفه وزارت علوم این است دستگاه قضایی را مجاب به عفو کند، چون دستگاه قضایی مجبور به عفو نیست و باید شرایطی احراز شود. ما در واقع بین دانشجوی گرفتار و مقام قضایی تسهیل‌گر هستیم. فکر نمی‌کنم بیشتر از سه یا چهار نفر در زندان باشند و آنان قبول نمی‌کنند که تقاضای عفو کنند. آنچه که به ما مربوط می‌شود آموزش، امتحانات، کنکور و کلاس‌ رفتن آنان است که انجام می‌دهیم، اما عفو دراختیار مراجع قضایی است و آنان به لحاظ حقوقی محدودیت‌هایی دارند که متقاضی خودش تقاضای عفو کند و حتی وکیل او هم طبق قانون نمی‌تواند تقاضای عفو کند.» 

سیمایی صراف، درباره تعیین تکلیف استادان حذف شده از تدریس در دولت سیزدهم هم گفت: «این فرآیند برای اساتید متفاوت است. چند ۱۰ استاد دانشگاه به دانشگاه‌ها برگشتند. برخی اساتید دانشگاه متاسفانه مهاجرت کردند و برخی اساتید دانشگاه نیز ممکن است هنوز به دانشگاه برنگشته باشند که علت آن به استعلام از مراجع ذی‌ربط برمی‌گردد که کارشان به تاخیر افتاده است. اگر اساتید دانشگاه‌ها که مهاجرت کرده‌اند؛ تقاضای برگشت کنند ما حتما استقبال و برای بازگشت آنها به دانشگاه‌ها کمک می‌کنیم.» 

روز 8 شهریور پارسال و در اولین هفته‌های فعالیت دولت چهاردهم، رییس‌جمهور به وزیر علوم دستور داد که وضعیت تمام استادان و دانشجویان اخراجی در دولت سیزدهم، بررسی و برای بازگرداندن آنها اقدامات لازم در دولت انجام شود. 

مسعود پزشکیان که در مناظره‌های انتخاباتی خود از منتقدان رویه حذف دانشجویان و استادان معترض بود در مراسم معارفه وزیر علوم گفت: «برپایی کرسی آزاداندیشی یعنی اینکه دانشجو بتواند حرف خود را مطرح کند. ما باید با منطق جواب دانشجو را بدهیم. دانشجو را می‌توان هدایت و توجیه کرد و اگر هم حق با دانشجو است من باید خودم را اصلاح کنم نه اینکه او را محروم کنم. اگر دانشجو عیب من را می‌گوید به جای آنکه او را بشکنم، باید خودم را بشکنم. اگر توانستیم این را بپذیریم آن وقت مملکت آباد می‌شود. حق است دانشجو حرف بزند. دانشجو نمی‌تواند آدم بدی باشد. او فردا و آینده کشور است. دانشجو باید بتواند سوال کند. دانشجو اعتراض می‌کند، من هم باید جوابش را بدهم. یا حرفش حق است که باید اطاعت کنم یا اشتباه می‌کند که هدایتش می‌کنم.» 

از شهریور 1400 و با روی کارآمدن دولت سیزدهم برنامه خالص‌سازی دانشگاه‌های وابسته به وزارت علوم و وزارت بهداشت آغاز شد. دولت سیزدهم مایل به همراهی استادان و دانشجویان بود ولی علاوه بر دانشجویانی که بنا به ذات دانشجو بودنشان حاضر به پذیرش بسیاری از تفکرات دولت سیزدهم نبودند، تعداد زیادی از استادان دانشگاه‌ها و به‌خصوص، استادانی در رشته‌های علوم انسانی، فنی و علوم پایه، از همراهی با دولت خودداری کردند و ترجیح به آن دادند که به جای پرچمداری برای اصولگرایان، در همان جبهه مستقل و غیر وابسته‌ای که بودند بمانند که البته این روحیه به مذاق کابینه سیزدهم خوش نیامد و از شهریور 1400 اقدام به حذف و اخراج و بازنشستگی اجباری استادان مستقل به بهانه‌های مختلف آغاز شد. اولین احکام اخراج، برای روسای دانشگاه‌ها و کمتر از یک ماه بعد از آغاز وزارت محمدعلی زلفی‌گل صادر شد. 

رییس دانشگاه تهران اولین اخراجی دولت سیزدهم بود و نیمه پاییز همان سال و فقط طی دو ماه، 26 نفر از روسای دانشگاه‌های وابسته به وزارت علوم، محترمانه جای خود را به نفرات همسو با دولت جدید سپردند. استادان دانشگاه‌ها، ردیف دوم اخراجی‌ها بودند اگرچه که حذف‌شان چندان ساده هم نبود چون نام و اعتبار بسیاری‌شان، وزنه‌ای برای دانشگاه‌های علوم انسانی، فنی، علوم پایه، پزشکی و صنعتی کشور بود.

شاید به همین دلیل بود که در نیمه دوم سال 1400 فقط خبر اخراج دو استاد دانشگاه رسانه‌ای شد و سپس، سکوتی که آرامش پیش از توفان بود، بر فضای دانشگاهی کشور سایه انداخت. 

از اوایل تابستان 1401 خبر‌های حاکی از تصمیم مسوولان دانشگاه‌های علوم پزشکی درباره جایگزینی استادان با چهره‌های هوادار دولت شنیده شد ولی موج گسترده خالص‌سازی از ابتدای پاییز 1401 ارتفاع گرفت. بعد از جانباختن «مهسا امینی» در زمان بازداشت و در بازداشتگاه وزرا (25 شهریور 1401) دانشگاه‌ها هم با اعتراضاتی که در سراسر ایران شکل گرفت، همراه شدند؛ دانشجویان از حضور در کلاس درس خودداری کردند و استادان هم در همراهی با دانشجویان، یا کلاس‌های درس را تعطیل کردند یا بیانیه‌هایی در قالب توصیه و پندنامه خطاب به دولت و با مضمون رعایت احوال مردم و مدارا با معترضان منتشر کردند و در چند مورد، وقتی دانشجویان معترض توسط نیروهای امنیتی بازداشت می‌شدند، برای رهایی و بازگشت آنها به دانشگاه‌ها پادرمیانی کردند. اواخر آبان 1401 و حدود دو ماه بعد از آغاز اعتراضات، وزارت علوم و وزارت بهداشت یک شیوه‌نامه مشترک امضا کردند که تقریبا تمام فعالیت‌ها و اقدامات دانشجویی با رنگ اعتراض و انتقاد را مصداق تخلف و مستوجب تنبیه و محرومیت موقت یا بلندمدت از تحصیل برمی‌شمرد. به دنبال تصویب و ابلاغ این شیوه‌نامه که دست روسای دانشگاه‌ها را برای برخوردهای سلیقه‌ای با دانشجویان باز گذاشته بود، فصل دوم خالص‌سازی دانشگاه‌ها آغاز شد. هدف این فصل دوم، استادان به عنوان راهبران اصلی دانشگاه و برانگیزاننده تفکرات دانشجویی بودند. استادانی که مشی سیاسی مشخص داشتند، با اتهامات بی‌اساس به صورت موقت از تدریس محروم شده و احکام کسر حقوق و حذف کد تدریس گرفتند، آن تعدادی که بیانیه حمایت از مردم و دانشجو امضا کرده بودند، از دریافت ترفیع و ارتقا به درجات بالاتر و عضویت در هیات علمی دانشگاه محروم شدند، تعداد دیگری که تفکرات مستقل داشتند و در سکوت با معترضان همراهی می‌کردند، حکم بازنشستگی پیش از موعد گرفتند و صدها استاد از دانشگاه‌های مختلف در سراسر کشور، خانه‌نشین شدند. 

البته وزارت علوم و وزارت بهداشت در قبال این رویه و در واکنش به اعتراضات گسترده جامعه دانشگاهی، یا به تکذیب متوسل شدند و اخراج و حذف استادان را انکار کردند، یا سکوت کردند، یا کنار گذاشته شدن استاد را به پایان اعتبار قرارداد ربط دادند، یا استاد برکنار شده را به رکود علمی و بی‌خاصیت بودن در محیط دانشگاهی متهم کردند، یا حذف استادان و دانشجویان معترض را به تصمیم دست‌های خارج از دانشگاه نسبت دادند. این ادعاها البته برای جامعه دانشگاهی کشور و حتی چهره‌های اصولگرایی در این جامعه فرهیخته که یا مشمول حذف از تدریس شده بودند، یا مشغول به تدریس بودند ولی از همکاران حذف شده خود حمایت و دلجویی می‌کردند، تاثیری نداشت چون در آخر سال 1401، هم نامه محرمانه‌ای که خبر از تصمیم دولت به جایگزینی 15 هزار عضو هیات علمی با استادان فعلی خبر می‌داد به فضای رسانه‌ها رسیده بود و هم زمزمه‌های جامعه دانشگاهی و حتی چهره‌های سیاسی درباره حمایت رییس کابینه سیزدهم از خالص‌سازی فضای دانشگاه‌ها پررنگ‌تر از همیشه به گوش می‌رسید. نیمه بهمن 1402، پایگاه خبری «خبرآنلاین» با انتشار اینفوگرافی از تعداد استادان اخراجی، نشان داد که بیشترین احکام خانه‌نشینی اجباری و اخراج و تعلیق از تدریس در فاصله شهریور 1400 تا بهمن 1402، مربوط به دانشگاه تهران و دانشگاه علوم پزشکی تهران -قطب آموزشی کشور- بوده و در این بازه دو ساله، بیش از 60 استاد دانشگاه، حکم اخراج و بازنشستگی اجباری دریافت کرده‌اند یا وادار به استعفا شده‌اند.

این روزنامه هم در گزارش‌هایی که اواخر تابستان تا اوایل پاییز 1402 منتشر کرد، اسامی 110 استاد اخراجی، بازنشسته اجباری، محروم موقت و تعلیق شده از تدریس یا وادار به استعفا را دراختیار داشت که البته، هم وزارت علوم و هم وزارت بهداشت دولت سیزدهم، حذف استادان را تکذیب و از دست داشتن در چنین روندی، اعلام برائت کردند و حتی مدعی شدند که هیچ اخراج و حذفی صورت نگرفته است. تداوم انکار وزارت علوم و وزارت بهداشت در حالی بود که هر روز، یکی از استادان محروم شده از تحصیل، در فضای مجازی از خانه‌نشینی اجباری خبر می‌داد. 

در این میان، در حاشیه همه رخدادها، یک مساله نزدیک به واقعیت بود؛ وزیر علوم دولت سیزدهم، از زمانی به بعد، تقریبا هیچ کاره شد و تمام امور مربوط به اخراج و خالص‌سازی دانشگاه‌ها را روسای دانشگاه‌ها برعهده گرفتند. دلیل حذف وزیر از رویه خالص‌سازی البته تا امروز هم معلوم نیست اما بعد از حمله لباس شخصی‌ها به دانشگاه صنعتی شریف در شامگاه 10 مهر 1401 و ضرب و شتم دانشجویان و بازداشت گسترده معترضان، این شائبه مطرح شد که به دنبال ورود غیرقانونی نیروهای امنیتی به محیط دانشگاه و آن هم با کمک نیروهای حراست این دانشگاه، وزیر علوم به محوطه دانشگاه رفته و با انتقاد از رفتار دانشجویان و اینکه این رفتار بهانه به دست نیروهای امنیتی داده، بازداشت تعدادی از دانشجویان را منتفی کرده است. 

به دنبال این اتفاقات، ظاهرا همسویی زلفی‌گل با دست‌اندرکاران خالص‌سازی دانشگاه‌ها زیر سوال رفت و از این پس بود که حضور وزیر علوم به عنوان یک عضو کابینه سیزدهم، روز بروز کمرنگ‌تر شد و در عوض، سخنگوی وزارت علوم که یک چهره تندرو از جبهه اصولگرایان و از هواداران خالص‌سازی دانشگاه‌ها بود، یک تنه وارد میدان این فرآیند شد. انکار و تکذیب مسوولان وزارت علوم و وزارت بهداشت درباره اخراج استادان، در روزهای پایانی فعالیت دولت سیزدهم برملا شد؛ زمانی که علی ربیعی، سخنگوی دولت دوازدهم در جلسه نشست رییس‌جمهور با سران احزاب و فعالان سیاسی، مساله اخراج استادان را مطرح کرد و در نامه‌ای برای رییس قوه مجریه نام 158 استاد اخراجی و 60 استاد وادار به بازنشستگی اجباری را نوشت. 

 اردیبهشت 1403، برگ دیگری از واقعیت، تکذیب و انکار مسوولان وزارت علوم و وزارت بهداشت درباره اخراج استادان را زیر سوال برد وقتی کارن ابری‌نیا؛ دبیر کانون صنفی استادان دانشگاه در گفت‌وگو با خبرآنلاین گفت: «سال ۱۴۰۲ برای اساتید انواع و اقسام محدودیت‌ها و محرومیت‌ها ایجاد شد. این محدودیت‌ها شامل استادانی شد که در واکنش به حوادث سال ۱۴۰۱ بیانیه امضا کردند یا اعلام موضع کردند، مثلا با تبدیل وضعیت آنها از حالت پیمانی به رسمی ‌آزمایشی و بعد وضعیت رسمی موافقت نکردند یا مراحل تغییر وضعیت آنها را متوقف کردند یا برای ترفیع سالانه استادان مشکل ایجاد کردند یا ارتقای برخی استادان از دانشیاری به استادی را متوقف کردند.

 برخی استادان اخراج شدند و برخی دیگر هم اخراج نشدند اما حقوق آنها قطع شد. برخی دانشگاه‌ها به استادان گفتند کسانی‌ که درباره حوادث سال ۱۴۰۱ بیانیه‌ای امضا کرده‌اند اگر می‌خواهند به‌کارشان ادامه بدهند باید توبه‌نامه امضا کنند و اظهار پشیمانی کنند. انواع محدودیت‌ها شامل حدود ۲۰۰ استاد دانشگاه شده و نزدیک به ۲۵ استاد از دانشگاه اخراج شدند. اختیارات وزارت علوم کاهش پیدا کرده طوری ‌که به ‌نظر می‌رسد این وزارت کشور است که به دانشگاه دستور می‌دهد. همین محدودیت‌های ایجاد شده و مسائل امنیتی که بر دانشگاه‌ها حاکم شده از طرف وزارت کشور و شورای امنیت کشور است.» 

رویه اخراج و حذف استادان دانشگاه‌ها، تا روزهای بعد از برگزاری دور اول انتخابات ریاست‌جمهوری چهاردهم ادامه داشت چون روسای دانشگاه‌ها که منصوبان وزارت علوم و وزارت بهداشت بودند و به عنوان نمایندگان وزرا در دانشگاه‌ها فعالیت می‌کردند، می‌خواستند هیچ یک از صاحبان تفکر آزاد و مستقل که از شهریور 1400 خار در چشم دولت سیزدهم شدند، نتوانند در ماه‌های بعد هم محلی برای ترویج تفکرات خود داشته باشند.

 تداوم رویه حذف استادان مستقل از دانشگاه‌ها در حالی تا آخرین روزهای قبل از برگزاری دور دوم انتخابات ریاست‌جمهوری و تا هفته اول تیر 1403 ادامه داشت که بخشنامه 12 خرداد با امضای سرپرست ریاست‌جمهوری سیزدهم، کابینه را موظف می‌کرد تا روی کار آمدن دولت جدید از هر گونه حذف و انتصاب جدید خودداری کند. 

دوره حیات دولت سیزدهم تمام شد و حالا فصل جدیدی آغاز شده بود. جامعه دانشگاهی کشور در انتظار تحقق وعده‌های رییس‌جمهور بود و خانه‌نشین‌هایی که تا دو سال و سه سال قبل، اعتبار مراکز اموزش عالی بودند، حالا منتظر بودند ببینند کابینه جدید برای بازگرداندن رونق به فضای دانشگاهی چه خواهد کرد. 

اقدامات برای بازگرداندن استادان و دانشجویان اخراجی از همان روزی که نامزدهای کابینه چهاردهم از مجلس رای اعتماد گرفتند، آغاز شد. حسین سیمایی صراف که با رای مجلس به وزارت علوم منصوب شده بود، یک روز قبل از آنکه در مراسم رسمی، دوران وزارت را آغاز کند اعلام کرد: «پیشرفت کشور در گرو پیشرفت علم است چون تا عالمان در صدر ننشینند و احترام نشوند، آن پیشرفت صورت نمی‌گیرد. اولویت من این است که نشاط، امید، احترام و کرامت انسان را برگردانم.» 

اولین اقدام وزیر علوم و وزیر بهداشت، اصلاح شیوه‌نامه انضباطی بود؛ همان شیوه‌نامه‌ای که از آبان 1401 دست روسای دانشگاه‌ها را باز گذاشت تا هر رفتاری که به مذاقشان خوش نمی‌آید، مشمول تخلف بدانند و دانشجو را پای میز محاکمه بکشانند. 

دوره افشاگری‌ها فرا رسیده بود. پایان مهر پارسال و زمانی که مسوولان دولت سیزدهم دیگر نبودند که واقعیت اخراج استاد و دانشجو را تکذیب و انکار کنند، رییس سازمان امور دانشجویان خبر داد که در دولت سیزدهم، 300 پرونده انضباطی با حکم اخراج از دانشگاه یا منع موقت از تحصیل به دست سازمان امور دانشجویان رسیده و از این تعداد، 54 حکم اخراج قطعی برای دانشجویان صادر شده که با تجدیدنظرهای صورت گرفته، به 2 مورد کاهش یافته است. 

معاون فرهنگی و دانشجویی وزارت بهداشت هم در همین تاریخ اعلام کرد که «در دو سال اخیر (در فاصله مهر 1401 تا مهر 1403) پرونده‌هایی مرتبط با اعتراضات دانشجویی در وزارت بهداشت بررسی شده است. ۲۵۰ پرونده مربوط به این دانشجویان ثبت شده که حدود ۷۰ پرونده در کمیته مرکزی وزارت بهداشت مورد بررسی قرار گرفته و بقیه در دانشگاه‌ها پیگیری شده‌اند. بیشتر دانشجویانی که از تحصیل محروم شده بودند به تحصیل بازگشته‌اند و پرونده‌های آنان مجددا به کمیته انضباطی ارجاع شده است. در این پرونده‌ها به جز ۳ مورد که ۲ نفر آنها هم به دلیل مشکلات حقوقی در حال بررسی هستند، آغوش ما برای بازگشت اخراجی‌ها باز است.»